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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-2-22 16:38:53 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,想要对附件里已经初步优化后的结构通过扫描得到更稳定结构,①只对4-26、4-17、17-20、20-23、23-24五个旋转键对应的二面角扫描依次扫描足够吗?②是在第一个二面角扫描后的最低点结构上继续扫描第二个二面角以此类推,还是分别在五个输入文件中单独扫描五个二面角,再把每个最低点对应的二面角值修改至最初优化的结构中呢?有错误理解麻烦大家指正,谢谢。

w1C-C-C-O.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-22 19:48:30 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-22 16:38
请问各位老师,想要对附件里已经初步优化后的结构通过扫描得到更稳定结构,①只对4-26、4-17、17-20、20-23 ...

用molclus+gentor做构象搜索就完了
仔细看
molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
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发表于 Post on 2022-2-23 09:49:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-22 19:48
用molclus+gentor做构象搜索就完了
仔细看
molclus主页

老师,再追问下,还是附件里的分子,①我想用便宜的方法先对17-20旋转键对应的二面角单次旋转十度得到的36帧结构进行构象搜索,找到最低点后再换一个二面角继续旋转36次,以此类推直到想扫的二面角结束。最后的稳定结构用xyz2QC转化为高斯输入文件提交到集群上用更高精度的方法优化结构,您看这个思路可行吗?②我先尝试去用PM7方法优化,结果不收敛,三个原子拍成了直线,这种情况下是选择的方法太差了吗?有什么解决办法吗?

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发表于 Post on 2022-2-23 16:21:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-2-23 19:36 编辑

请教各位老师,图片中红色框内的结构,采用先画过渡态,然后再对优化的过渡态跑IRC,把得到的IRC曲线的端点结构保存为gjf文件,对这个结构继续优化、扫描,以获得产物或者反应物的稳定结构;那么图中的OOR1OOH-32是过渡态TS1-1的产物,过渡态TS1-8/9/10的反应物,任意选择一个IRC曲线端点的结构进行优化就可以吗?还是说所有的IRC曲线端点结构都要优化,找能量最低呢?

202202231618015187..jpg (151.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

202202231618015187..jpg

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发表于 Post on 2022-2-23 17:10:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-2-23 17:13 编辑

图1:IRC曲线,图2:输入文件;请教各位老师,①IRC没有往左边负方向走是因为过渡态没有找对吗,就是向左走的时候能量升高误以为找到极小点就停了;②但是他为什么会出现第一和第二个点的波动呢?走的步数也不够,麻烦大家看看,谢谢。

202202231707224797..png (20.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

202202231707224797..png

202202231708208157..png (31.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

202202231708208157..png

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发表于 Post on 2022-2-23 17:29:34 | 只看该作者 Only view this author

柔性扫描断裂过程时结构发生突变

各位老师好,我在使用高斯扫描丙胺的C-N键断裂过程时,第43步到第44步突然结构发生了突变。 请问这种应该怎么处理呢?我的输入文件和输出文件都在附件中。

C-N.gjf

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输入文件

C-N.zip

582.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

输出文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-23 18:31:46 | 只看该作者 Only view this author
forpaper 发表于 2022-2-23 17:29
各位老师好,我在使用高斯扫描丙胺的C-N键断裂过程时,第43步到第44步突然结构发生了突变。请问这种应该怎 ...

极其正常,搞清楚柔性扫描的原理自然就明白原因
仔细看
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html

不需要怎么处理。如果非要看起来连贯,多加点约束条件,比如固定N-C-C键角。但约束条件加多了可能导致中途出错
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-23 18:35:28 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-23 09:49
老师,再追问下,还是附件里的分子,①我想用便宜的方法先对17-20旋转键对应的二面角单次旋转十度得到的3 ...

很烂的做法
仔细看我gentor帖子里的例子怎么做,严格效仿

这么点体系用什么PM7,更何况里面还有O-O键这种有机体系里相对少见的情况,PM7可靠度很低
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-23 18:37:18 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-23 17:10
图1:IRC曲线,图2:输入文件;请教各位老师,①IRC没有往左边负方向走是因为过渡态没有找对吗,就是向左走 ...

