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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-12-21 20:31:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-20 21:27
极为正常
此LUMO的离域性过高,需要用更小isovalue才能充分展现其分布

好的,谢谢老师~下次发帖我会注意的~

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发表于 Post on 2021-12-22 19:48:03 | 只看该作者 Only view this author
IRC做完正反两相后,怎么把结果合并在一起,形成一个完整的动画

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 21:25:56 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-12-22 19:48
IRC做完正反两相后,怎么把结果合并在一起,形成一个完整的动画

将Gaussian的IRC任务输出转换为.xyz轨迹文件的工具:GauIRC2xyz
http://sobereva.com/285http://bbs.keinsci.com/thread-850-1-1.html
分别转换然后手动合并成xyz轨迹
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2021-12-23 17:58:34 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,想问一下,用b3lyp/6-31G*算一个氢在氮和氧之间转移的过渡态,计算成功了,把这个成功的输出文件保存后用b3lyp//6-31+G*再去优化这个结构,反而失败了,一直显示和氧成键,想问一下老师,为什么会这样?因为整个体系涉及阴离子就想着加上弥散会好一点

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-23 22:31:53 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2021-12-23 17:58
老师,您好,想问一下,用b3lyp/6-31G*算一个氢在氮和氧之间转移的过渡态,计算成功了,把这个成功的输出文 ...

没法简单判断
用guess=read从之前的chk里读取初猜波函数,并且把优化步长上限改小再试
如果还变成了不想要的结构,可能之前的过渡态就是不合理的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-12-24 11:31:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-23 22:31
没法简单判断
用guess=read从之前的chk里读取初猜波函数,并且把优化步长上限改小再试
如果还变成了不 ...

好的,谢谢老师,我马上就去试试

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发表于 Post on 2021-12-26 11:12:01 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-12-18 21:20
看手册,def2-TZVP在Gaussian里写作def2TZVP。是,cc-pVTZ也行。没写基组用的是默认基组,取决于版本,你这 ...

您好,请教您一下。nondynamic correlation diagnostics,是指在使用CCSDT使选用特定的基组?还是在输入中加入别的额外参数呢?

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发表于 Post on 2021-12-27 11:24:49 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,最近在帮一个老师算一个Fe,Ce团簇的分子轨道图形和能量,结构如下图所示。第一次接触此类分子计算,想问下老师用什么方法和基组比较合适。目前我想的可能可以用PBE(0)/def2svp和TPSSTPSS/def2svp,不知道是否合适。还有就是这个结构是从晶体结构里面找到的最小重复单元,这种情况下想问下Sob老师,是优化结构后的轨道更合理,还是直接算一个单点就可以。谢谢老师。

微信截图_20211227111902.png (55.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

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发表于 Post on 2021-12-27 14:36:12 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,使用Gaussian16进行计算时(结构优化部分已经完成,任务只有频率计算),由于服务器问题导致频率计算中断(.out文件没有报错),有什么方法可以继续计算吗?

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发表于 Post on 2021-12-27 14:47:23 | 只看该作者 Only view this author
卢老师您好,我优化VO43-阴离子的结构,并想计算其Raman光谱,理论方法分别采用的B3LYP和PBE0比较一下,当用6-311g*或者是全电子基组def2-svp时,一般没啥问题;但是我一换到带弥散函数,比如6-31g*或者采用混合基组,O采用6-31g*, V采用SDD时,就会SCF不收敛。我试了您帖子里的方法,也没能解决。想问一下卢老师,我可不可不加弥散或者直接用def系列基组去优化计算其光谱?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-27 16:41:52 | 只看该作者 Only view this author
a35078337 发表于 2021-12-26 11:12
您好,请教您一下。nondynamic correlation diagnostics,是指在使用CCSDT使选用特定的基组?还是在输入 ...

跟基组没直接联系
对于T1之类诊断,也不需要大基组,甚至cc-pVDZ程度的基组都可以作为大致参考
关键词怎么写取决于你怎么诊断,多参考特征强弱的诊断方式得有10种左右

T1考诸如
http://bbs.keinsci.com/thread-5460-1-1.html
等帖子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-27 16:43:30 | 只看该作者 Only view this author
409407227 发表于 2021-12-27 14:47
卢老师您好,我优化VO43-阴离子的结构,并想计算其Raman光谱,理论方法分别采用的B3LYP和PBE0比较一下,当 ...

负电荷这么多,显然不可能不加弥散

这个体系带弥散函数按照下文的说法绝对不可能没法弄收敛
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-27 16:43:56 | 只看该作者 Only view this author
小庄师弟 发表于 2021-12-27 14:36
各位老师好,使用Gaussian16进行计算时(结构优化部分已经完成,任务只有频率计算),由于服务器问题导致频 ...

提取最后结构重新算freq
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-27 16:46:43 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2021-12-27 11:24
各位老师好,最近在帮一个老师算一个Fe,Ce团簇的分子轨道图形和能量,结构如下图所示。第一次接触此类分子 ...

是PBE0不是PBE(0)
级别可以
如果要得到晶体结构下的轨道图形,至少重新优化氢,此文提了
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569
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发表于 Post on 2021-12-27 17:30:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-27 16:46
是PBE0不是PBE(0)
级别可以
如果要得到晶体结构下的轨道图形,至少重新优化氢,此文提了

好的收到,谢谢Sob老师解答

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