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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-9-27 08:41:32 | 只看该作者 Only view this author
有没有什么办法能够快速把高斯输出文件的原子坐标导成excel表格?

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发表于 Post on 2021-9-27 09:48:58 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-27 00:20
就是本来你reaction profile对于这个基元反应要画3个物种,反应物、过渡态、产物,现在你应该画4个,反应 ...

谢谢老师。那老师我如果直接用B3LYP优化可以吗?(B3LYP的优化结果和M062X的优化结果是类似的)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-27 10:59:47 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-9-27 08:41
有没有什么办法能够快速把高斯输出文件的原子坐标导成excel表格?

自己用ultraedit等文本编辑器的列模式复制就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-27 11:02:00 | 只看该作者 Only view this author
美泽虎 发表于 2021-9-26 18:55
谢谢您的解答!抱歉我的表达有歧义,我所说的构型是指非共价复合物里面各分子的相对位置。
还想和您请教 ...

把以下内容都仔细看了,了解需要构象搜索的典型情况,有可以怎么做、具体怎么实现、有什么要点。
构型和构象搜索程序Molclus主页:http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

弱相互作用复合物的构型搜索看
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
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发表于 Post on 2021-9-27 13:36:56 | 只看该作者 Only view this author
我想要的得到比较适合用于计算Boltzmann分布的自由能,请问下面两个策略哪个比较合理?如果输入文件中关键词有不合理的也请老师指出

化合物为普通有机体系,结构较柔性,没有金属,只有C、H、O,发色基团有双键、羰基

策略一
两步优化,在第二步优化时考虑溶剂效应,并进行振动频率分析,得到自由能校正值(Thermal correction to Gibbs Free Energy),接着用较高计算级别计算单点能,与自由能校正值相加。输入文件如下

# opt B3LYP/6-31g(d) geom=connectivity

# opt freq B3LYP/def2SVP scrf=(iefpcm,solvent=methanol) guess=read geom=allcheck

# M062X/def2TZVP scrf=(SMD,solvent=methanol) int=ultrafine guess=read geom=allcheck


策略二
三步优化,用较高计算级别进行振动频率分析,得到自由能。输入文件如下

# opt B3LYP/6-31g(d) geom=connectivity

# opt B3LYP/def2SVP scrf=(iefpcm,solvent=methanol) guess=read geom=allcheck

# opt freq M062X/def2TZVP scrf=(iefpcm,solvent=methanol) int=ultrafine guess=read geom=allcheck

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发表于 Post on 2021-9-27 15:13:50 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问CP2K中在DFT模块下的EFIELD参数中施加匀强电场的话,INTENSITY的单位是什么啊?虽然INTENSITY的那条解释最后说是原子单位,但看CP2K的那个官方例程有点迷,因为前面含时的话给的是W/cm2,是能量密度的单位,这里就不太清楚,如果加匀强电场的话,a.u.单位是能流密度的原子单位还是电场强度的单位啊,谢谢老师!

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发表于 Post on 2021-9-27 16:21:10 | 只看该作者 Only view this author
zjy123 发表于 2021-9-27 02:48
谢谢老师。那老师我如果直接用B3LYP优化可以吗?(B3LYP的优化结果和M062X的优化结果是类似的)

优化和频率分析、以及跑IRC的理论级别必须一致,所以你要是不仅换用B3LYP优化,把过渡态也重新优化、算频率,IRC也用B3LYP重跑一遍,那可以,但是毫无必要,或者说这样的结果虽然可用,但是白白耽误你的时间,你又没收获什么。
如果确实因为某种原因需要改成B3LYP,那么同一篇文章所有的结构优化、频率计算、IRC都要重算,此外必须加色散校正
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-27 20:14:35 | 只看该作者 Only view this author
Iridium-191 发表于 2021-9-27 15:13
老师好,请问CP2K中在DFT模块下的EFIELD参数中施加匀强电场的话,INTENSITY的单位是什么啊?虽然INTENSITY ...

CP2K是第一性原理程序,在本论坛第一性原理板块有专门的分类,请在那里发帖。本帖只回答量子化学问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-27 20:20:20 | 只看该作者 Only view this author
Henge 发表于 2021-9-27 13:36
我想要的得到比较适合用于计算Boltzmann分布的自由能,请问下面两个策略哪个比较合理?如果输入文件中关键 ...

先刻意在气相下预优化完全没必要

优化直接用opt freq B3LYP/6-311G* em=gd3bj scrf(solvent=methanol)
单点的级别用策略1的

由于体系较柔性,用Shermo里的QRRHO模型算热力学量才比较准确,而Gaussian直接给出的自由能的热力学校正量不能很好地考虑低频模式对熵的贡献。见
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
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发表于 Post on 2021-9-27 21:40:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-27 20:20
先刻意在气相下预优化完全没必要

优化直接用opt freq B3LYP/6-311G* em=gd3bj scrf(solvent=methanol) ...

非常感谢老师您的解答,我查过我们的gaussian版本是09 B.01的,看过您的帖子,D.01版本前的都不支持DFT-D3,可不可以用B2PLYPD替代,即opt freq B2PLYPD/6-311G* scrf(solvent=methanol)

还有我想请问策略2是不是理论上可行,但是对于我这体系来说,即耗机时又可能得到不准确的结果,所以不合适?

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发表于 Post on 2021-9-27 22:29:41 | 只看该作者 Only view this author
Henge 发表于 2021-9-27 14:40
非常感谢老师您的解答,我查过我们的gaussian版本是09 B.01的,看过您的帖子,D.01版本前的都不支持DFT-D ...

那就用M062X。B2PLYPD原则上可以,但结构优化太慢了。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-9-27 22:34:49 | 只看该作者 Only view this author
在优化过渡态过程中,始终在这两个状态之间来回切换,初始构型是相同级别已经收敛的数据,然后我在这个基础上加上了溶剂模型,就变成这样了,应该怎么办

# opt=(calcall,ts,noeigen) m062x/6-311++g(d,p) int=ultrafine scrf=(smd,solvent=water)

202109272231523812..png (17.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

202109272231523812..png

202109272232247153..png (17.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

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发表于 Post on 2021-9-27 22:40:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-27 11:02
把以下内容都仔细看了,了解需要构象搜索的典型情况,有可以怎么做、具体怎么实现、有什么要点。
构型和 ...

好的,多谢Sob老师!我一定逐个仔细研读这些博文

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发表于 Post on 2021-9-27 23:49:06 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-9-27 15:34
在优化过渡态过程中,始终在这两个状态之间来回切换,初始构型是相同级别已经收敛的数据,然后我在这个基础 ...

把几何优化的步长缩小一些再试。如果还是不行,考虑把SMD换成PCM。SMD有一定的数值不稳定性,结构优化不如PCM容易收敛,且优化的结构与PCM优化出来的相差不大。单点能再改成SMD就行
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-28 08:32:01 | 只看该作者 Only view this author
Henge 发表于 2021-9-27 21:40
非常感谢老师您的解答,我查过我们的gaussian版本是09 B.01的,看过您的帖子,D.01版本前的都不支持DFT-D ...

优化可以用wB97XD
双杂化做优化耗时远远高于普通泛函,但优势通常微乎其微,因此基本只适合算单点时候用
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