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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-3-10 21:58:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-8 21:56
把此文提到的formchk使用需要注意的问题都注意了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转 ...

好的。谢谢老师

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14822#
发表于 Post on 2022-3-11 15:38:27 | 只看该作者 Only view this author

请问在不同机器上运行Gaussian16A03的数据可以通用吗?

尊敬的各位老师好:

    如题。请问在不同机器上运行Gaussian 16 A03的数据可以通用吗?
                                                                                                   谢谢各位老师!


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发表于 Post on 2022-3-11 21:41:40 | 只看该作者 Only view this author
请教老师和贴友,我在用molclus生成isomers.xyz轨迹文件时,一直报出这个错误,请问是什么原因呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-12 04:55:25 | 只看该作者 Only view this author
Carine 发表于 2022-3-11 21:41
请教老师和贴友,我在用molclus生成isomers.xyz轨迹文件时,一直报出这个错误,请问是什么原因呢?

把图截全了,结合上面的信息判断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-12 04:55:32 | 只看该作者 Only view this author
WaterMirror 发表于 2022-3-11 15:38
尊敬的各位老师好:

    如题。请问在不同机器上运行Gaussian 16 A03的数据可以通用吗?

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-3-12 09:59:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-12 04:55
把图截全了,结合上面的信息判断

不好意思老师,我重新截图了,麻烦您再看下是哪里出错了

202203120957064877..png (41.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

不好意思老师,我重新截图了,麻烦您再看下是哪里出错了

不好意思老师,我重新截图了,麻烦您再看下是哪里出错了

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发表于 Post on 2022-3-12 14:39:57 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian中多核并行设置问题

对于Gaussian 09 Revision-A.02-SMP,这个是有不能运行大于4个核的限制吗?我试过用B.01 、C.01版本,都不能运行4个核以上的,导师电脑内核64。谢谢各位了!

202203121437195898..png (50.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

202203121437195898..png

202203121437516596..png (19.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

202203121437516596..png

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发表于 Post on 2022-3-12 14:55:29 | 只看该作者 Only view this author
你看到中间的IA32W了么,无论你换成什么高斯,只要是IA32W,大概率只能限制在
%mem=1400MB
%nprocshared=4
下。所以还是赶紧到Linux下跑64位g16吧。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2022-3-12 15:19:22 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-3-12 14:55
你看到中间的IA32W了么,无论你换成什么高斯,只要是IA32W,大概率只能限制在
%mem=1400MB
%nprocshared= ...

好的,我去看看,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-3-12 23:06:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xiayu1985 于 2022-3-13 00:50 编辑

跑完irc后有两个结构的能量好像并不完全一样,收敛标准提高好像也不能完全一样(我将两个结构复制在一个gjf文件,移动他们使其重叠,好像不能完全重叠,有很小的差异)。能量值小数点后面,一个是.640766,另一个是.640773。这种情况能认为他们一样吗?顺便问一下各位,gaussview里面怎么能批量,方便的统一两个gjf文件中原子的三维坐标顺序。意思就是,原子A在gjf中的三维坐标的行数和另一个gjf文件中原子A的三位坐标都在同一行,由于我对分子结构的删减和增加,最后的分子是一样的,但是原子的序号等信息却变了。这样不好比较他们的结构啊。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-13 04:27:15 | 只看该作者 Only view this author
Carine 发表于 2022-3-12 09:59
不好意思老师,我重新截图了,麻烦您再看下是哪里出错了

把你的traj.xyz、settings.ini和template.mop都上传,我看看。并且注明你用的molclus和MOPAC版本
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-13 04:32:44 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2022-3-12 23:06
跑完irc后有两个结构的能量好像并不完全一样,收敛标准提高好像也不能完全一样(我将两个结构复制在一个gjf ...

说清楚“两个结构”具体指哪两个结构
本来IRC路径上就没有任何两个结构能量是相同的

恰当利用gview里的connection editor工具进行匹配
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-13 07:30:39 | 只看该作者 Only view this author
weishch6 发表于 2022-3-12 14:39
对于Gaussian 09 Revision-A.02-SMP,这个是有不能运行大于4个核的限制吗?我试过用B.01 、C.01版本,都不 ...

把此文好好看了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
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发表于 Post on 2022-3-13 08:01:19 | 只看该作者 Only view this author

过渡态找寻报错怎么搞呀?

这个过渡态算完了出现个error这个咋搞,重新修改一下输入文件的分子坐标,继续找过渡态嘛,有没有大佬会的?

WeChat Image_20220313075821.png (49.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

分子的结构

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WeChat Image_20220313075828.png (28.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

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发表于 Post on 2022-3-13 08:52:31 | 只看该作者 Only view this author
原子共线的情况,把最后一帧结构取出来在用原本关键词重新算就好了。

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