简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

wzkchem5

A syntax error was detected in the input line.报错，表示你有关键词写错了，所以要逐一检查你的关键词有没有拼写错误。而且你看下一行有个单引号，那个单引号就是在告诉你具体是哪个关键词写错了，然后你要去高斯官网上查对应的关键词的正确写法。建议自己对照http://gaussian.com/dft/的关键词列表检查一遍，很容易就能发现你哪个关键词写错了。自己找一遍有助于下次不再犯同类的错误

wzkchem5

另外，以后遇到高斯报错，按我上一个帖子无法解决的，一律先在http://bbs.keinsci.com/thread-4829-10-1.html里自行查阅解决方法，只有当这个帖子里没有解决方法时再来问，否则我们可能会拒绝回答。

SHANY

wzkchem5 发表于 2022-3-5 20:02
另外，以后遇到高斯报错，按我上一个帖子无法解决的，一律先在http://bbs.keinsci.com/thread-4829-10-1.ht ...

谢谢老师

sobereva

糖糖糖豆9988 发表于 2022-3-5 08:55
谢谢sob老师，阅读了您的能量基组外推介绍发现：HF能量外推公式相同，但是相关能外推文献里的公式和您介 ...

我没时间仔细看你说的那篇文章
两个可能
(1)那篇文章公式是错的
(2)用的外推形式不同。外推方法不止一种。我博文里介绍的是非常常用而且广为接受的做法

sobereva

糖糖糖豆9988 发表于 2022-3-5 09:06
谢谢sob老师，再追问一下，①过渡态理论基于热力学量的形式，k是由自由能垒计算，那如果基于配分函数的形 ...

1 下文提供的表格里的注释写得很明白
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310（http://bbs.keinsci.com/thread-2350-1-1.html）

2 up to you，看具体目的

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2022-3-5 01:55
谢谢sob老师，阅读了您的能量基组外推介绍发现：HF能量外推公式相同，但是相关能外推文献里的公式和您介 ...

两个公式都有一定道理。
首先，E_corr(∞)和E_corr(L)在等号的哪边不是问题，如果把两者的位置对调了，只要把A变成-A就行了。所以这两个公式的唯一实质性区别在于L^(-3)和(L+0.5)^(-3)的区别。造成这个区别的原因在于，理论上只能推出E_corr(L)=E_corr(∞)+A*L^(-3)+B*L^(-4)+...，也就是只能把能量表示成L^(-1)的Taylor展开，而且只知道一次项和二次项为0。那么为了只拟合两个参数（E_corr(∞)和A），就要把高阶项消掉，所以有的人会选择简单忽略，有的人可能就把高阶项体现为把L^(-3)换成(L+x)^(-3)（你把(L+x)^(-3)对x做Taylor展开就可以发现这个数学形式相当于吸收了L^(-1)的高阶项在里面），并且从经验或者理论推导认为x设为0.5最合适。
所以你提到的这两个公式都有道理，我不知道哪个更准，但是应该不会有定性差别，而且计算结果都可以发表。一定不要认为基组外推的公式是唯一的，事实上基组外推的公式有很多很多（参见http://www.jamberoo.org/cbs/index.html），有的有特定的适用范围，有的是普适的，这些公式算出来的结果不一样，但是都有道理，未必能说哪个最靠谱。所以不要认为你看到了两个不同的公式，里面就有一个肯定是错的。

zjy123

各位老师好，我想请问一下对于均裂反应的自由能变和焓变是怎么计算的呢？如果物质A通过两步断键生成了B，C，D三个自由基此时的自由能变和焓变又要怎么算呢？

din5g

各位老师，如果我想计算用卤素元素替换如图所示C3N4里N1位置，最终在N1位置为卤素元素，原先N1位置上的N和边上的H都会没有。那么其形成能如何计算呢？以往形成能都是得到一个原子的化学势，现在这里是一个卤素替代了两个原子（N和H），我想问，这个N 和H就是算N2和H2里面的化学势还是需要其他方法？

zhining

最近学着使用高斯各版块功能，想求助一下如果使用oniom，上层需要用不同的基组的话，应该如何修改输入文件。我知道一般分子没必要使用，但真的想学习一下，麻烦路过的大神指点一下。现在这个输入文件一直显示 No microiterations with Cartesian or Z-matrix opts.
Error termination via Lnk1e in D:\Gaussian\111\G09W\l1.exe at Sun Mar 06 16:05:50 2022.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      1 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
输入文件如下，谢谢
#p opt=(cartesian,gdiis) freq oniom(wb97xd/gen:amber)

