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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-12-27 17:35:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-27 16:43
提取最后结构重新算freq

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-12-27 18:14:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-27 16:43
负电荷这么多,显然不可能不加弥散

这个体系带弥散函数按照下文的说法绝对不可能没法弄收敛

谢谢卢老师,我再试试

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14448#
发表于 Post on 2021-12-27 20:07:02 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我想问一下,在找氢在氮和氧之间的过渡态时,发现用b3lyp/6-31G(d)找的过渡态算出来能量是-1846.867136 a.u.,用b3lyp/6-31+G(d)算出来的能量是-1846.438995 a.u.,这能量相差的有点太大了。N与过渡金属、甲氧基分别成键,还有一个用来接受质子。用b3lyp/6-31+G(d)找过渡态的时候,N-OMe的键一直显示断开的状态,但是,用b3lyp/6-31G(d)计算的过渡态就没有这个问题。老师,我想问一下b3lyp/6-31+G(d)算出来的能量值是不是不能用?但是,通过走IRC得到的反应物和产物也都是想要的,就是能量太高了

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14449#
发表于 Post on 2021-12-28 16:00:57 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,请问如果使用您写的博文《基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱》中提及的方法计算出来的第一激发能可否认为也是S1到S0的发射能?

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发表于 Post on 2021-12-28 16:02:18 | 只看该作者 Only view this author
请教Sob老师,如果一个体系中金属的价态无法确定,例如二茂铁中的Fe可以是二价或三价,这种情况有什么合适的计算方法去对结构进行确认呢?是否可以忽略电子质量,优化不同价态下的结构,对比两者的能量即稳定性,来确定价态呢?

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发表于 Post on 2021-12-28 19:21:42 | 只看该作者 Only view this author
想请问一下老师,如果计算优化一个Zn(COOCH2NH3)2的结构的话,用b3lyp/6-311g**的计算等级发文章的话足够吗?还是需要给Zn再加个赝势呢?

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发表于 Post on 2021-12-28 20:40:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 含光君 于 2021-12-28 20:42 编辑

sob老师好,请问6-31G**基组给重原子加极化为什么会有6个D基函数作为极化函数呢?图中第二周期元素最后一项3s为什么会包含在极化函数里呀?




QQ图片20211228203428.jpg (225.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-28 21:24:26 | 只看该作者 Only view this author
含光君 发表于 2021-12-28 20:40
sob老师好,请问6-31G**基组给重原子加极化为什么会有6个D基函数作为极化函数呢?图中第二周期元素最后一项 ...

6-31G系列基组默认用笛卡尔型基函数,D壳层有6个基函数,经过线性组合可以得到5个球谐型D基函数和一个S型基函数,看
谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识
http://sobereva.com/51

不过你的照片里的那种写法明显有歧义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-28 21:26:48 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-12-28 19:21
想请问一下老师,如果计算优化一个Zn(COOCH2NH3)2的结构的话,用b3lyp/6-311g**的计算等级发文章的话足够吗 ...

过渡金属配合物不建议B3LYP
此文明确说了
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html

用不用赝势基组无所谓,参看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-28 21:27:03 | 只看该作者 Only view this author
Scarlett-ww 发表于 2021-12-28 16:02
请教Sob老师,如果一个体系中金属的价态无法确定,例如二茂铁中的Fe可以是二价或三价,这种情况有什么合适 ...

使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362http://bbs.keinsci.com/thread-5118-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-28 21:27:33 | 只看该作者 Only view this author
阿甘 发表于 2021-12-28 16:00
老师您好,请问如果使用您写的博文《基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱》中提及的方法计算出来的 ...

不能
不考虑振动态问题的话,S1发射是在S1极小点结构下发射的,你得先优化S1态
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-28 21:28:10 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2021-12-27 20:07
老师,您好,我想问一下,在找氢在氮和氧之间的过渡态时,发现用b3lyp/6-31G(d)找的过渡态算出来能量是-184 ...

不同计算级别下算的绝对能量没有可比性,属于最基本常识
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发表于 Post on 2021-12-28 21:35:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-28 21:24
6-31G系列基组默认用笛卡尔型基函数,D壳层有6个基函数,经过线性组合可以得到5个球谐型D基函数和一个S型 ...

谢谢老师,博文里写得非常详细,收获非常大
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发表于 Post on 2021-12-28 21:43:25 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2021-12-27 20:07
老师,您好,我想问一下,在找氢在氮和氧之间的过渡态时,发现用b3lyp/6-31G(d)找的过渡态算出来能量是-184 ...

老师,您好,我想问一下,在找氢在氮和氧之间的过渡态时,发现用b3lyp/6-31G(d)找的过渡态算出来能量是-1846.867136 a.u.,用b3lyp/6-31+G(d)算出来的能量是-1846.438995 a.u.,这能量相差的有点太大了。
不同基组下的能量本来就没有可比性,重要的是相对能量而不是绝对能量,基组大了能量自然会低(你这个基组大了反而能量还高了,很可能哪里搞错了,建议好好检查一下)
N-OMe的键一直显示断开的状态
键一直显示断开只说明两个原子之间的距离大于默认的阈值,其它什么都说明不了

现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-12-28 21:49:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-28 21:26
过渡金属配合物不建议B3LYP
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谢谢老师,那用tpss/6-311g**这样是合适的吗?

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