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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-26 16:18:52 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-26 11:42
请教各位老师,图中是优化过渡态的输入文件、输出文件最后几行以及开始画的过渡态结构。把得到的out文件拖 ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-26 16:19:36 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-26 14:36
好的,谢谢sob老师,也就是用的CASPT2这个多参考方法计算能量哈。之前看到过您关于多参考体系的解释“过 ...

e是活性电子数,逗号后面的是活性轨道数。
e=active electrons
o=active orbitals
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发表于 Post on 2022-2-28 13:33:40 | 只看该作者 Only view this author

求助Gaussian中计算垂直发射的能量关键词

我想计算分子的垂直发射能量,但是不知道Gaussian的输入关键词是什么,之前记得是emission什么的,但具体的输入不记得了,去Gaussian官网也找不到了,求大神帮忙。
(具体就是求图中绿色标明的垂直发射能量)

202202281333229419..png (56.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

202202281333229419..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-28 13:47:04 | 只看该作者 Only view this author
哈库呐玛塔塔 发表于 2022-2-28 13:33
我想计算分子的垂直发射能量,但是不知道Gaussian的输入关键词是什么,之前记得是emission什么的,但具体的 ...

把此文荧光计算部分仔细看了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
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发表于 Post on 2022-3-1 20:04:57 | 只看该作者 Only view this author

几何优化初始构型不合理问题

大家好!最近在对一个很大的分子进行几何优化,但是优化到最后总是会发生震荡,尝试了找到的解决震荡的方法还是没办法解决,我现在猜测应该是初始构型给的太不合理了,想请教一下怎么取震荡之前的结构来作为下一步的初始结构继续优化?有没有具体的方法呢?谢谢大家!

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发表于 Post on 2022-3-1 22:37:58 | 只看该作者 Only view this author
先说自己用的是什么软件。这个问题显然和你用的是什么软件有关系
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-2 03:10:29 | 只看该作者 Only view this author
kexin 发表于 2022-3-1 20:04
大家好!最近在对一个很大的分子进行几何优化,但是优化到最后总是会发生震荡,尝试了找到的解决震荡的方法 ...

仔细看此文再问
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

几何优化发生震荡和初猜根本毫无直接联系,仔细看此文
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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发表于 Post on 2022-3-2 09:25:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-3-2 09:31 编辑

请教各位老师,利用CBS-QB3计算单点能,①电子能量是在第一张图中红框地方读取吗?②out文件里面出现的“ #N Geom=AllCheck Guess=TCheck SCRF=Check B3LYP/CBSB7 Freq”以及之后的计算部分是什么意思呢?③第三章图片是一个CBS-QB3计算单点能的out文件最后几行,为什么没有出现
Temperature=               298.150000 Pressure=                       1.000000
E(ZPE)=                      0.207630 E(Thermal)=                     0.218148
E(SCF)=                   -460.845401 DE(MP2)=                       -1.814033
DE(CBS)=                    -0.173487 DE(MP34)=                      -0.090541
DE(CCSD)=                   -0.054579 DE(Int)=                        0.058376
DE(Empirical)=              -0.088026
CBS-QB3 (0 K)=            -462.800060 CBS-QB3 Energy=              -462.789542
CBS-QB3 Enthalpy=         -462.788598 CBS-QB3 Free Energy=         -462.835375部分以及那种总结的一大段落?该计算输入文件如下:
%chk=e-P0-1.chk
# CBS-QB3

e-P0-1

0 2
C                 -2.87616200   -0.80690700    0.03446400
C                 -2.67745600    0.47771300   -0.77008000
C                 -1.59589700    1.35755700   -0.13171600
C                 -0.33026800    0.60517200    0.14612600
C                 -0.45952600   -0.74228000    0.78854100
C                 -1.56421300   -1.58464200    0.13566200
H                 -1.38654700    2.22624900   -0.76452500
H                 -2.36983800    0.21683700   -1.78849500
H                 -3.61479400    1.03480500   -0.84693500
H                 -3.22694600   -0.55240700    1.04265600
H                 -3.65030100   -1.42670400   -0.42540500
H                  0.48768200   -1.28372500    0.73920800
H                 -0.70176900   -0.61968300    1.86010400
H                 -1.23812400   -1.86841900   -0.87070800
H                 -1.70696700   -2.50859100    0.70176000
H                 -1.99286600    1.76117600    0.81760600
C                  0.91679400    1.42345800    0.29743600
H                  1.03884300    2.06316500   -0.58484100
H                  0.81994900    2.11315900    1.15305300
C                  2.19383100    0.63002700    0.50911800
H                  3.06034600    1.29538800    0.58708400
H                  2.14354900    0.01677500    1.41429900
O                  2.34041900   -0.21472100   -0.61955400
O                  3.48655500   -1.02411200   -0.38220600
H                  4.07936000   -0.71795800   -1.07808400
麻烦各位老师解释,谢谢

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发表于 Post on 2022-3-2 11:06:13 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我在Linux上提交的任务,节点“down”了,任务中断了,这种情况可以让它继续算吗?还是只能重新提交?
始终相信生活美好,万物可爱!

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发表于 Post on 2022-3-2 11:42:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-3-2 14:22 编辑

请教各位老师,背景是我要计算自由基加氧无能垒反应,自旋多重度是2,也就是双重态;关于molpro的WF选项卡,那么第三个参数是1,第二个参数是波函数总对称性,按照手册说的要设置为单电子轨道的对称性。①那么什么是单电子轨道的对称性呢,怎么看所谓的轨道对称性?②图二又说WF,[NELEC=nelec],[SYM[METRY]=irrep],[spin= spin],[CHARGE=charge];其中irrep是不可约表示的序号,那么就是说wf的第二个参数对于双重态计算要使用单电子轨道的不可约表示吗?不知道自己理解的对不对,期待老师们的解释,谢谢。

202203021136137059..png (474.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

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发表于 Post on 2022-3-2 15:04:35 | 只看该作者 Only view this author
请教大家,图片里提到的甲醛occ=5,1,2是说不同对称性的占据轨道数目,①也就是说甲醛的八个分子轨道有不同的对称性?②那么能否从高斯的输出文件查看不同轨道的对称性/不可约表示呢?③什么计算类型的输出文件呢,频率计算就可以吗?

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发表于 Post on 2022-3-2 15:53:39 | 只看该作者 Only view this author

如何生成chk文件

在用服务器计算任务的时候,如何生成chk文件?

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发表于 Post on 2022-3-2 16:05:15 | 只看该作者 Only view this author
%chk=try_H_Bond.chk
%mem=32GB
%nprocshare=12
#  b3lyp/6-31G(d,p) em=gd3bj opt=recalc=5 freq

应该是和本地的一样

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发表于 Post on 2022-3-2 16:13:40 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢了,我试试

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发表于 Post on 2022-3-2 16:32:46 | 只看该作者 Only view this author
请教大家,①图片里提到的轨道对称性(不可约表示)序号怎么看呢?②为什么相应的σg,Πu,x与s、x对应呢?他们指的是什么?③图片里氧气基态的电子组态,红色字体部分是我本科结构化学选修课上常见的,与手册文本里的怎么对应呢,下标也不一样?

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