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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-25 11:15:04 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-25 09:46
请教各位老师,molclus的目录和窗口分别显示如下,是不是证明molclus在正常的运行呢?谢谢

提示里写得极为明白,显然正在算着
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2022-2-25 14:22:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-25 11:15
提示里写得极为明白,显然正在算着

好的,谢谢sob老师

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争取学好计算化学!

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发表于 Post on 2022-2-25 16:27:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wy标点人生 于 2022-2-25 22:07 编辑

C:\Users\14295\Desktop
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发表于 Post on 2022-2-25 16:38:58 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,想知道高斯PM6半经验方法的输入文件怎么写,或者在calculate setup中如何设置;拜读过sob老师的博文,知道有GFN-xTB等更好的方法,但确实想知道PM6是怎么用的,万分感谢

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发表于 Post on 2022-2-25 18:59:56 | 只看该作者 Only view this author
雾雨魔理沙daze 发表于 2022-2-25 09:38
各位老师好,想知道高斯PM6半经验方法的输入文件怎么写,或者在calculate setup中如何设置;拜读过sob老师 ...

参见http://gaussian.com/semiempirical/
以后关于高斯里某个功能的输入文件怎么写的问题,先看高斯官网,官网找不到的再问
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-2-25 20:15:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sai77 于 2022-2-25 20:18 编辑

请问一下,如下图所示的反应,底物是R和S混合的消旋体,之间不会互相转化。
分别和R手性的催化剂结合后得到RR和SR的非对映异构体,再经过过渡态得到产物。
上面反应的过渡态能垒是21 kcal/mol还是19 kcal/mol呢?能否判断哪个构型的底物反应更快?
谢谢解答。

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发表于 Post on 2022-2-25 21:17:02 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,如图所示的无能垒反应,在变分过渡态计算时候文献中说要用到多参考方法对势能面的能量校正,这是什么意思呢?麻烦大家解释,谢谢

202202252115238064..png (762.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

202202252115238064..png

202202252115394751..png (633.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

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发表于 Post on 2022-2-25 21:18:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-2-25 18:59
参见http://gaussian.com/semiempirical/
以后关于高斯里某个功能的输入文件怎么写的问题,先看高斯官网 ...

好的 谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-25 21:48:59 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2022-2-25 16:27
各位老师好,这种图怎么画的呢?

不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里同一问题,注意看群文件里群规,以及论坛置顶的论坛新社员必读贴
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sai77 发表于 2022-2-25 20:15
请问一下,如下图所示的反应,底物是R和S混合的消旋体,之间不会互相转化。
分别和R手性的催化剂结合后得 ...

下面的更快
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-25 21:17
请教各位老师,如图所示的无能垒反应,在变分过渡态计算时候文献中说要用到多参考方法对势能面的能量校正, ...

就是对柔性扫描的每个点用更高级别算能量
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-2-25 22:08:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-25 21:48
不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里同一问题,注意看群文件里群规,以及论坛置顶的论坛新 ...

好的,老师!
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发表于 Post on 2022-2-25 22:13:37 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-2-25 13:15
请问一下,如下图所示的反应,底物是R和S混合的消旋体,之间不会互相转化。
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https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ar1000956的方法计算总反应能垒
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-2-26 11:42:30 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,图中是优化过渡态的输入文件、输出文件最后几行以及开始画的过渡态结构。把得到的out文件拖进gauss view出现的提示是“CConnectionGLOGParse_GLoG0Gaussian error detected Line Number 3663”。过渡态涉及含氧三元环的形成,out文件说了收敛失败运行中断,这样是不是初始结构画的有问题,调整后可以加上int=ultrafine再试试吗?或者老师们有什么建议?谢谢。

202202261116051023..png (39.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

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202202261140461502..png (63.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

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发表于 Post on 2022-2-26 14:36:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-2-26 14:39 编辑
sobereva 发表于 2022-2-25 21:52
就是对柔性扫描的每个点用更高级别算能量

好的,谢谢sob老师,也就是用的CASPT2这个多参考方法计算能量哈。之前看到过您关于多参考体系的解释“过渡金属成键(特别是过渡金属-金属键)、O3、各种成键方式怪异的体系、化学键被拉长状态、双自由基特征显著的体系等等都是静态相关强的体系。成键方式普通的有机分子,在平衡结构下,静态相关都不强”,①那文献描述的对加氧产物扫描C-OO*得到的势能面上的点用CASPT2计算单点能,是不是属于化学键被拉长的多参考体系类型呢?②自己知道的不是很多,在看关于CASSCF活性空间选取的问题,那种就是CAS(N,M)用来表示活性空间的电子和轨道数目,但是文献里的活性空间(7e,50)、(9e,7o)之类的描述是什么意思呢?麻烦老师解答,谢谢。

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