简单量子化学问题答疑专帖

chands · 发表于 Post on 2023-1-11 00:40:03

本帖最后由 chands 于 2023-1-11 00:47 编辑

xiayu1985 发表于 2023-1-11 00:03
Gaussview里面将pdb格式的文件保存为gjf后，发现里面原子坐标的格式变成了这样：C(PDBName=C,ResName=,Res ...

（1）写个脚本，或（2）直接粘贴到word把不要的替换成空格，或
（3）坐标部分粘贴到excel表里，选择数据分列，选用分隔符号分列，分隔符号勾选tab、空格、还有其他符号，其他符号选“(”，然后让(PDBName=C,ResName=,Res ...)单独成一列，直接删掉这一列，再倒腾回txt。

xiayu1985 · 发表于 Post on 2023-1-11 00:48:10

chands 发表于 2023-1-11 00:40
写个脚本。或直接粘贴到word把不要的替换成空格。

我在gaussview里面新建了一个文件，然后将该结构复制，粘贴到新的文件，最后保存为gjf就ok了。不过还是要谢谢你。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-1-11 02:26:12

xiayu1985 发表于 2023-1-10 17:03
Gaussview里面将pdb格式的文件保存为gjf后，发现里面原子坐标的格式变成了这样：C(PDBName=C,ResName=,Res ...

下载一个notepad++，这个文本编辑器有矩形选择功能，可以删掉特定的列，而不像一般文本编辑器那样只能按行删除

AnnaFreeman · 发表于 Post on 2023-1-11 13:35:17

在用vmd画电子空穴等值面图时，使用cub2命令后，使用mouse add/remove bonds无法删除键，只有一个一个导入cub时才能删除。请问怎样在同时显示电子空穴等值面的时候删除原子间成键呢？

Yjc · 发表于 Post on 2023-1-11 14:44:21

请问各位老师，诸如石墨烯、十八碳环之类的结构在GaussView里面应该如何建立？谢谢各位老师！

xuannuo5 · 发表于 Post on 2023-1-11 16:54:37

背景：利用M062X/6-311++G(3df,3pd)计算了一些反应，没有继续用更高的方法做单点计算（因为之前算过，发现M062X/6-311++G(3df,3pd)的准确度比较高）。审稿意见里问道“Have the calculated frequencies scaled for enhancing the zero-point vibrational energies?” ，

问题：是所有计算得到的频率都需要乘以约化因子吗？意义在哪呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-1-11 16:57:38

xuannuo5 发表于 2023-1-11 09:54
背景：利用M062X/6-311++G(3df,3pd)计算了一些反应，没有继续用更高的方法做单点计算（因为之前算过，发现M ...

仔细看http://sobereva.com/221

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-12 06:41:55

xuannuo5 发表于 2023-1-11 16:54
背景：利用M062X/6-311++G(3df,3pd)计算了一些反应，没有继续用更高的方法做单点计算（因为之前算过，发现M ...

那叫频率校正因子，改进ZPE的计算精度
相关概念在340L提到的博文里说了
原理上来说，考虑ZPE校正因子比不考虑更好，特别是对于M06-2X这样HF成份较大的泛函。Shermo程序可以在计算热力学量时定义ZPE校正因子，下文说了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

你这种计算级别的组合很不常用（通常普通泛函算高精度单点都是用def2-TZVP或ma-TZVP，比用Pople系列基组更好）。如果找不到校正因子，可以按下文说的自己拟合
自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法
http://sobereva.com/391（http://bbs.keinsci.com/thread-6907-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-12 06:44:09

Yjc 发表于 2023-1-11 14:44
请问各位老师，诸如石墨烯、十八碳环之类的结构在GaussView里面应该如何建立？谢谢各位老师！

18碳环的结构在我的这篇文章补充材料里都给了，可以引用
Carbon 165 (2020) 468-475 https://doi.org/10.1016/j.carbon.2020.04.099

我的这篇文章SI里给全了从小到大不同尺寸碳环的优化后的结构
Chem Asian J. 2021, 16, 56–63

对于其它的有规律性的结构，如果文献里没有，一般需要自己编程产生坐标。

建立石墨烯，直接基于石墨的晶体结构cif文件扩胞到足够大小，然后只保留单层。

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-12 06:46:15

AnnaFreeman 发表于 2023-1-11 13:35
在用vmd画电子空穴等值面图时，使用cub2命令后，使用mouse add/remove bonds无法删除键，只有一个一个导入c ...

这和显示几个体系没关系。显示多少个体系都能用那个功能修改连接关系

注意当前同时显示了几个体系（VMD main窗口里看）。每个体系都要单独设置

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-12 06:47:06

xiayu1985 发表于 2023-1-11 00:03
Gaussview里面将pdb格式的文件保存为gjf后，发现里面原子坐标的格式变成了这样：C(PDBName=C,ResName=,Res ...

把这种gjf载入到Multiwfn，然后输入gi进入Gaussian输入文件产生界面，输入新产生的文件名。届时那些碍事的东西就没了
前面别人的回复也都对，我说的这个方法往往更方便。

Yjc · 发表于 Post on 2023-1-12 09:04:22

sobereva 发表于 2023-1-12 06:44
18碳环的结构在我的这篇文章补充材料里都给了，可以引用
Carbon 165 (2020) 468-475 https://doi.org/1 ...

嗯嗯谢谢社长的解答！

kl19990215 · 发表于 Post on 2023-1-12 11:30:29

问题：我看见BSE中6-31G(d,p)覆盖了Se元素，但我在用ORCA使用该基组对含有Se的结构优化时显示不可用（用S替换Se元素后，就能计算），请问这是为什么呢，谢谢。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-1-12 14:46:32

kl19990215 发表于 2023-1-12 04:30
问题：我看见BSE中6-31G(d,p)覆盖了Se元素，但我在用ORCA使用该基组对含有Se的结构优化时显示不可用（用S替 ...

可能Se的6-31G(d,p)基组的开发时间比其他元素的6-31G(d,p)基组更晚，BSE把Se的6-31G(d,p)基组定义更新了，但orca没有更新。又或者orca出于某些原因（例如可能Se的6-31G(d,p)和其他元素的6-31G(d,p)并不能看作是差不多大）故意不予支持对Se用6-31G(d,p)。
此时用orca的自定义基组功能输入Se元素的6-31G(d,p)定义就行了

11111111m · 发表于 Post on 2023-1-12 18:55:41

想请教一下大家，为什么我用 Gaussian 里面的 formchk 转换之后，并没有找到生成的fch文件？（也闪了一下，但并没有生成）

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

Gaussian下将chk文件转换成fch