简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-2-24 16:44:05

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2022-2-24 16:46 编辑

wzkchem5 发表于 2022-2-24 16:33
②你这样做其实比直接用molclus做要慢，原因很简单：如果这样做比molclus更快，那molclus早就改成这么做 ...

谢谢老师的解答。再请教一下您，①因为平时对这种结构用m062x/6-311g**扫描一个二面角找稳定结构，在集群上都要将近三十个小时。我之前以为直接让gentor对两个二面角都进行相应设置产生3.6*36个构象后，在令molclus调用高斯计算，在自己的电脑上会很慢（27个原子），所以才想着分开算，是我理解错了对吗？②老师，您知道这个报错是为什么吗？耽误您了，谢谢老师。③师兄告诉我扫描找稳定结构就是先扫一个二面角，再用最低点的结构继续扫第二个二面角，直到扫完了，那按照老师的指导，这种扫描思路是不是也有问题呢，因为扫描第二个的时候第一个也变化了？

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-2-24 16:48:42

请教各位老师，在查阅CASSCF和CASPT2相关文献时看到“CI expansion”，请问这是什么意思呢？谢谢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-2-24 16:58:14

糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-24 09:44
谢谢老师的解答。再请教一下您，因为平时对这种结构用m062x/6-311g**扫描一个二面角找稳定结构，在集群上 ...

这个问题取决于你的目的到底是什么。你是需要保证找到最稳定构象，还是只要以极高的概率找到最稳定构象就行了？
假设你的分子只有这2个二面角可以动，那么以下几种做法：
（1）用gentor产生36x36的构象，分别用molclus调用高斯做opt+freq
（2）用gentor改变第一个二面角产生36个构象，分别做opt+freq找到其中最稳定的结构后，以这个结构为基准改变第二个二面角产生36个构象，再做opt+freq找到其中最稳定的结构
（3）直接用molclus做比如说基于分子动力学的构象搜索，其中分子动力学用xtb做
（4）对其中一个二面角做柔性扫描
这4种做法，计算时间是（1）>（2）>（3）≈（4）；得到最稳定构象的概率，（1）是100%，（2）远小于100%（比如70%），（3）极其接近100%（比如99%），（4）远小于100%（比如70%）。
你现在的问题是嫌（4）太慢，想改用（2）。但是由以上结果可以看出，如果你要100%确保找到最稳定构象，那么你的方法（2）不如（1）；如果你可以接受有极小概率得不到最稳定构象，那么你的方法（2）不如（3）。不仅如此，（2）甚至不一定比（4）好。所以我的建议是，先明确你的需求，然后根据你的需求，改为用（1）或（3）。
至于报错的原因，你给的信息不足，需要给出具体的报错信息，以及打印报错信息之前的输出（至少几十行）。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-2-24 17:15:59

wzkchem5 发表于 2022-2-24 16:58
这个问题取决于你的目的到底是什么。你是需要保证找到最稳定构象，还是只要以极高的概率找到最稳定构象就 ...

首先真的谢谢老师耐心讲解，按正常情况molclus调用完高斯会产生一个isomers.xyz文件，但是我的这个文件是空的，molclus窗口的报错内容如下，

***Configuration1***
current date: 2022-02-24Time: i7:11:29
Loading geometryl from the inputted trajectory fileGenerating gau.gjf... ...
Rurning Gaussian:"D: juser files}softwarelg16w\g16.exe" gau.gjf gau.out
Error : Optimization did not normally finish!
The optimization failed due to certain reason,e.g.SCF unconvergence, three atms are 1ying in the same 1ine
Generate new gau.gjf with the last unconverged geometry based on template2.gjf
Running Gaussian: "D: |user files}softwarelgi6w\g16.exe"gau.gjf gau.out
Error : Optimization did not normal1y finish!
The optimization failed due to certain reason,e.g. SCF unconvergence，three atoms are lying in the same linetemplate3.gjf was not found in current folder! "igaucontinue=1" option is ignored
Error : Opt + freq task did not norma11y terminated!
Wal1 clock time elapsed for calculating this configuration: 1 s
感觉这个也不太足够，我单独拿一个结构用比较便宜的方法在电脑的高斯上直接运行可以，但是molclus就出现问题。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-2-24 17:34:54

糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-24 10:15
首先真的谢谢老师耐心讲解，按正常情况molclus调用完高斯会产生一个isomers.xyz文件，但是我的这个文件是 ...

gau.out这个文件里有什么输出吗？把这个文件的最后几十行贴上来

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-2-24 20:02:16

wzkchem5 发表于 2022-2-24 17:34
gau.out这个文件里有什么输出吗？把这个文件的最后几十行贴上来

---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ):          1.8175543          0.4807090          0.4427889
Standard basis: 6-311G(d) (5D, 7F)
The combination of multiplicity 1 and 95 electrons is impossible.
Error termination via Lnk1e in D:\user files\software\g16w\l301.exe at Thu Feb 24 17:11:30 2022.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  0.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    6 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

老师，上面是最后几行，我感觉他就没算，是不是调用高斯的设置有问题呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-2-24 20:47:17

糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-24 13:02
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ ...

The combination of multiplicity 1 and 95 electrons is impossible.
这不是已经把问题说得很清楚了吗？

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-2-24 20:55:48

wzkchem5 发表于 2022-2-24 20:47
The combination of multiplicity 1 and 95 electrons is impossible.
这不是已经把问题说得很清楚了 ...

老师您好，gauss view里面画的是一个ROO*自由基结构，自旋多重度应该是2，可是这块显示的95个电子是什么意思呢？

sai77 · 发表于 Post on 2022-2-24 21:12:47

本帖最后由 sai77 于 2022-2-24 21:14 编辑

糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-24 20:55
老师您好，gauss view里面画的是一个ROO*自由基结构，自旋多重度应该是2，可是这块显示的95个电子是什么 ...

就是你的体系电子数啊，还能是啥意思？
Molclus输入文件模板的自旋多重度没设对，你肯定设成1了才报这个错误

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-24 21:19:36

糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-24 16:48
请教各位老师，在查阅CASSCF和CASPT2相关文献时看到“CI expansion”，请问这是什么意思呢？谢谢

看具体语境，可能是指组态函数对波函数做的线性展开之类的

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-2-25 08:54:02

sobereva 发表于 2022-2-24 21:19
看具体语境，可能是指组态函数对波函数做的线性展开之类的

谢谢老师

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-2-25 08:58:57

sai77 发表于 2022-2-24 21:12
就是你的体系电子数啊，还能是啥意思？
Molclus输入文件模板的自旋多重度没设对，你肯定设成1了才报这个 ...

谢谢老师，我之前只把产生的gau.gjf改了，没注意模板，谢谢您。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-2-25 09:46:39

请教各位老师，molclus的目录和窗口分别显示如下，是不是证明molclus在正常的运行呢？谢谢

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2022-2-25 10:27:02

糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-25 09:46
请教各位老师，molclus的目录和窗口分别显示如下，是不是证明molclus在正常的运行呢？谢谢

这不是高斯嘛，跟molclus有啥关系

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-2-25 10:41:55

北大-陶豫发表于 2022-2-25 10:27
这不是高斯嘛，跟molclus有啥关系

双击molclus.exe后出现这个

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）