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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-1-9 16:46:26 | 只看该作者 Only view this author
zzz2430 发表于 2022-1-9 14:52
各位老师好。我想对一个配合物做结构优化和激发态计算,但它同时含有过渡金属锌和稀土元素铕。考虑使用DFT ...

首先DFT和B3LYP不是并列关系。
其次这种情况非常不适合用B3LYP。Gaussian的话用PBE0-D3(BJ)要好的多。对过渡金属和镧系的赝势要求不高用SDD即可。

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发表于 Post on 2022-1-9 22:39:32 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,本人目前在计算重组能的时候采用了四点法和dushin程序两种方法,发现有的分子通过两种方法计算得到的重组能很接近,而有些分子的结果差距很大,请问这种情况是怎么回事?在论坛里搜了一下没有找到很好的解释

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发表于 Post on 2022-1-9 22:47:22 | 只看该作者 Only view this author
落雁 发表于 2022-1-9 15:39
各位老师好,本人目前在计算重组能的时候采用了四点法和dushin程序两种方法,发现有的分子通过两种方法计算 ...

具体给一下哪些分子接近,哪些分子差距很大
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-1-9 23:30:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 落雁 于 2022-1-10 17:47 编辑
wzkchem5 发表于 2022-1-9 22:47
具体给一下哪些分子接近,哪些分子差距很大


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发表于 Post on 2022-1-9 23:44:34 | 只看该作者 Only view this author

sobereva老师,我算EDA的时候同一个作业报错了几次后就出现上面的情况了,请问该如何解决呢?麻烦老师。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-10 01:15:31 | 只看该作者 Only view this author
nzh19981019 发表于 2022-1-9 23:44
sobereva老师,我算EDA的时候同一个作业报错了几次后就出现上面的情况了,请问该如何解决呢?麻烦老师。

单独发个主贴问,并上传压缩后的输入输出文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-10 01:16:49 | 只看该作者 Only view this author
落雁 发表于 2022-1-9 23:30
谢谢老师,如图所示,上面的分子就很接近,下面的分子差距就很大

把中性和带电状态的结构按下文叠加显示到一起看看差异多大

在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html
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发表于 Post on 2022-1-10 01:21:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-10 01:16
把中性和带电状态的结构按下文叠加显示到一起看看差异多大

在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及 ...

谢谢老师,是不是如果结构差异很大的话,两种方法得出的值差距大就是相对合理的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-10 01:24:29 | 只看该作者 Only view this author
落雁 发表于 2022-1-10 01:21
谢谢老师,是不是如果结构差异很大的话,两种方法得出的值差距大就是相对合理的?

有可能
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发表于 Post on 2022-1-10 08:40:51 | 只看该作者 Only view this author
我在用ORCA算DLPNO-CCSD(T),一个很小的体系,但是CCSD迭代50次仍然不满足收敛标准,我看数值已经很小了,而且一直在减小(没有震荡),虽然收敛比较慢,但是每次耗时都很短,所以想加一点迭代次数,这个关键词要怎么写

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发表于 Post on 2022-1-10 15:39:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-10 01:15
单独发个主贴问,并上传压缩后的输入输出文件

谢谢您
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发表于 Post on 2022-1-10 16:34:47 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2022-1-10 01:40
我在用ORCA算DLPNO-CCSD(T),一个很小的体系,但是CCSD迭代50次仍然不满足收敛标准,我看数值已经很小了, ...

在orca说明书的DLPNO-CCSD(T)章节里有。以后这种问题先在orca说明书里搜,搜不到再来问
此外建议顺便改一改maxdiis看看
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-1-10 18:50:26 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问计算ADMP的时候使用B3LYP或者PBE方法时可以加D3校正吗?

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发表于 Post on 2022-1-10 20:54:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-16 15:41
你要做动力学吗?如果涉及动力学,建议用ORCA或CP2K,如果涉及post-SCF计算建议用ORCA,否则高斯应该还可 ...

谢谢您

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发表于 Post on 2022-1-10 20:54:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-17 02:10
多数情况可以用Gaussian当簇模型来算,比如下文就有个MOF的簇结构,把小分子放进去当孤立体系来算即可, ...

谢谢大佬

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