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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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14746#
发表于 Post on 2022-3-2 19:09:41 | 只看该作者 Only view this author

g09溶剂化效应报错Error: segmentation violation

根据Gaussian 常见报错及解决方法;新手求助报错时的注意事项
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9&fromuid=34547
(出处: 计算化学公社)
该贴对输出文件最后进行寻找,输出文件最后这样写的 :
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
=1,NState=3,Singlet) Scrf=(PCM,Solvent=M
                                '
Last state="SCR2"
TCursr=55321 LCursr=   55
=======================
输入文件中该行完整语句是:
#p PBE1PBE/GEN 6D TD=(Root=1,NState=3,Singlet) scrf=(PCM,Solvent=Methaol) opt

但其实这个命令在水溶剂里没有问题,换成甲醇就开始报错……翻了高斯使用手册之后还是没法改得能跑,拜托各位了!

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14747#
发表于 Post on 2022-3-2 19:19:29 | 只看该作者 Only view this author
应该是Methanol。你拼错了
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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14748#
发表于 Post on 2022-3-2 20:24:34 | 只看该作者 Only view this author

【新手求助】几何优化苄基溴化镁一直出现link 9999,求大神解答。

输入文件:%chk=BnMg-13.chk
%nprocshared=12
%mem=4GB
#p opt freq  b3lyp/6-311+g(d) scrf=(smd,solvent=THF)

Title Card Required

0 1
C                 -3.44357400   -1.02394700   -0.94325400
C                 -4.01256600   -1.06693500    0.33118100
C                 -3.52408800   -0.20306000    1.31596000
C                 -2.48160800    0.67617000    1.03125100
C                 -1.88466800    0.72879400   -0.24448800
C                 -2.40197200   -0.14422500   -1.22579000
H                 -3.81301600   -1.68322500   -1.72745100
H                 -4.82590500   -1.75193200    0.55370100
H                 -3.96063600   -0.21155500    2.31202500
H                 -2.11965400    1.34096400    1.81385500
H                 -1.97479800   -0.13040200   -2.22760200
C                 -0.74182700    1.63478100   -0.54137800
H                 -0.76473600    1.98787100   -1.57993200
H                 -0.74302400    2.51793100    0.10968100
Mg                 1.14995900    0.68276800   -0.28576700
Br                 3.29428200   -0.39902700    0.16349200


输出文件:
No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.
Leave Link  601 at Fri Nov 22 00:24:39 2002, MaxMem=   536870912 cpu:         3.0
(Enter /opt/g09/l9999.exe)

Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /opt/g09/l9999.exe at Fri Nov 22 00:24:39 2002.
Job cpu time:       0 days  3 hours 33 minutes 25.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    130 Int=      0 D2E=      0 Chk=      7 Scr=      1

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14749#
发表于 Post on 2022-3-2 20:32:35 | 只看该作者 Only view this author
我按照sob老师的博文进行了修改,试过了
1.opt=gdiis
2.opt=Cartesian    opt=Z-Matrix
3.opt=calcall
4.opt=maxstep=300         但还是link 9999,其中用opt=calcall和opt=Cartesian 和 opt=Z-Matrix时,优化的圈数变少了,为58步,其余均为83步,想问下大神有没有什么方法解决,谢谢啦



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发表于 Post on 2022-3-2 21:04:10 | 只看该作者 Only view this author
先优化苄基溴阴离子体系,之后再把Mg2+离子加到合适位置,去优化试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-2 21:05:32 | 只看该作者 Only view this author
HappyEDay 发表于 2022-3-2 19:09
根据Gaussian 常见报错及解决方法;新手求助报错时的注意事项
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=view ...

http://sobereva.com/g09/k_scrf.htm末尾的溶剂名列表搞清楚溶剂名怎么写
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-2 21:13:09 | 只看该作者 Only view this author
1983984613 发表于 2022-3-2 20:24
输入文件:%chk=BnMg-13.chk
%nprocshared=12
%mem=4GB

拿这个跑
#p opt=calcall b3lyp/6-311+g(d) em=gd3bj scrf=solvent=THF
如果50步没收敛或中途报错就上传输出文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-2 21:54:10 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-3-2 16:32
请教大家,①图片里提到的轨道对称性(不可约表示)序号怎么看呢?②为什么相应的σg,Πu,x与s、x对应呢? ...

应当单独发帖,分类选molpro
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-2 21:54:37 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2022-3-2 11:06
各位老师,我在Linux上提交的任务,节点“down”了,任务中断了,这种情况可以让它继续算吗?还是只能重新 ...

看具体什么程序具体什么任务具体什么方法,没法一概而论
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-2 21:56:30 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-3-2 09:25
请教各位老师,利用CBS-QB3计算单点能,①电子能量是在第一张图中红框地方读取吗?②out文件里面出现的“ # ...

1 手动用CBS-QB3 (0 K)减去E(ZPE)

2 中间任务,你不用管。真想弄清楚就去看CBS-QB3原文,了解此方法都涉及哪些计算步骤

3 要求只算电子能量的时候当然没法给出热力学量
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发表于 Post on 2022-3-3 09:14:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-2 21:13
拿这个跑
#p opt=calcall b3lyp/6-311+g(d) em=gd3bj scrf=solvent=THF
如果50步没收敛或中途报错就上 ...

好的,谢谢老师,我现在马上试下。

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14757#
发表于 Post on 2022-3-3 09:15:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-2 21:56
1 手动用CBS-QB3 (0 K)减去E(ZPE)

2 中间任务,你不用管。真想弄清楚就去看CBS-QB3原文,了解此方法都 ...

收到,多谢sob老师!

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争取学好计算化学!

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发表于 Post on 2022-3-3 09:31:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-2 21:54
看具体什么程序具体什么任务具体什么方法,没法一概而论

老师,是在高斯16上进行结构优化,任务中断了,结点出现“down”的情况。
始终相信生活美好,万物可爱!

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发表于 Post on 2022-3-3 11:37:24 | 只看该作者 Only view this author
我用B3LYP/def2-SV(P)做了一批分子的opt freq,接下来要计算热力学数据,发现没有这个级别的频率校正因子。B3LYP能查到的频率校正因子中,def和def2系列基组很少,只有def2-TZVP和ma-TZVP。是否可以用def2-TZVP或6-31G*的校正因子来代替?
谢谢

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发表于 Post on 2022-3-3 14:40:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 1983984613 于 2022-3-3 15:39 编辑
sobereva 发表于 2022-3-2 21:13
拿这个跑
#p opt=calcall b3lyp/6-311+g(d) em=gd3bj scrf=solvent=THF
如果50步没收敛或中途报错就上 ...

老师好,用了您给的关键词#p opt=calcall  b3lyp/6-311+g(d) em=gd3bj  scrf=solvent=THF 。我跑了下,现在跑到了68步,还未收敛,附件是我上传的文件,麻烦老师帮忙看看,谢谢老师。

BnMgbr-1.rar

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算完报错的

BnMgBr.rar

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中途的

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