计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

14806#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-6 21:22:37 | 只看该作者 Only view this author
古与春分 发表于 2022-3-6 18:54
老师,我研究苯酚、N,N-二甲基环己胺、水和CO2这个体系的过渡态,水、CO2与胺是会发生反应的,在之前做TS任 ...

老生常谈的IRC两侧相同问题
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

65

帖子

0

威望

722

eV
积分
787

Level 4 (黑子)

14807#
发表于 Post on 2022-3-6 21:54:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-6 21:22
老生常谈的IRC两侧相同问题
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400(http://bb ...

好的,老师,我去看看

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

14808#
发表于 Post on 2022-3-7 14:35:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-5 22:03
两个公式都有一定道理。
首先,E_corr(∞)和E_corr(L)在等号的哪边不是问题,如果把两者的位置对调了, ...

谢谢老师的耐心解答,学习了

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

14809#
发表于 Post on 2022-3-7 14:35:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-5 21:29
我没时间仔细看你说的那篇文章
两个可能
(1)那篇文章公式是错的

谢谢sob老师,感谢解释

173

帖子

0

威望

1036

eV
积分
1209

Level 4 (黑子)

14810#
发表于 Post on 2022-3-7 14:41:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-6 16:17
首先你为什么要这么替代?我觉得现实材料里卤素不可能替代这里的N,因为那样同一个卤素会和两个碳成键, ...

多谢wzkchem5老师,掺杂N1,N2,N3,N4的位置我都考虑了,多得断开的键用H来补。就是不知道怎么算N1和我N2位置的形成能

1万

帖子

0

威望

9892

eV
积分
22140

Level 6 (一方通行)

14811#
发表于 Post on 2022-3-7 16:23:04 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2022-3-7 07:41
多谢wzkchem5老师,掺杂N1,N2,N3,N4的位置我都考虑了,多得断开的键用H来补。就是不知道怎么算N1和我N2位 ...

形成能只有对于实际存在的掺杂才有定义。如果这个掺杂实际上不存在,那么谁也不知道掺杂的时候要加几个氢、少几个氢。
还是先查文献确认这种掺杂有可能存在,再来算。如果查到了这方面的文献,文献必然会告诉你怎么算;如果查不到,就说明这个计算必定会被审稿人质疑没有现实意义,你必须自己证明这个掺杂有可能存在
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

14812#
发表于 Post on 2022-3-7 16:23:09 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,为什么CBS-QB3计算会出现CCSD(T)呢?

202203071622426297..png (13.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

202203071622426297..png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

14813#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-7 18:11:56 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-3-7 16:23
请教老师,为什么CBS-QB3计算会出现CCSD(T)呢?

你把CBS-QB3原文A complete basis set model chemistry. VI. Use of density functional geometries and frequencies好好看了自然就明白
绝对不要在对热力学组合方法没有任何了解的情况下就使用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

173

帖子

0

威望

1036

eV
积分
1209

Level 4 (黑子)

14814#
发表于 Post on 2022-3-7 18:26:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-7 16:23
形成能只有对于实际存在的掺杂才有定义。如果这个掺杂实际上不存在,那么谁也不知道掺杂的时候要加几个氢 ...

好的,多谢wzkchem5老师

72

帖子

1

威望

561

eV
积分
653

Level 4 (黑子)

14815#
发表于 Post on 2022-3-8 10:07:28 | 只看该作者 Only view this author
请教老师和热心帖友,我在Linux服务器上执行formchk转换chk命令失败,系统提示如图,转换出的文件大小0k,请问该如何解决?
操作界面错误信息如下:
Read checkpoint file 110-85-0.chk
Write formatted file 110-85-0.fchk
Coordinates translated and rotated.
Coordinates match /B/ after translation and rotation.
Rotating derivatives, DoTrsp=T IDiff= 2 LEDeriv=   3653 LFDPrp=       0 LDFDPr=       0.
PGFIO/stdio: Input/output error
PGFIO-F-/CLOSE/unit=27/error code returned by host stdio - 5.
File name = 110-85-0.fchk    formatted, sequential access   record = 28733
In source file formchk.f, at line number 122
  --- traceback not available
-bash: line 8: 31511 Aborted                 (core dumped) formchk 110-85-0.chk

202203081000052027..png (53.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

202203081000052027..png

20

帖子

0

威望

67

eV
积分
87

Level 2 能力者

14816#
发表于 Post on 2022-3-8 16:43:29 | 只看该作者 Only view this author

UB3LYP和rB3LYP的选择

假如不知道怎么判断体系是否为开壳层计算或者必壳层计算,请问直接用B3LYP可以吗?  不用UB或Rb?

1万

帖子

0

威望

9892

eV
积分
22140

Level 6 (一方通行)

14817#
发表于 Post on 2022-3-8 17:20:11 | 只看该作者 Only view this author
首先注意正确拼写,U和R都只能用大写,B3LYP不能简称B。
如果写B3LYP,程序自动判断该用R还是U,规则是如果自旋多重度为1就用R,否则用U。但有时候程序按这个规则判断会出错,包括两种情况:
(1)存在自旋对称性破缺的体系,尽管自旋多重度是1,仍然要用U。而且此时还要加guess=mix等额外关键词。参见http://sobereva.com/82
(2)如果你要用ROB3LYP(注意不是RB3LYP),程序不会自动知道你要用RO,而是仍然默认给你用U,此时你必须手动写ROB3LYP。但是RO属于高级用法,基本上如果你不知道该不该用那就是不该用。
所以你仍然需要学会判断体系是开壳层还是闭壳层,这是必须学的基础知识,不然即使计算结果偶然碰巧正确,你文章讨论也会写错。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

14818#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 21:56:04 | 只看该作者 Only view this author
成都张雨绮 发表于 2022-3-8 16:43
假如不知道怎么判断体系是否为开壳层计算或者必壳层计算,请问直接用B3LYP可以吗?  不用UB或Rb?

看14816L的回复以及
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

14819#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 21:56:52 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2022-3-8 10:07
请教老师和热心帖友,我在Linux服务器上执行formchk转换chk命令失败,系统提示如图,转换出的文件大小0k, ...

把此文提到的formchk使用需要注意的问题都注意了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

20

帖子

0

威望

67

eV
积分
87

Level 2 能力者

14820#
发表于 Post on 2022-3-9 10:36:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-8 21:56
看14816L的回复以及
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331(http://bbs.kein ...

谢谢

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 11:09 , Processed in 0.240467 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list