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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-1-4 11:31:47 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我用高斯计算过渡金属,需要的机器内存比较大(大于60GB),我组计算节点的机器只有60GB,请问可以怎么分段写中间文件吗?

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发表于 Post on 2022-1-4 16:46:35 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2022-1-4 04:31
请问老师,我用高斯计算过渡金属,需要的机器内存比较大(大于60GB),我组计算节点的机器只有60GB,请问可 ...

你要做SCF计算、TDDFT计算、MP2(包括双杂化泛函单点)计算还是多参考计算?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-1-4 21:05:46 | 只看该作者 Only view this author
请问,采用VMD软件如何逐帧观看traj.xyz文件?

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发表于 Post on 2022-1-4 21:17:05 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2022-1-4 21:05
请问,采用VMD软件如何逐帧观看traj.xyz文件?

已经捣鼓出来了,VMD Main界面内有一个滑动按钮,移动就行了

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发表于 Post on 2022-1-4 23:34:33 | 只看该作者 Only view this author

gaussian Link die,请问是哪里出错了,最后的输出截图了

Gaussian运行中断,最后的输出图片在贴中,请问是哪里出错了呢

V~VGMIY{2EE9J~HICRJCB1J.png (829.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

V~VGMIY{2EE9J~HICRJCB1J.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-5 00:54:02 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2022-1-4 11:31
请问老师,我用高斯计算过渡金属,需要的机器内存比较大(大于60GB),我组计算节点的机器只有60GB,请问可 ...

你先分清楚内存和硬盘
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-5 02:30:28 | 只看该作者 Only view this author
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html
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发表于 Post on 2022-1-5 02:47:17 | 只看该作者 Only view this author
高斯提问常识:高斯的报错原因一般不能由结尾几行唯一确定,如果不确定具体要贴多少行才能唯一确定报错原因,应当上传整个输出文件,而非只上传输出文件的结尾
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-1-5 10:52:20 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我在用高斯计算过渡金属的单点能, 测试不同泛函,会一直出现内存不足的报错,但已达机器上限,请问在计算的时候可以分开储存中间文件吗?
输入关键词如下:
%nproc=24
%mem=50GB
%chk=metal.chk
M11/genecp    scf=tight   Integral(Grid=ultrafine)

报错信息如下:
Insufficient memory for PRISM at phase 13 iEnd=   274054462 LenI=   133785069.
Error termination via Lnk1e in /share/apps/g16/l502.exe at Sun Aug  1 12:58:54 2021.
Job cpu time:       1 days 16 hours 58 minutes 20.6 seconds.
Elapsed time:       0 days  1 hours 42 minutes 28.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    468 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
Error: segmentation violation, address not mapped to object
Error: segmentation violation
Error: segmentation violation, address not mapped to object
Error: segmentation violation, address not mapped to object

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-5 21:20:58 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2022-1-5 10:52
老师好,我在用高斯计算过渡金属的单点能, 测试不同泛函,会一直出现内存不足的报错,但已达机器上限,请 ...

不要写多余关键词
scf=tight、ultrafine对G16都是默认的写它干嘛
绝对不要用M11,算什么都不灵,都没有测试的必要
不要做无意义的测试,就算测试也应当是在有测试价值的泛函范畴里测试,仔细看
谈谈量子化学研究中什么样的benchmark才有意义
http://sobereva.com/554http://bbs.keinsci.com/thread-17826-1-1.html

内存给得不够
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发表于 Post on 2022-1-6 16:18:40 | 只看该作者 Only view this author

过渡态计算出现L9999错误

老师好,我在过渡态计算中总会出现L9999错误,有哪位老师帮忙解答一下,万分感谢。我的输入文件和输出文件如下,麻烦了,谢谢。
%nosave
#p opt=(calcfc,ts,maxcycle=300) freq ub3lyp/6-311+g(3df)
Title Card Required
0 2
Cu                -0.71294500   -1.07077200   -0.00000100
C                  0.92190000    0.76137200    0.00003500
C                 -1.15701500    1.19275700    0.00001900
C                  2.16777700    0.50284700    0.00004500
O                 -2.16831100    1.79309100   -0.00002700
O                  3.30323900    0.24572800   -0.00004300


