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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-30 00:08:31 | 只看该作者 Only view this author
慢半拍的小陈 发表于 2021-12-29 19:48
老师我在复现别人的文章,我想知道他这个频率是取的哪个呢?

我没看过那文章不可能知道
仔细看文章内容,有糊涂的地方直接发邮件问作者
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-30 00:34:07 | 只看该作者 Only view this author
SYL 发表于 2021-12-29 21:49
sob老师,过程如图

尝试用对称破缺单重态方式算过渡态,参考
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-12-30 09:11:38 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我用您博文中的溶剂化方法算一下不同溶剂的O2吸附能,但是CH3CH2OH的这个溶剂下算出来O2的吸附能是-4431.02Kcal/mol,这明显是不太可能的。这里CH3CH2OH的溶剂单点能和其他溶剂的单点能相比差了好多,我重新算一次也是这样。这是怎么回事呢?有没有什么解决办法?

4FeOO-6CCl4.log

217.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

4FeOO-6freq-CH3CH2OH.log

283.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

4FeOO-6THF.log

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发表于 Post on 2021-12-30 09:34:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-30 00:34
尝试用对称破缺单重态方式算过渡态,参考
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

感谢sob老师!我悟了。

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发表于 Post on 2021-12-30 10:52:21 | 只看该作者 Only view this author

老师,是想让这两个溶剂相对比,在DCE溶剂中优化的能量比TFE中优化的能量高,但是在DCE中优化的能垒较低,能不能说明在DCE中更好,因为我现在不知道该对比能垒还是该对比绝对能量

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-30 16:49:45 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-12-30 09:11
sob老师您好,我用您博文中的溶剂化方法算一下不同溶剂的O2吸附能,但是CH3CH2OH的这个溶剂下算出来O2的吸 ...

如果其它溶剂下结果都靠谱,可能此溶剂下SCF没收敛到稳定波函数。做波函数稳定性测试看看
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发表于 Post on 2021-12-30 17:21:41 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2021-12-30 03:52
老师,是想让这两个溶剂相对比,在DCE溶剂中优化的能量比TFE中优化的能量高,但是在DCE中优化的能垒较低 ...

首先,应该用自由能说事,而不是用能量。
其次,假设自由能的趋势和能量一致的话,那么DCE里的能量比TFE里高,说明溶质很可能在DCE里溶解度比TFE里小(但这不是一定的,因为计算的是理想溶液,而饱和溶液一般不是理想溶液)。所以需要实验上确认溶质是否可以全溶于DCE,如果可以,那么只靠自由能垒说事就行了;如果不能,需要知道溶质在DCE里的溶解度(最好用实验,计算算得不如实验准)才能判断
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-12-30 18:37:24 | 只看该作者 Only view this author

通过Gaussian计算,出现这种情况,是不是因为SCF不收敛所导致的

小白请教。
通过Gaussian计算,出现这种情况,第一张图片是不是因为SCF不收敛所导致的,第二张是计算的分子结构。是这样自定义的:
%mem=1400MB
%chk=C:\Users\lenovo\Desktop\22.STO\dianlan-Ag.chk
# opt freq b3lyp/3-21g geom=connectivity



1HI)P72DHGC8{6W3C`[BPDT.png (32.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

opt+freq

opt+freq

IY9}[T(BZFH76D932INR)@G.png (101.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

分子结构

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发表于 Post on 2021-12-30 18:45:35 | 只看该作者 Only view this author
是的,建议看社长的帖子http://sobereva.com/61

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发表于 Post on 2021-12-30 19:32:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-12-30 17:21
首先,应该用自由能说事,而不是用能量。
其次,假设自由能的趋势和能量一致的话,那么DCE里的能量比TFE ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-12-30 20:46:04 | 只看该作者 Only view this author

G09怎样编辑def2-svpd基组和Lanl2tz基组的输入文件

以为def2-svpd基组和def2-svp基组编辑方式一样,结果不对。请问有没有这两个基组的算例,我想学习怎样编辑输入文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-30 20:57:31 | 只看该作者 Only view this author
xiaoshan 发表于 2021-12-30 20:46
以为def2-svpd基组和def2-svp基组编辑方式一样,结果不对。请问有没有这两个基组的算例,我想学习怎样编辑 ...

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-30 21:02:46 | 只看该作者 Only view this author
long1999 发表于 2021-12-30 18:37
小白请教。
通过Gaussian计算,出现这种情况,第一张图片是不是因为SCF不收敛所导致的,第二张是计算的分 ...

仔细看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

你的结构严重离谱,六元环怎么可能扭曲成那样。而且弄清楚左下角和右边的碳是不是都少了个氢

当前用的基组算这个完全是搞笑,仔细看此文了解基本常识
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html
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发表于 Post on 2021-12-30 21:25:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-30 21:02
仔细看
解决SCF不收敛问题的方法
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谢谢老师

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发表于 Post on 2021-12-31 08:45:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-30 16:49
如果其它溶剂下结果都靠谱,可能此溶剂下SCF没收敛到稳定波函数。做波函数稳定性测试看看

社长好,我用stable重新算了隐式溶剂下的单点能,加了stable,结果显示是波函数是稳定的( The wavefunction is stable under the perturbations considered.)。这怎么办呀,为何就这个溶剂算出来的数据不合适(比其他溶剂的能量负4000kcal/mol左右)。

本版积分规则 Credits rule

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