计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

14536#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-11 03:45:18 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2022-1-10 18:50
sob老师,请问计算ADMP的时候使用B3LYP或者PBE方法时可以加D3校正吗?

没试过,原理上应当可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

99

帖子

0

威望

333

eV
积分
432

Level 3 能力者

14537#
发表于 Post on 2022-1-11 06:29:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-11 03:45
没试过,原理上应当可以

谢谢老师

410

帖子

0

威望

2519

eV
积分
2929

Level 5 (御坂)

14538#
发表于 Post on 2022-1-11 14:31:35 | 只看该作者 Only view this author
使用opt=(calcall,ts,noeigen)优化过渡态,结果收敛了,但是一个虚频也没有,这个正常吗

1万

帖子

0

威望

9895

eV
积分
22145

Level 6 (一方通行)

14539#
发表于 Post on 2022-1-11 16:03:59 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2022-1-11 07:31
使用opt=(calcall,ts,noeigen)优化过渡态,结果收敛了,但是一个虚频也没有,这个正常吗

正常,说明收敛的结构不是过渡态,需要观察结构有没有什么不合理的地方,手动调整结构,重新优化
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

132

帖子

0

威望

1778

eV
积分
1910

Level 5 (御坂)

14540#
发表于 Post on 2022-1-11 17:54:49 | 只看该作者 Only view this author

单点能的理解

       最近看到一篇文献,里面的表中出现了1. energy barriers 和 2. reaction energies 这两个概念。感觉文中作者也没解释清楚。


我觉得1应该表示单点能,2应该是焓,不过作者在介绍里说V又代表ZPE,就有些困惑。不知道大家是怎样理解1,2的。
kong2021.pdf (2.05 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

134

帖子

0

威望

1448

eV
积分
1582

Level 5 (御坂)

14541#
发表于 Post on 2022-1-11 20:15:42 | 只看该作者 Only view this author
energy barriers为反应物和过渡态的单点能(加上ZPE校正)之差,不是知道“作者在介绍里说V≠ 又代表ZPE”这个是哪里看出来的,下面标黄的那句也不是这个意思啊。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

14542#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-12 03:40:32 | 只看该作者 Only view this author
z1065480896 发表于 2022-1-11 17:54
最近看到一篇文献,里面的表中出现了1. energy barriers 和 2. reaction energies 这两个概念。感觉 ...

ΔV≠是过渡态的U(0)减去反应物的U(0)。U(0)=电子能量+ZPE
ΔH是产物的焓减反应物的焓

这些常识不懂的话仔细看Shermo手册的附录部分的热力学量计算介绍
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html

PS:我没看这文章,但从截图的部分看感觉这文章比较业余,连//符号都用错了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

132

帖子

0

威望

1778

eV
积分
1910

Level 5 (御坂)

14543#
发表于 Post on 2022-1-12 08:02:39 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2022-1-11 20:15
energy barriers为反应物和过渡态的单点能(加上ZPE校正)之差,不是知道“作者在介绍里说V≠ 又代表ZPE”这 ...

哦好的,没仔细看,谢谢哈

132

帖子

0

威望

1778

eV
积分
1910

Level 5 (御坂)

14544#
发表于 Post on 2022-1-12 08:03:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-12 03:40
ΔV≠是过渡态的U(0)减去反应物的U(0)。U(0)=电子能量+ZPE
ΔH是产物的焓减反应物的焓

好的,谢谢老师

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

14545#
发表于 Post on 2022-1-12 16:34:04 | 只看该作者 Only view this author
大家好,我分别在B3LYP/6-31++G(d,p)和CCSD(T)/cc-pVDZ 水平下下计算FH + Cl = F + HCl  在298.15K 的速率常数,想看看计算方法对动力学参数计算结果的影响。现在CCSD(T)/cc-pVDZ 水平下计算HF时报错,输入输出文件如下,希望大家帮忙看看原因,谢谢。

①输入文件:

