简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-25 04:54:32

mlzhao 发表于 2020-12-24 22:16
我最近在做pbcl2的变形密度图，看了老师相关的博文之后（http://sobereva.com/113）还是不太清楚怎么把铅原 ...

当5重态计算就完了

Henryugg · 发表于 Post on 2020-12-30 16:04:31

本帖最后由 Henryugg 于 2021-1-1 17:42 编辑

Sob老师您好，我在使用新版multiwfn的主功能18，子功能15，分析激发态中的主要的轨道跃迁贡献时发现一个问题.
当输出文本文件后不关闭软件，而是返回主菜单重新载入新的高斯结果log文件时(操作为0,r)，重新用18，15，wfn将重复给出上个文件给出的信息。

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-2 00:43:54

Henryugg 发表于 2020-12-30 16:04
Sob老师您好，我在使用新版multiwfn的主功能18，子功能15，分析激发态中的主要的轨道跃迁贡献时发现一个问 ...

谢谢报告。我已更新了官网上的最新版Multiwfn解决了这个问题。

498746012 · 发表于 Post on 2021-1-6 13:02:58

sob老师打扰了，multiwfn可以定量分析不同类型的自由基的稳定性吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-7 00:19:36

498746012 发表于 2021-1-6 13:02
sob老师打扰了，multiwfn可以定量分析不同类型的自由基的稳定性吗？

可以试图用反应位点的ALIE、局部软度s0等等试图考察，见
静电势与平均局部离子化能相关资料合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html
概念密度泛函综述和重要文献合集 http://bbs.keinsci.com/thread-384-1-1.html
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484（http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html）

如果只关心整体，也可以试图算全局软度考察

498746012 · 发表于 Post on 2021-1-7 09:35:32

sobereva 发表于 2021-1-7 00:19
可以试图用反应位点的ALIE、局部软度s0等等试图考察，见
静电势与平均局部离子化能相关资料合集 http:// ...

谢谢sob老师

Scarlett-ww · 发表于 Post on 2021-1-12 21:03:30

请教Sob老师，过渡金属簇模型中的简单化学反应，在用Multiwfn绘制NBO轨道的时候，遇到了这种情况，
Warning: The number of orbitals is smaller than basis functions! This is often because diffuse functions are used. Please now input the actual number of NAOs (you can easily find it from output of NBO program), e.g. 374
我输入NAOs的数量后，Multiwfn闪退了，这是什么原因呢？
iop(3/33=1)，输出单电子积分、核哈密顿、势能、多极矩/重叠积分矩阵，加了这个关键词之后重新得到的NBO轨道，载入Multiwfn没有warning，信息如下，正常输出。我的疑问是，在这里用iop(3/33=1)合适吗？另外它的具体意义是什么呢？还有，它默认值是多少呢？
Expected number of basis functions:    1103
Total/Alpha/Beta electrons: 440.0000 220.0000 220.0000
Atoms: 87,  Basis functions:  1103,  Orbitals:  1103,  GTFs:  1932
  This is closed-shell system

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-13 07:42:34

Scarlett-ww 发表于 2021-1-12 21:03
请教Sob老师，过渡金属簇模型中的简单化学反应，在用Multiwfn绘制NBO轨道的时候，遇到了这种情况，
Warnin ...

iop(3/33=1)要求不自动去掉线性依赖基函数，但这容易在使用大量弥散函数时造成数值不稳定。如果当前结果你发现没问题那就没事

Multiwfn闪退应该是你没输对实际NAO数目

Scarlett-ww · 发表于 Post on 2021-1-13 09:42:18

sobereva 发表于 2021-1-13 07:42
iop(3/33=1)要求不自动去掉线性依赖基函数，但这容易在使用大量弥散函数时造成数值不稳定。如果当前结果 ...

谢谢Sob老师，也就是说平常计算中是默认的去掉线性依赖基函数吗？这里的NAO就是指的core、valence和Rydberg类型的吧？我输入的确实是log文件中的总的NAO数目，

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-15 08:04:31

Scarlett-ww 发表于 2021-1-13 09:42
谢谢Sob老师，也就是说平常计算中是默认的去掉线性依赖基函数吗？这里的NAO就是指的core、valence和Rydbe ...

是
弥散函数能不用就不用，省得因为此类问题惹事

Scarlett-ww · 发表于 Post on 2021-1-15 19:00:29

sobereva 发表于 2021-1-15 08:04
是
弥散函数能不用就不用，省得因为此类问题惹事

好的，谢谢Sob老师

终_焉 · 发表于 Post on 2021-1-17 18:52:22

本帖最后由终_焉于 2021-1-17 19:00 编辑

Sob老师，Multiwfn有办法将一个结构划分为几个片段分别计算体积吗？我尝试在建模的时候手动划分片段，然后根据范德华球计算各部分体积，但是发现各片段体积的和要大于原始结构的体积，应该是片段在构成总体的时候体积有重叠部分，不知道这个问题有没有办法解决。

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-22 12:44:14

终_焉发表于 2021-1-17 18:52
Sob老师，Multiwfn有办法将一个结构划分为几个片段分别计算体积吗？我尝试在建模的时候手动划分片段，然后 ...

Multiwfn做AIM盆分析，计算原子电荷的时候直接就给出各个原子的体积，看
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179

这里的Volume等同于上面的Vol(rho>0.001)，代表的是盆中电子密度大于0.001的体积，按照Bader对范德华表面的定义，这相当于分子范德华表面内原子所占的体积，是有确切物理意义的，可认为是原子的尺寸。

还可以可视化
使用Multiwfn和VMD绘制原子盆（AIM盆）
https://www.bilibili.com/video/av85202089

Scarlett-ww · 发表于 Post on 2021-1-24 20:41:41

Sob老师，求http://sobereva.com/138（使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键）中所提的“JPCA,113,866 研究了金团簇，Annu.Rep.Prog.Chem. C,107,124 ”，这两篇文献的年份都分别是什么时候呀？

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-26 19:27:24

Scarlett-ww 发表于 2021-1-24 20:41
Sob老师，求http://sobereva.com/138（使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键）中所提的“JPCA ...

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