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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-4-5 17:33:00 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-5 10:22
抱歉老师,我这边打不开,请问是维基百科上的定义吗?

这种基本概念,即便维基打不开,百度一下也能找到判断方法,不过要仔细甄别搜到的判断方法是否正确
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2023-4-5 17:37:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-5 17:33
这种基本概念,即便维基打不开,百度一下也能找到判断方法,不过要仔细甄别搜到的判断方法是否正确

老师,我就是在百度上看了一下,图片结构中的每个C都不符合“连接四个不同原子或基团的碳原子”,所以应该没有手性碳;但是这个结构没有对称元素,所以我认为他是手性分子,有一个对映异构体?我不知道自己理解的是否正确

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发表于 Post on 2023-4-5 18:58:33 | 只看该作者 Only view this author

g16过渡态优化不收敛改用GDIIS后收敛的问题

请问大家,计算一个体系的反应机理,算了十几个过渡态,只有一个过渡态几何优化不收敛,将此过渡态加上opt=GDIIS后成功收敛,请问大家这个加了opt=GDIIS的过渡态能量可以直接与其余没加opt=GDIIS的过渡态能量做在一个能量折线图中吗?加了opt=GDIIS会不会引起计算级别改变,导致能量不具备可比性?谢谢大家!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-5 18:59:45 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2023-4-5 18:58
请问大家,计算一个体系的反应机理,算了十几个过渡态,只有一个过渡态几何优化不收敛,将此过渡态加上opt= ...

可比
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-5 19:01:17 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-5 09:35
请教各位老师,怎么判断计算自由能的时候是否考虑转动对称数呢?在opt任务的输出文件检索Rotational symmet ...

看Shermo手册附录部分了解点群和转动对称数的关系

如果Shermo提示的信息里判断出了实际点群,给出的热力学量就考虑了转动对称数。假设没判断出实际的点群,也可以自己在settings.ini里用PGlabel手动设
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-5 19:03:02 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-5 17:20
请教一下各位老师,kisthelp在利用TST理论计算k的时候,直接使用反应物、过渡态的优化(opt+freq)任务的输 ...

不准
自己以合理方式算自由能,并得到自由能垒,然后代入下面的excel表格算k就完了
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310http://bbs.keinsci.com/thread-2350-1-1.html
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发表于 Post on 2023-4-5 19:27:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-5 19:01
看Shermo手册附录部分了解点群和转动对称数的关系

如果Shermo提示的信息里判断出了实际点群,给出的热 ...

谢谢社长,图片呈现的内容就表示给出的热力学量就考虑了转动对称数了吧?

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发表于 Post on 2023-4-5 19:44:16 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-5 16:59
能构建但是很麻烦。建议优先考虑一下分子筛的主要作用是不是吸水(或者吸收甲醇等其他小分子)避免副反应 ...

老师你好,如果不把分子筛考虑在内的话,能垒高达60多kcal/mol。所以猜测分子筛除了吸收小分子外还参与了反应。有没有可能是分子筛中的SiO2活化了S-F键,促进了键的断裂?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-6 06:20:52 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-5 19:27
谢谢社长,图片呈现的内容就表示给出的热力学量就考虑了转动对称数了吧?

如果当前体系的点群就是这里判断出的点群,说明给出的热力学量已经正确考虑了转动对称数
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发表于 Post on 2023-4-6 10:35:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2023-4-6 15:12 编辑

请教各位老师,在利用社长提供的计算k的excel表格时,①出现图片里的问题,计算的透射系数是负值。我计算的是一个O2自由基的氢提取反应,反应吸热,正向能垒(△H(0))是46.44 kcal/mol,产物减去反应物的差值是51.29 kcal/mol,换算单位后代入表格出现了上述情况,请问这是什么原因呢?②如果要计算不同温度下的k,透射系数sheet里的温度、以及图片里的温度要同步修改,那么计算k时需要的标准自由能变△Gº(kJ/mol)也需要同步使用该温度下的值吗?谢谢老师

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发表于 Post on 2023-4-6 13:56:30 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我上传的3.gjf如何在高斯做结构优化无报错就终止任务(3.log)了,是什么原因呢?该如何做优化?

3.gjf

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3.log

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发表于 Post on 2023-4-6 16:01:47 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2023-4-5 12:44
老师你好,如果不把分子筛考虑在内的话,能垒高达60多kcal/mol。所以猜测分子筛除了吸收小分子外还参与了 ...

有可能,但是那样也得分情况讨论:是Si直接和F作用,还是S-F键先自行水解成HF(或F-),SiO2再和HF反应拉动平衡?如果是后者,那么分子筛仍然不需要计算,只要定性讨论HF、F-浓度降低对反应的影响就行了。
此外建议多算几种不需要分子筛的机理,有可能这个反应是溶剂催化的,或者你把质子转移的顺序和时机搞错了,这些都会导致能垒过高。单靠一个分子筛(尤其是缺乏强酸性位点的分子筛)很难把60kcal/mol的能垒降低到室温附近能反应。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-4-6 17:17:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-6 16:01
有可能,但是那样也得分情况讨论:是Si直接和F作用,还是S-F键先自行水解成HF(或F-),SiO2再和HF反应拉 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2023-4-6 18:44:57 | 只看该作者 Only view this author
想跟大家请教一下,我在用高斯计算PhCH2OH + H2O2 = PhCHOH.(C上有单电子) + H2O-OH.(羟基O上有单电子的过程)这一步是想让苯甲醇CH2上一个氢原子转移到H2O2上,H2O2中的O-O键断裂生成羟基自由基的过程。反应热为4.3 kcal/mol。反应物是闭壳层单重态,生成物是三重态,过渡态的自选多重度应该是多少呢?

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发表于 Post on 2023-4-6 19:14:18 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2023-4-6 11:44
想跟大家请教一下,我在用高斯计算PhCH2OH + H2O2 = PhCHOH.(C上有单电子) + H2O-OH.(羟基O上有单电子的过 ...

参见http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 4&fromuid=21811
Zikuan Wang
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