%chk=C:\Users\smile\Desktop\Cl-HF.chk

# CCSD(T)/cc-pVDZ opt freq



HF



0 1

F                  0.12967842    0.08771930   -0.02228283


H                 -0.75032158    0.08771930   -0.02228283



②输出文件:

******************************************

Gaussian 09:  IA32W-G09RevA.02 11-Jun-2009

                12-Jan-2022

******************************************

%chk=C:\Users\smile\Desktop\Cl-HF.chk

--------------------------

# CCSD(T)/cc-pVDZ opt freq

--------------------------



Warning:  this job cannot use analytic gradients

           and so will do many energy evaluations.



1/29=20000,38=1/1,14;

2/12=2,17=6,18=5,29=3,40=1/2;

3/5=16,11=9,16=1,25=1,30=1/1,2,3;

4//1;

5/5=2,38=5/2;

8/6=4,9=120000,10=1/1,4;

9/5=7,14=2/13;

6/7=2,8=2,9=2,10=2/1;

1//14(2);

2/29=3/2;

99//99;

2/29=3/2;

3/5=16,11=9,16=1,25=1,30=1/1,2,3;

4/5=5,16=3/1;

5/5=2,38=5/2;

8/6=4,9=120000,10=1/1,4;

9/5=7,14=2/13;

1//14(-6);

2/29=3/2;

6/7=2,8=2,9=2,10=2/1;

99//99;

--

HF

--

Symbolic Z-matrix:

Charge =  0 Multiplicity = 1

F                     0.12968   0.08772  -0.02228

H                    -0.75032   0.08772  -0.02228





NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-

NUMERICAL EIGENVECTOR FOLLOWING MINIMUM SEARCH

INITIALIZATION PASS





************************************************

** ERROR IN INITNF. NUMBER OF VARIABLES (  0) **

**   INCORRECT (SHOULD BE BETWEEN 1 AND 50)   **

************************************************





Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l114.exe at Wed Jan 12 16:25:33 2022.

Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.

File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1


1万

帖子

0

威望

9895

eV
积分
22145

Level 6 (一方通行)

14546#
发表于 Post on 2022-1-12 16:35:50 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-1-12 09:34
大家好,我分别在B3LYP/6-31++G(d,p)和CCSD(T)/cc-pVDZ 水平下下计算FH + Cl = F + HCl  在298.15K 的速率 ...

以后遇到高斯报错,先在http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html这个帖子里搜,搜不到再来问
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

14547#
发表于 Post on 2022-1-12 16:48:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-1-12 16:35
以后遇到高斯报错,先在http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html这个帖子里搜,搜不到再来问

找到了,谢谢老师,我以后会注意的。打扰您了

132

帖子

0

威望

1778

eV
积分
1910

Level 5 (御坂)

14548#
发表于 Post on 2022-1-12 17:42:43 | 只看该作者 Only view this author
求助相关Ionization Energy and Electron Affinity资料和文献,谢谢大家

1万

帖子

0

威望

9895

eV
积分
22145

Level 6 (一方通行)

14549#
发表于 Post on 2022-1-12 19:20:21 | 只看该作者 Only view this author
z1065480896 发表于 2022-1-12 10:42
求助相关Ionization Energy and Electron Affinity资料和文献,谢谢大家

https://en.wikipedia.org/wiki/Ionization_energy
https://en.wikipedia.org/wiki/Electron_affinity
看这两个页面底下的参考文献
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

14550#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-13 08:15:26 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-1-12 16:34
大家好,我分别在B3LYP/6-31++G(d,p)和CCSD(T)/cc-pVDZ 水平下下计算FH + Cl = F + HCl  在298.15K 的速率 ...

做这种对比毫无意义,注意看
谈谈量子化学研究中什么样的benchmark才有意义
http://sobereva.com/554http://bbs.keinsci.com/thread-17826-1-1.html

拿这俩级别算k完全是搞笑,明摆着全都不靠谱
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 18:00 , Processed in 0.240450 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list