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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-28 08:34:29 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-9-27 22:34
在优化过渡态过程中,始终在这两个状态之间来回切换,初始构型是相同级别已经收敛的数据,然后我在这个基础 ...

M06-2X本来就因为数值噪音问题比其它大多数泛函收敛更难,SMD更进一步引入数值噪音,这俩搭配到最后轻微震荡难收敛是极为常见的事情。

为收敛容易、减少出小虚频的概率,opt freq适合IEFPCM,这里明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

泛函可以用更容易收敛的B3LYP-D3(BJ)

没事甭瞎给氢加弥散
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
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发表于 Post on 2021-9-28 10:04:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Jameslzy 于 2021-9-28 10:12 编辑

Sob老师好,我用Gaussian16优化两个有选择性的过渡态,使用相同方法基组进行计算,最后算出差别有200kcal/mol,我觉得这个结果应该有问题,正常来讲应该在几千卡比较合适,但反复检查输入与输出文件的结构,电荷与自旋多重度,以及基组等处并未能找出问题出在哪里。希望求助下老师看看其中问题到底在哪里,相应的输入和输出文件我打包放在下面了,谢谢Sob老师。
TS3.rar (1.13 MB, 下载次数 Times of downloads: 3)




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发表于 Post on 2021-9-28 11:55:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-28 08:32
优化可以用wB97XD
双杂化做优化耗时远远高于普通泛函,但优势通常微乎其微,因此基本只适合算单点时候用

好的,谢谢老师!我再去认真学习一下Shermo的使用

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-28 13:04:09 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2021-9-28 10:04
Sob老师好,我用Gaussian16优化两个有选择性的过渡态,使用相同方法基组进行计算,最后算出差别有200kcal/m ...

你传的输出文件和输入文件不对应
实际试了,你的两个输入文件计算时都是977个基函数,然而TS3Rsdd.log显示只有956个,肯定TS3Rsdd.log不是你传的TS3R.com直接产生的
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发表于 Post on 2021-9-28 17:33:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-28 13:04
你传的输出文件和输入文件不对应
实际试了,你的两个输入文件计算时都是977个基函数,然而TS3Rsdd.log显 ...

好的好的,谢谢Sob老师,我再仔细查一下在提交Gaussian16时究竟是哪里出了问题。下午的时候我用Gaussian09算了一下,两个过渡态能量差13kcal/mol左右,还想请教您一下,像这种实验中选择性90%左右的情况下,两过渡态差13kcal/mol是否差距有点过大,是否需要改变基组做单点调节一下呢,谢谢Sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-28 18:38:37 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2021-9-28 17:33
好的好的,谢谢Sob老师,我再仔细查一下在提交Gaussian16时究竟是哪里出了问题。下午的时候我用Gaussian0 ...


当前体系用B3LYP本来就严重不适合,有好得多得多的选择,诸如PBE0-D3(BJ)。此文说了
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
当前用的基组也偏小,优化还行,算能量太烂
溶剂效应等方面也要考虑
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发表于 Post on 2021-9-28 20:08:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-28 18:38

当前体系用B3LYP本来就严重不适合,有好得多得多的选择,诸如PBE0-D3(BJ)。此文说了
简谈量子化学计 ...

好的收到,谢谢Sob老师,后面我改一下然后调节一下

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发表于 Post on 2021-9-30 10:42:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师,怎么用高斯计算固液吸附的反应,硅烷与水通过钯碳固体催化剂的作用形成硅醇和氢气,第一次接触这类反应,不知道该怎么入手

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-30 10:43:52 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2021-9-30 10:42
sobereva老师,怎么用高斯计算固液吸附的反应,硅烷与水通过钯碳固体催化剂的作用形成硅醇和氢气,第一次接 ...

不很适合Gaussian计算,适合CP2K当周期性算
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发表于 Post on 2021-9-30 10:54:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-30 10:43
不很适合Gaussian计算,适合CP2K当周期性算

好的,了解,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-9-30 22:58:50 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,计算单点能时候,用的是CCSD(t)/aug-cc-pvtz,计算到I804时候出现一行Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.14495490D+03,而且运行时间约30min(依然没有结束),比之前时间都长,是不是我基组选择有问题呢,这个情况出现是正常的么,用的是低级别基组优化取校正值,所以采用高级别的进行单点能计算,计算的原子数量是29。

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发表于 Post on 2021-10-1 01:12:17 | 只看该作者 Only view this author
tiaotiao 发表于 2021-9-30 15:58
请问各位老师,计算单点能时候,用的是CCSD(t)/aug-cc-pvtz,计算到I804时候出现一行Warning!!: The largest a ...

这个报错和计算时间长没有任何关系。参见http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html
29个原子算CCSD(T)有点太大了,可以考虑改用orca,做DLPNO-CCSD(T),效率可以高很多。高斯不是太适合算CCSD(T),除非体系很小
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-1 14:02:50 | 只看该作者 Only view this author
tiaotiao 发表于 2021-9-30 22:58
请问各位老师,计算单点能时候,用的是CCSD(t)/aug-cc-pvtz,计算到I804时候出现一行Warning!!: The largest a ...

这个级别用Gaussian算29个原子肯定没戏,30000分钟都未必算得完
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发表于 Post on 2021-10-1 19:15:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-1 01:12
这个报错和计算时间长没有任何关系。参见http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html
29个原子算CCSD( ...

谢谢老师,也就是单点能计算时候,orca的结果就是也能作为计算熵焓自由能三者关系式的数值直接用么,精度相比其他的如何呢,高斯使用DFT的精度是否可以用别的基组来提高,并且作为结果使用呢?曾问过老师关于基组的选择,当时是建议低级别B3LYP/6-31G**结构优化和频率计算,计算单点能使用CCSD(T)降低误差.

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发表于 Post on 2021-10-1 19:18:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-1 14:02
这个级别用Gaussian算29个原子肯定没戏,30000分钟都未必算得完

明白了,谢谢老师,那么高斯计算使用CCSD(T),在20原子左右才算得比较有效率么

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