输出文件的最后是
Predicted change in Energy=-2.475723D-02
Optimization stopped.
    -- Wrong number of Negative eigenvalues: Desired=  1 Actual=  4
    -- Flag reset to prevent archiving.
                           ----------------------------
                           ! Non-Optimized Parameters !
                           ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                            --------------------------
! Name  Definition              Value          Derivative Info.                !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1    R(1,2)                  2.0099         -DE/DX =   -0.0238              !
! R2    R(1,3)                  2.0085         -DE/DX =    0.0352              !
! R3    R(2,4)                  1.3109         -DE/DX =   -0.0263              !
! R4    R(3,5)                  1.1413         -DE/DX =   -0.0244              !
! R5    R(4,6)                  1.1625         -DE/DX =    0.0441              !
! A1    A(2,1,3)               83.1879         -DE/DX =    0.1023              !
! A2    A(1,2,4)              158.4001         -DE/DX =    0.0191              !
! A3    A(1,3,5)              131.1039         -DE/DX =    0.0042              !
! A4    L(2,4,6,1,-1)         173.7887         -DE/DX =    0.0172              !
! A5    L(2,4,6,1,-2)         183.0495         -DE/DX =    0.0                 !
! D1    D(3,1,2,4)           -172.8942         -DE/DX =    0.0                 !
! D2    D(2,1,3,5)           -167.7942         -DE/DX =    0.0                 !
--------------------------------------------------------------------------------
Lowest energy point so far.  Saving SCF results.
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Largest change from initial coordinates is atom    3       0.000 Angstoms.
Leave Link  103 at Thu Jan  6 16:04:52 2022, MaxMem=    33554432 cpu:         0.0
(Enter /software/g09.d01/g09/l202.exe)
                          Input orientation:                          
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1         29           0        0.000000    0.000000    0.000000
      2          6           0        0.000000    0.000000    2.014641
      3          6           0        1.909317    0.000000    0.608379
      4          6           0       -0.556677    0.000000    3.210637
      5          8           0        2.746335    0.000000   -0.185203
      6          8           0       -1.168938    0.000000    4.188138
---------------------------------------------------------------------
                    Distance matrix (angstroms):
                    1          2          3          4          5
     1  Cu   0.000000
     2  C    2.014641   0.000000
     3  C    2.003900   2.371300   0.000000
     4  C    3.258539   1.319203   3.585090   0.000000
     5  O    2.752572   3.518760   1.153418   4.737258   0.000000
     6  O    4.348208   2.467895   4.721263   1.153418   5.869879
                    6
     6  O    0.000000
Stoichiometry    C3CuO2(2)
Framework group  CS[SG(C3CuO2)]
Deg. of freedom     9
Full point group                 CS      NOp   2
RotChk:  IX=0 Diff= 2.84D-15
Largest Abelian subgroup         CS      NOp   2
Largest concise Abelian subgroup C1      NOp   1
                         Standard orientation:                        
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1         29           0       -0.659051   -0.897691    0.000000
      2          6           0        0.000000    1.006102    0.000000
      3          6           0        1.344232   -0.947383    0.000000
      4          6           0       -0.134800    2.318400    0.000000
      5          8           0        1.875591   -1.971116    0.000000
      6          8           0       -0.393604    3.442407    0.000000
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ):      5.3439605      1.2540559      1.0157030
Leave Link  202 at Thu Jan  6 16:04:52 2022, MaxMem=    33554432 cpu:         0.0
(Enter /software/g09.d01/g09/l9999.exe)
B after Tr=     0.000000    0.000000    0.000000
         Rot=    1.000000    0.000000    0.000000    0.000000 Ang=   0.00 deg.
Final structure in terms of initial Z-matrix:
Cu
C,1,B1
C,2,B2,1,A1
C,2,B3,1,A2,3,D1,0
O,3,B4,2,A3,1,D2,0
O,4,B5,2,A4,1,D3,0
      Variables:
B1=2.01464106
B2=2.3713
B3=1.31920256
B4=1.15341761
B5=1.15341761
A1=53.62737323
A2=155.04036537
A3=172.89850343
A4=172.89850343
D1=180.
D2=0.
D3=0.

ON A TOMBSTONE, "HERE LIES LESTER MOORE,
FOUR SLUGS FROM A 44, NO LES, NO MORE".
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /software/g09.d01/g09/l9999.exe at Thu Jan  6 16:04:52 2022.
Job cpu time:       0 days  0 hours 31 minutes 39.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     87 Int=      0 D2E=      0 Chk=      8 Scr=      1

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发表于 Post on 2022-1-6 16:53:47 | 只看该作者 Only view this author
加noeigentest。参见http://gaussian.com/opt/
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发表于 Post on 2022-1-6 18:20:27 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-1-6 16:53
加noeigentest。参见http://gaussian.com/opt/

好的,感谢老师,我加上这个关键词在计算了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-7 04:05:36 | 只看该作者 Only view this author
gesehuapa 发表于 2022-1-6 16:18
老师好,我在过渡态计算中总会出现L9999错误,有哪位老师帮忙解答一下,万分感谢。我的输入文件和输出文件 ...

当前问题和“量化理论”毫无关系,明明只是Gaussian程序自身使用问题而已。仔细看清楚板块的版头的分类说明,发帖时候不要胡乱选择分类,以后再发现将扣分处理
常见问题先用论坛首页全文搜索框搜索再问。如果Gaussian还没入门,提问在本帖回复里问
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Level 2 能力者

14520#
发表于 Post on 2022-1-9 14:52:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zzz2430 于 2022-1-9 15:30 编辑

各位老师好。我想对一个配合物做结构优化和激发态计算,但它同时含有过渡金属锌和稀土元素铕。考虑使用DFT和B3LYP泛函,在精度要求不高的前提下哪些赝势基组比较合适呢?

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