仔细看
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
该说的都说了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-23 18:40:12 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-23 16:21
请教各位老师,图片中红色框内的结构,采用先画过渡态,然后再在过渡态的IRC曲线端点结构优化、扫描的方法 ...

表述清楚,不要用什么“IRC优化”这种莫名其妙有严重歧义的描述
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发表于 Post on 2022-2-23 19:16:00 | 只看该作者 Only view this author
forpaper 发表于 2022-2-23 10:29
各位老师好,我在使用高斯扫描丙胺的C-N键断裂过程时,第43步到第44步突然结构发生了突变。请问这种应该怎 ...

突变未必是错的,所以谈不上“怎么处理”,本来就没有任何规则说柔性扫描不该突变。如果有确切证据证明这个体系扫描时不应该突变,再讨论怎么处理的问题。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-2-23 19:35:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-23 18:35
很烂的做法
仔细看我gentor帖子里的例子怎么做,严格效仿

打扰了老师,自己懂得确实很少,您说的方法烂是指怎么烂呢,是效率太低还是?抱歉耽误您时间解释。我换成b3lyp 6-311g*优化其中一帧结构在自己电脑的高斯计算都要很久,所以想着一个二面角一个二面角来单独计算。但是在molclus运行还是报错“opt+freq任务没有正常结束”。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-24 11:25:47 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-23 19:35
打扰了老师,自己懂得确实很少,您说的方法烂是指怎么烂呢,是效率太低还是?抱歉耽误您时间解释。我换成 ...

molclus报错你就去解决啊,不说清楚输入文件是什么、遇到什么情况谁也没法帮你

你说的诸如“...度得到的36帧结构进行构象搜索,找到最低点后...”都不知道你到底想怎么做,怎么构象搜索法?怎么找最低点?每一句话都不能有丝毫歧义。
你这种体系的构象搜索改怎么做,在gentor的帖子里已经写得明明白白了,整个流程事无巨细都交代得极度详细了。
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发表于 Post on 2022-2-24 14:33:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-24 11:25
molclus报错你就去解决啊,不说清楚输入文件是什么、遇到什么情况谁也没法帮你

你说的诸如“...度得到 ...

不好意思老师,我努力表达清楚。①我就是想找稳定的结构,又担心自己电脑算的太慢,所以我把附件里的结构中的17-20旋转键对应的二面角单次旋转十度,借助gentor得到了36帧结构也就是traj.xyz文件;继续对得到的36帧结构利用molclus调用高斯进行opt+freq计算任务,高斯模板template.gjf文件内容为:
# opt freq B3LYP 6-311G*

Template file

0 1
[GEOMETRY]
但是每一帧结构的计算在窗口都出现error。
老师您指的输入文件就是traj.xyz和高斯模板文件吗?
②如果能够找到36个结构中的能量最低结构,我的意思就是可否换另一个二面角用gentor再次产生36个结构,以此类推重复上述操作。
耽误您时间了,真的很抱歉。

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发表于 Post on 2022-2-24 16:33:18 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-24 07:33
不好意思老师,我努力表达清楚。①我就是想找稳定的结构,又担心自己电脑算的太慢,所以我把附件里的结构 ...

②你这样做其实比直接用molclus做要慢,原因很简单:如果这样做比molclus更快,那molclus早就改成这么做了。
如果你只从一个二面角的opt+freq结果里找到能量最低结构,然后以这个结构为基础调整第二个二面角,那么并不能保证找到总体的能量最低结构,因为第二个二面角变化以后,会影响第一个二面角取什么值的时候能量最低。但是如果你做36x36个计算,计算量又太大了。而molclus可以用远小于36x36个计算,就能得到几乎确定是全局最稳定的结构。甚至于如果你只有一个二面角,molclus也可以用远小于36个计算,得到几乎确定是能量最低的二面角。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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