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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-12-31 14:42:36 | 只看该作者 Only view this author

含有硫氰酸钾体系KSCN和小分子,Gaussian基组的选择求助

体系中含有硫氰酸钾KSCN或者硫氰酸钠NaSCN和有机小分子,总共30-50个原子,计算吉布斯自由能和过渡态,可以选择6-311++(d,p)基组吗?这样的基组除了费时更大,计算精度用于SCI论文发表够吗?

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发表于 Post on 2021-12-31 16:18:08 | 只看该作者 Only view this author
结构优化用这个够(不过注意是叫6-311++G(d,p),不要漏掉那个G),算单点能不够,至少要def2-TZVP,而且尽量用双杂化泛函或DLPNO-CCSD(T)算单点
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-31 23:27:27 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-12-31 08:45
社长好,我用stable重新算了隐式溶剂下的单点能,加了stable,结果显示是波函数是稳定的( The wavefunct ...

不好说。把真空下的相对能量,以及各物质算的溶解自由能的大小都列出来,对比判断原因
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-1 00:10:57 | 只看该作者 Only view this author
王婷婷 发表于 2021-12-31 14:42
体系中含有硫氰酸钾KSCN或者硫氰酸钠NaSCN和有机小分子,总共30-50个原子,计算吉布斯自由能和过渡态,可以 ...

没必要给氢加弥散。而且弥散只给SCN部分加就够了。
仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

算自由能中的高精度单点部分,当前基组明显不够,仔细看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
建议至少def2-TZVP(如果SCN部分参与反应,SCN部分最好加弥散,看《给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法》 http://sobereva.com/340
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发表于 Post on 2022-1-1 16:06:33 | 只看该作者 Only view this author
“另外再提一下,实际上,优化过程只要力收敛了,即便位移没收敛,但只要受力小于收敛限的100倍也自动被Gaussian算作收敛,这主要考虑势能面非常非常缓的大的柔性分子,相对于这样尺度的分子,收敛到那么精确意义也不大,这样可避免收敛太慢。这种情况下,连opt最后都有NO,显然freq最后也肯定有NO。解决方法同上面(1)、(2)。”

sob老师在《Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法》中提到了受力小于收敛限的100倍也被Gaussian算作收敛。但是我有点疑惑的是,这种情况几何优化后得到的结果到底是否可以接受呢?分子有158个原子,几何优化后的结果用来计算uv-vis吸收光谱。

几何优化的收敛情况如下:

         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000004     0.000450     YES
RMS     Force            0.000001     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.011715     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.002082     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-2.858722D-09
Optimization completed on the basis of negligible forces.
    -- Stationary point found.

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发表于 Post on 2022-1-1 17:07:09 | 只看该作者 Only view this author
mayya 发表于 2022-1-1 09:06
“另外再提一下,实际上,优化过程只要力收敛了,即便位移没收敛,但只要受力小于收敛限的100倍也自动被Gau ...

可以接受。虽然这时计算可能会有一定误差,但这个误差远小于你没做振动分辨光谱/构象平均引入的误差。如果担心结果不准,首先应当考虑做振动分辨光谱或者做构象搜索,结构优化收敛限的问题是次要一些的
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-1-1 17:57:17 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-1-1 17:07
可以接受。虽然这时计算可能会有一定误差,但这个误差远小于你没做振动分辨光谱/构象平均引入的误差。如 ...

谢谢大佬!

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发表于 Post on 2022-1-2 18:14:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 329678001 于 2022-1-2 18:16 编辑
sobereva 发表于 2021-12-31 23:27
不好说。把真空下的相对能量,以及各物质算的溶解自由能的大小都列出来,对比判断原因

算了很多溶剂的单点能,这一横排都是溶剂化的单点能。只有这个溶剂的单点能和其他溶剂的单点能差别有点大,有点奇怪呀

M8W@K2SJPGI}TKLO`CHU}ED.png (7.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-2 22:24:25 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2022-1-2 18:14
算了很多溶剂的单点能,这一横排都是溶剂化的单点能。只有这个溶剂的单点能和其他溶剂的单点能差别有点大 ...

要求严谨的时候,气相单点能和溶解自由能分开算,此文说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
分开考虑也有助于你弄清楚结果异常的原因
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发表于 Post on 2022-1-3 15:19:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-2 22:24
要求严谨的时候,气相单点能和溶解自由能分开算,此文说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的 ...

是分开算的,算了加大基组后的单点,气象单点,溶剂单点,这里出问题就是溶剂单点能。我打算用个介电常数代替一下溶剂,做个相对的能量好了(不太重要的数据)。

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发表于 Post on 2022-1-3 19:42:44 | 只看该作者 Only view this author
  我想问一下如何判断过渡态的自旋多重度的问题。反应物是一个自由基,自旋多重度为2,产物为一个闭壳层分子+oh,自由基自旋多重度为2。那像下面的这种过渡态应该怎么判断多重度呢?每一个自由基分开算,然后将自旋多重度相加吗?
   

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-3 21:24:22 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2022-1-3 15:19
是分开算的,算了加大基组后的单点,气象单点,溶剂单点,这里出问题就是溶剂单点能。我打算用个介电常数 ...

换个溶剂模型再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-3 21:25:25 | 只看该作者 Only view this author
慢半拍的小陈 发表于 2022-1-3 19:42
我想问一下如何判断过渡态的自旋多重度的问题。反应物是一个自由基,自旋多重度为2,产物为一个闭壳层分 ...

自旋多重度没法加和,这是基本常识

自旋多重度还是2
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发表于 Post on 2022-1-3 21:35:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-3 21:25
自旋多重度没法加和,这是基本常识

自旋多重度还是2

老师,这个判断方法是什么呢?根据电子数判断的吗?

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发表于 Post on 2022-1-3 21:40:34 | 只看该作者 Only view this author
慢半拍的小陈 发表于 2022-1-3 14:35
老师,这个判断方法是什么呢?根据电子数判断的吗?

把这个分子最主要的共振式画出来,数一下自旋向上的单电子的个数,以及自旋向下的单电子的个数,自旋多重度等于(自旋向上的单电子的个数 - 自旋向下的单电子的个数 + 1)。
只知道电子数无法唯一确定自旋多重度
Zikuan Wang
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