Title Card Required

0 1 0 1 0 1
C                -1   -0.93076929   -0.87692306    0.00000000 L H 8
H                -1   -0.57411487   -1.88573307    0.00000000 L
H                -1   -0.57409645   -0.37252487   -0.87365150 L
C                -1   -2.47076929   -0.87690409    0.00000000 L
H                -1   -2.82742321    0.13190609    0.00000013 L
H                -1   -2.82744186   -1.38130270   -0.87365137 L
H                -1   -2.82744236   -1.38130250    0.87365128 L
C                0   -0.41742707   -0.15096679    1.25740497 H
O                0    0.77961131   -0.01552715    1.49205839 H
H                0   -1.20234109    0.24184536    1.93764329 H

8 9 0
6-31g*
****
10 0
3-21g*
****

wzkchem5

din5g 发表于 2022-3-6 05:43
各位老师，如果我想计算用卤素元素替换如图所示C3N4里N1位置，最终在N1位置为卤素元素，原先N1位置上的N和 ...

首先你为什么要这么替代？我觉得现实材料里卤素不可能替代这里的N，因为那样同一个卤素会和两个碳成键，极其不稳定。先确定你要研究的结构是有意义的，再去研究

wzkchem5

zjy123 发表于 2022-3-6 03:46
各位老师好，我想请问一下对于均裂反应的自由能变和焓变是怎么计算的呢？如果物质A通过两步断键生成了B，C ...

永远是所有终产物之和减去所有起始反应物之和，这个对于任何反应都成立，包括均裂反应，也包括产物不止一个自由基的情况。

sobereva

zhining 发表于 2022-3-6 16:10
最近学着使用高斯各版块功能，想求助一下如果使用oniom，上层需要用不同的基组的话，应该如何修改输入文件 ...

例子

1. # ONIOM(b3lyp/gen:UFF=QEq) geom=connectivity
   
2. 
   
3. Title Card Required
   
4. 
   
5. 0 1
   
6. C                0    1.23507898    0.41963431    0.42065061 L
   
7. H                0    1.03601279    0.13182515    1.47063250 L
   
8. H                0    1.89173613    1.30993120    0.39608994 L
   
9. C                0   -0.05206923    0.64219787   -0.37490464 L H 7
   
10. H                0   -0.43992486    1.65887010   -0.15368475 L
    
11. H                0    0.16139397    0.64715980   -1.46805875 L
    
12. C                0   -1.08890095   -0.40513035   -0.09190673 H
    
13. H                0   -0.71846922   -1.43282704   -0.10937515 H
    
14. C                0   -2.36888577   -0.12681113    0.14604826 H
    
15. H                0   -2.77720056    0.87225638    0.17182304 H
    
16. H                0   -3.11252938   -0.88794340    0.33339709 H
    
17. F                0    1.95640478   -0.60873516   -0.13779433 L
    
18. 
    
19. 1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 12 1.0
    
20. 2
    
21. 3
    
22. 4 5 1.0 6 1.0 7 1.0
    
23. 5
    
24. 6
    
25. 7 8 1.0 9 2.0
    
26. 8
    
27. 9 10 1.0 11 1.0
    
28. 10
    
29. 11
    
30. 12
    
31. 
    
32. C
    
33. 6-311G(2df)
    
34. ****
    
35. H
    
36. def2SVP
    
37. ****
    
38. 
    

复制代码

古与春分

老师，我研究苯酚、N,N-二甲基环己胺、水和CO2这个体系的过渡态，水、CO2与胺是会发生反应的，在之前做TS任务时，找到了一个合理的初始结构，但是做IRC后发现，它的过渡态那个点是尖的，往两端走的路线是一样的，请问这是什么原因了。TS和IRC用的都是b3lyp/6-31+g(d,p)，scrf=(smd,solvent=water)

wzkchem5

参见http://sobereva.com/400

zhining

sobereva 发表于 2022-3-6 18:08
例子

谢谢老师！我按照相同的方式尝试了一下，是可以的