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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-10-8 19:12:43 | 只看该作者 Only view this author
123u123i 发表于 2021-10-8 11:40
请教一下各位老师,我在做一个反应,有一步是用OH-拔氢。在反应物几何优化的时候,总是直接优化成了产物,O ...

这个反应不排除可能本来就不存在过渡态。建议做一个柔性扫描看看是不是无垒反应
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-10-8 19:15:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-10-8 12:17 编辑
329678001 发表于 2021-10-8 11:31
好像不太行,这个H原子没有相应的吸附位点,这种情况下IRC不同侦得到的产物很可能会不一样,也就是说IRC ...

这种情况下说明产物有可能有很多个,没有哪一个产物比其他的产物更合理。
实际分子的反应途径并不是严格沿着IRC走的,而是在IRC附近走的,所以“IRC走到头就是产物”是一个近似,IRC走到头只能保证找到可能的产物之一,而且大概率是唯一的产物,但不能保证这是唯一的产物(即使不是唯一的产物,也大概率是主产物,但这一点也同样不能严格保证)。如果IRC快走完了取一帧优化,却得到了和IRC完全走完不同的产物,那么这一般意味着你优化出来的这个产物在实际反应中也有一定概率会生成。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-10-8 19:25:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-8 19:12
这个反应不排除可能本来就不存在过渡态。建议做一个柔性扫描看看是不是无垒反应

是的,柔性扫描能量一直降低,提取一个“看起来”比较像TS的结构,扫了freq然后又IRC,也是能量一直降低,两边对称中间最高点是反应物两头都是产物。量化计算要求定性即可,所以我是否可以用柔性扫描或者IRC的结果证明该反应在碱性水环境中可以发生(实验结果确实如此,且pH越高反应越快)

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发表于 Post on 2021-10-8 20:44:02 | 只看该作者 Only view this author
123u123i 发表于 2021-10-8 12:25
是的,柔性扫描能量一直降低,提取一个“看起来”比较像TS的结构,扫了freq然后又IRC,也是能量一直降低 ...

嗯,可以用柔性扫描结果证明这个反应没有势垒,因此很可能是扩散控制的反应
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-10-9 03:03:24 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-10-8 11:17
我做了IRC,这两个确实有差别,1是-1500的,2是-1000的,1涉及亚胺的Z/E构型翻转,但是2就没有,仅仅是交 ...

你算2的初始结构是1是吧?如果是的话,试试以2为初始结构,在1的理论级别下优化过渡态,看能否找到1的理论级别下仅仅交换质子的过渡态,看看两个理论级别下的势能面是否存在定性不同
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发表于 Post on 2021-10-9 10:21:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-8 18:06
最高点减最低点 和 只看能垒最大的那步 都不对。正确的做法参见doi: 10.1021/ar1000956。简单来说,如果 ...

好的收到,谢谢老师,我去拜读一下

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发表于 Post on 2021-10-9 13:02:17 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-9 03:03
你算2的初始结构是1是吧?如果是的话,试试以2为初始结构,在1的理论级别下优化过渡态,看能否找到1的理 ...

按您的方法,算出来虚频是-1162,IRC看起来和2一样

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发表于 Post on 2021-10-9 15:39:31 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-10-9 06:02
按您的方法,算出来虚频是-1162,IRC看起来和2一样

那就说明有可能1的理论级别下存在2个不同的过渡态,2的理论级别下只存在1个,又或者2的理论级别下,有顺反异构的那个过渡态也存在,只是不好找。
另外可以考虑算一下有2个水分子催化的质子转移,我感觉可能比只有一个水分子要容易些
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发表于 Post on 2021-10-9 15:58:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-9 15:39
那就说明有可能1的理论级别下存在2个不同的过渡态,2的理论级别下只存在1个,又或者2的理论级别下,有顺 ...

好的,我再试试。另外再多问一下,2这个过渡态对反应过程有实质性的影响吗?

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发表于 Post on 2021-10-9 16:45:24 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-10-9 08:58
好的,我再试试。另外再多问一下,2这个过渡态对反应过程有实质性的影响吗?

没有,除非你研究氢/氘交换,或者因为快交换导致核磁峰的展宽
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发表于 Post on 2021-10-9 17:14:09 | 只看该作者 Only view this author
我在优化过渡态,方法如下,已经两个YES了,突然出现了unknown reason导致优化停止,这是什么问题

# opt=(calcall,ts,noeigen,GEDIIS) m062x/6-311++g(d,p) int=ultrafine

202110091711259378..png (69.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-9 17:34:27 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-10-9 17:14
我在优化过渡态,方法如下,已经两个YES了,突然出现了unknown reason导致优化停止,这是什么问题

# opt ...

写GEDIIS完全多余

先看最后一帧结构是否靠谱,靠谱的话用最后一帧结构重新用当前关键词继续优化过渡态
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-10-10 20:43:26 | 只看该作者 Only view this author

IRC求助

请问在做IRC后发现正向和反向的结构是一样的,这是怎么回事?

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发表于 Post on 2021-10-10 21:23:13 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-11 04:12:57 | 只看该作者 Only view this author
xida-hg 发表于 2021-10-10 20:43
请问在做IRC后发现正向和反向的结构是一样的,这是怎么回事?

把此文说的都注意了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html

有问题时先用论坛首页google框搜索,找不到答案再问
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