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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-3 22:21:16 | 只看该作者 Only view this author
YEZI1994 发表于 2022-3-3 20:43
B3LYP 6-31g(d)基组计算,结构及能级图如下图所示

LUMO大于0,是怎么回事呢

别胡思乱想。没有原理规定必须为负
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发表于 Post on 2022-3-3 22:28:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-3 21:39
把具体结构图贴出来
反正用Multiwfn肯定能实现

就是想模仿文献这里展示完自选密度图后,算出上面单电子水笼里捕获的电子数以百分比的形式展示出

屏幕截图 2022-03-03 222452.png (280.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-3 22:52:12 | 只看该作者 Only view this author
Lyy1 发表于 2022-3-3 22:28
就是想模仿文献这里展示完自选密度图后,算出上面单电子水笼里捕获的电子数以百分比的形式展示出

文中说的是等值面里面包围的电子数,用multiwfn的域分析功能,对特定自旋密度等值面里面区域积分电子密度就完了
域分析功能使用示例看Multiwfn手册4.200.14.2节。下文也用到了域分析功能
使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积
http://sobereva.com/408http://bbs.keinsci.com/thread-9331-1-1.html
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发表于 Post on 2022-3-4 08:41:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-3 21:44
谐振近似相当于把H2O2当做一个C2h结构的刚性分子,这时候根据显然要考虑转动对称数

如果用受阻转子方 ...

谢谢老师解释。但是我还是不太清楚,再追问一下,谐振近似把H2O2当做一个C2h结构的刚性分子,也就是O-O键不能自由旋转,可是这个n不是对映异构体的数目吗?为什么O-O键不能自由旋转还对应两个手性异构体呢?

受阻转子方式考虑,H2O2的O-O可以旋转,旋转后结构不存在C2h对称性,能不能认为受阻转子处理的n都为1呢?麻烦老师解答,谢谢您。

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发表于 Post on 2022-3-4 10:22:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-3 22:52
文中说的是等值面里面包围的电子数,用multiwfn的域分析功能,对特定自旋密度等值面里面区域积分电子密度 ...

好的谢谢老师

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发表于 Post on 2022-3-4 17:29:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 雾雨魔理沙daze 于 2022-3-4 17:30 编辑

各位老师好,前者是总反应式,后者是反应机理图,我需要寻找该反应的过渡态;我的想法是,先把反应机理图中画红圈的Ⅲ在gview建模后进行优化,把优化出的结构作为过渡态初猜,然后跑TS。不知道这种思路对不对,或者有没有更好的办法?谢谢老师指导

fa0f2e28bb1fd429e95158d1491d9b8.jpg (37.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

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发表于 Post on 2022-3-4 18:07:55 | 只看该作者 Only view this author
雾雨魔理沙daze 发表于 2022-3-4 10:29
各位老师好,前者是总反应式,后者是反应机理图,我需要寻找该反应的过渡态;我的想法是,先把反应机理图中 ...

只有基元反应有过渡态,如果总反应是不止一个基元反应组成的,那么每个反应都要找过渡态。所以图中的I, II, III, IV都是中间体而不是过渡态,你要找的过渡态不止一个,而且在图里都没有画出来,需要你自己根据每一步基元反应的反应物和产物来画初猜,或者用NEB等方法来找。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-3-4 18:40:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-4 18:07
只有基元反应有过渡态,如果总反应是不止一个基元反应组成的,那么每个反应都要找过渡态。所以图中的I, I ...

明白了,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-3-4 19:48:00 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,图片里的文献指出对于同一个反应类,可以利用反应类等键方法得到难以计算的反应势垒;①请问这个线性自由能关系中的反应能指什么呢?为什么反应能相比于反应势垒容易计算?②反应势垒就是指的是反应物和过渡态的电子能量差值吗?

202203041945021011..png (119.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

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发表于 Post on 2022-3-4 19:57:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-3-4 20:05 编辑

请教大家,图片绿色部分提到 “E∞HF 是在 HF/cc-pVXZ(X = D,T,Q)单点能计算基础上获得的,E∞corr相关能在 CCSD(T) /cc-pVXZ(X =D,T)单点能计算基础上求得,由此得到精确的反应势垒 ΔV≠'1和反应焓变 Δ rH' ” ,①这句话是指按照红色部分的第三个公式先利用CC-PVXZ基组计算出Excorr得到E∞corr,再用第二个公式利用CC-PVXZ基计算的ExHF得到E∞HF,最后带入第一个公式得到Etotal,这就算是完全基组外推过程吗?②这里的E指的是什么呢?还是说并没有特指,计算焓就是H,计算势垒就用电子能量呢?③这里的B和A,X,a又指的是什么呢?麻烦老师解答,谢谢。

202203041949566939..png (232.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-4 23:22:36 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-3-4 19:48
请教各位老师,图片里的文献指出对于同一个反应类,可以利用反应类等键方法得到难以计算的反应势垒;①请问 ...

1 产物能量减反应物能量
2 过渡态时电子结构比平衡结构更为复杂,计算误差可能更大
但这种说法并不总是正确。
3 看
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-4 23:24:09 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-3-4 19:57
请教大家,图片绿色部分提到 “E∞HF 是在 HF/cc-pVXZ(X = D,T,Q)单点能计算基础上获得的,E∞corr相关能 ...

仔细看
谈谈能量的基组外推
http://sobereva.com/172
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发表于 Post on 2022-3-5 08:55:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-4 23:24
仔细看
谈谈能量的基组外推
http://sobereva.com/172

谢谢sob老师,阅读了您的能量基组外推介绍发现:HF能量外推公式相同,但是相关能外推文献里的公式和您介绍的有点差异,您介绍的Klopper-Helgaker的形式为E_corr(L)=E_corr(∞)+A*L^(-3),文献里的公式为E_corr(∞)=E_corr(L)+A*(L+0.5)^(-3)。请教老师,①文献里为什么加0.5呢?②E_corr(∞)和E_corr(L)在等号的位置也相反?麻烦老师解答,谢谢您。

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发表于 Post on 2022-3-5 09:06:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-4 23:22
1 产物能量减反应物能量
2 过渡态时电子结构比平衡结构更为复杂,计算误差可能更大
但这种说法并不总是 ...

谢谢sob老师,再追问一下,①过渡态理论基于热力学量的形式,k是由自由能垒计算,那如果基于配分函数的形式是由电子能垒计算的吗?②您所说的用产物能量减去反应物能量的到反应能,这个能量是指自由能吗?还是说按照势垒计算的方法决定?麻烦老师解释,谢谢您。

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发表于 Post on 2022-3-5 19:39:54 | 只看该作者 Only view this author

opt 任务报错

想计算有 C H O Zr 团簇的几何优化
用PBE0泛函

d3bj色散矫正

对Zr用LanL2DZ赝势,C O H 用6-31G(d)基组,

出现报错
---------------------------------
# opt freq pbe1pbe/genecp em=D3BJ
---------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# opt freq pbe1pbe/genecp em=D3BJ
                           '
Last state= "GCL"
TCursr=      3523 LCursr=        26
Error termination via Lnk1e in /sw/csi/gaussian09/d.01/precompiled/g09/l1.exe at Thu Mar  3 12:44:43 2022.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes 25.4 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     10 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1


请问是什么原因


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