简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-5 17:33:00

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-5 10:22
抱歉老师，我这边打不开，请问是维基百科上的定义吗？

这种基本概念，即便维基打不开，百度一下也能找到判断方法，不过要仔细甄别搜到的判断方法是否正确

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-5 17:37:18

wzkchem5 发表于 2023-4-5 17:33
这种基本概念，即便维基打不开，百度一下也能找到判断方法，不过要仔细甄别搜到的判断方法是否正确

老师，我就是在百度上看了一下，图片结构中的每个C都不符合“连接四个不同原子或基团的碳原子”，所以应该没有手性碳；但是这个结构没有对称元素，所以我认为他是手性分子，有一个对映异构体？我不知道自己理解的是否正确

dingniu2 · 发表于 Post on 2023-4-5 18:58:33

请问大家，计算一个体系的反应机理，算了十几个过渡态，只有一个过渡态几何优化不收敛，将此过渡态加上opt=GDIIS后成功收敛，请问大家这个加了opt=GDIIS的过渡态能量可以直接与其余没加opt=GDIIS的过渡态能量做在一个能量折线图中吗？加了opt=GDIIS会不会引起计算级别改变，导致能量不具备可比性？谢谢大家！

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-5 18:59:45

dingniu2 发表于 2023-4-5 18:58
请问大家，计算一个体系的反应机理，算了十几个过渡态，只有一个过渡态几何优化不收敛，将此过渡态加上opt= ...

可比

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-5 19:01:17

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-5 09:35
请教各位老师，怎么判断计算自由能的时候是否考虑转动对称数呢？在opt任务的输出文件检索Rotational symmet ...

看Shermo手册附录部分了解点群和转动对称数的关系

如果Shermo提示的信息里判断出了实际点群，给出的热力学量就考虑了转动对称数。假设没判断出实际的点群，也可以自己在settings.ini里用PGlabel手动设

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-5 19:03:02

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-5 17:20
请教一下各位老师，kisthelp在利用TST理论计算k的时候，直接使用反应物、过渡态的优化（opt+freq）任务的输 ...

不准
自己以合理方式算自由能，并得到自由能垒，然后代入下面的excel表格算k就完了
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310（http://bbs.keinsci.com/thread-2350-1-1.html）

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-5 19:27:29

sobereva 发表于 2023-4-5 19:01
看Shermo手册附录部分了解点群和转动对称数的关系

如果Shermo提示的信息里判断出了实际点群，给出的热 ...

谢谢社长，图片呈现的内容就表示给出的热力学量就考虑了转动对称数了吧？

lurensan · 发表于 Post on 2023-4-5 19:44:16

wzkchem5 发表于 2023-4-5 16:59
能构建但是很麻烦。建议优先考虑一下分子筛的主要作用是不是吸水（或者吸收甲醇等其他小分子）避免副反应 ...

老师你好，如果不把分子筛考虑在内的话，能垒高达60多kcal/mol。所以猜测分子筛除了吸收小分子外还参与了反应。有没有可能是分子筛中的SiO2活化了S-F键，促进了键的断裂？

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-6 06:20:52

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-5 19:27
谢谢社长，图片呈现的内容就表示给出的热力学量就考虑了转动对称数了吧？

如果当前体系的点群就是这里判断出的点群，说明给出的热力学量已经正确考虑了转动对称数

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-6 10:35:54

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-4-6 15:12 编辑

请教各位老师，在利用社长提供的计算k的excel表格时，①出现图片里的问题，计算的透射系数是负值。我计算的是一个O2自由基的氢提取反应，反应吸热，正向能垒（△H(0)）是46.44 kcal/mol，产物减去反应物的差值是51.29 kcal/mol，换算单位后代入表格出现了上述情况，请问这是什么原因呢？②如果要计算不同温度下的k，透射系数sheet里的温度、以及图片里的温度要同步修改，那么计算k时需要的标准自由能变△Gº(kJ/mol)也需要同步使用该温度下的值吗？谢谢老师

护卫天使 · 发表于 Post on 2023-4-6 13:56:30

老师好，我上传的3.gjf如何在高斯做结构优化无报错就终止任务（3.log）了，是什么原因呢？该如何做优化？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-6 16:01:47

lurensan 发表于 2023-4-5 12:44
老师你好，如果不把分子筛考虑在内的话，能垒高达60多kcal/mol。所以猜测分子筛除了吸收小分子外还参与了 ...

有可能，但是那样也得分情况讨论：是Si直接和F作用，还是S-F键先自行水解成HF（或F-），SiO2再和HF反应拉动平衡？如果是后者，那么分子筛仍然不需要计算，只要定性讨论HF、F-浓度降低对反应的影响就行了。
此外建议多算几种不需要分子筛的机理，有可能这个反应是溶剂催化的，或者你把质子转移的顺序和时机搞错了，这些都会导致能垒过高。单靠一个分子筛（尤其是缺乏强酸性位点的分子筛）很难把60kcal/mol的能垒降低到室温附近能反应。

lurensan · 发表于 Post on 2023-4-6 17:17:32

wzkchem5 发表于 2023-4-6 16:01
有可能，但是那样也得分情况讨论：是Si直接和F作用，还是S-F键先自行水解成HF（或F-），SiO2再和HF反应拉 ...

好的，谢谢老师

吴双 · 发表于 Post on 2023-4-6 18:44:57

想跟大家请教一下，我在用高斯计算PhCH2OH + H2O2 = PhCHOH.(C上有单电子) + H2O-OH.(羟基O上有单电子的过程）这一步是想让苯甲醇CH2上一个氢原子转移到H2O2上，H2O2中的O-O键断裂生成羟基自由基的过程。反应热为4.3 kcal/mol。反应物是闭壳层单重态，生成物是三重态，过渡态的自选多重度应该是多少呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-6 19:14:18

吴双发表于 2023-4-6 11:44
想跟大家请教一下，我在用高斯计算PhCH2OH + H2O2 = PhCHOH.(C上有单电子) + H2O-OH.(羟基O上有单电子的过 ...

参见http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 4&fromuid=21811

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

g16过渡态优化不收敛改用GDIIS后收敛的问题