简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5

lurensan 发表于 2023-4-11 03:51
各位老师好，我想比较连在同一个碳上的两个离去基团的离去能力，可以用什么方法来描述？Hirshfeld电荷能用 ...

最靠谱的还是分别找这两个基团离去的过渡态，然后算活化自由能。

NGC626

wzkchem5 发表于 2023-4-11 16:49
先确定这个有没有人研究过。我觉得搞不好碳原子在你说的每个基底上的吸附都有人算过了，那样的话你再研究 ...

嗯嗯，是的老师，我查阅了相关文献，发现并没有与我的研究方向类似的，目前手里只有办公室的电脑，12核16G，请问可否推荐一下计算级别呢？

wzkchem5

NGC626 发表于 2023-4-11 10:46
嗯嗯，是的老师，我查阅了相关文献，发现并没有与我的研究方向类似的，目前手里只有办公室的电脑，12核16 ...

你只用adsorption这个关键词搜过吗？用adatom搜一下看看？按常理不可能这么多基底一个研究碳原子吸附的都没有

xiayu1985

wzkchem5 发表于 2023-4-11 16:51
可以以这两个结构为端点做NEB。如果NEB的image之间间距足够小，而且NEB途径上每个点都只比端点的能量高一 ...

老师，nudged elastic band要怎么实现？原来我是用gaussian算的，但是这个功能gaussian里面好像没有啊。

wzkchem5

xiayu1985 发表于 2023-4-11 11:40
老师，nudged elastic band要怎么实现？原来我是用gaussian算的，但是这个功能gaussian里面好像没有啊。{ ...

用orca做

NGC626

wzkchem5 发表于 2023-4-11 18:09
你只用adsorption这个关键词搜过吗？用adatom搜一下看看？按常理不可能这么多基底一个研究碳原子吸附的都 ...

谢谢老师回复，请问PBE0-D3(BJ)/def2-SV(P)给碳原子在铜，铱，镍，铂上的吸附做optfreq，用DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ with normalPNO and RIJK计算单点能合适吗？

sobereva

NGC626 发表于 2023-4-11 10:24
不好意思老师，漏写了，我是用的办公室的机子，CPU是i5-11400，12核，内存16GB

计算资源太糟糕了

用Gaussian的话，只能告诉你起码用PBE0-D3(BJ)/6-31G*（过渡金属用SDD）做opt freq，算相互作用能起码用PBE0-D3(BJ)/6-311+G*（过渡金属用SDD）并且考虑counterpoise校正。但即便是最低档次能用的级别，在你的机子上也基本没戏，特别是计算金属团簇的时候。最起码买个双路2696v3用。
假设机子没法换的话，用CP2K还算有点希望。届时PBE-D3(BJ)DZVP-MOLOPT-SR-GTH做优化，B97M-rV结合TZVP-MOLOPT-SR-GTH算相互作用能（最好再考虑counterpoise）

sobereva

lurensan 发表于 2023-4-11 10:51
各位老师好，我想比较连在同一个碳上的两个离去基团的离去能力，可以用什么方法来描述？Hirshfeld电荷能用 ...

按前面回复，直接计算解离能量和解离能垒讨论
之后如果要再分析导致差异的原因的话，可以再结合波函数分析方法
Hirshfeld电荷和这个关系不密切，至少得有具体体系细节才能说

NGC626

sobereva 发表于 2023-4-12 11:32
计算资源太糟糕了

用Gaussian的话，只能告诉你起码用PBE0-D3(BJ)/6-31G*（过渡金属用SDD）做opt freq ...

感谢sob老师，请问如果用ORCA的话有没有可能算得动呢？

sobereva

NGC626 发表于 2023-4-12 14:09
感谢sob老师，请问如果用ORCA的话有没有可能算得动呢？

同样相当费劲

NGC626

sobereva 发表于 2023-4-12 14:21
同样相当费劲

清楚了，谢谢sob老师

wzkchem5

NGC626 发表于 2023-4-12 02:20
谢谢老师回复，请问PBE0-D3(BJ)/def2-SV(P)给碳原子在铜，铱，镍，铂上的吸附做optfreq，用DLPNO-CCSD(T) ...

金属的单点能计算需要用赝势基组或相对论全电子基组（如果算得动尽量用后者），且如果算得动的话最好做iterative triples。此外问题不大

duruigeng

我的输入文件：
%chk=C:\Users\du rui qiu\Desktop\gaussian\Understanding\emc\emczyj.chk
# opt freq b3lyp/6-311++g(d) scrf=(solvent=acetone,pcm)

emczyj

1 2
C                  2.87506484   -0.15929826   -0.25767817
H                  3.68890095   -0.70232754   -0.69091020
H                  2.93256777    0.86693202   -0.55507491
H                  2.92994688   -0.22516838    0.80888129
C                  0.54956784    0.00869116   -0.12763995
C                 -1.76352228    0.28878076    0.02802173
H                 -1.78014419    0.70034373   -0.95952049
H                 -1.62044111    1.07489389    0.73967749
C                 -3.10003574   -0.42228083    0.31037467
H                 -3.90219298    0.28134599    0.23066850
H                 -3.24311691   -1.20839396   -0.40128109
H                 -3.08341383   -0.83384380    1.29791689
O                  1.63721798   -0.71703955   -0.70663229
O                 -0.69148037   -0.65158031    0.13454492
O                  0.68455816    1.22837309    0.15115061


这个是文献中的描述：
All calculations had been performed using the Gaussian 09 package
1
. The equilibrium
structures were optimized by B3LYP method in conjunction with the 6-311++G (d) basis set. To
confirm each optimized stationary point, frequency analyses were done with the same basis set.
Enthalpies and Gibbs free energies were calculated at 298.15 K. Acetone (dielectric constant=20.5)
was utilized in polarized continuum models (PCM), to investigate the role of solvent effects. The
charge distribution was analyzed by Chelpg theory.

sobereva

duruigeng 发表于 2023-4-12 20:54
我的输入文件：
%chk=C:%users\du rui qiu\Desktop\gaussian%understanding\emc\emczyj.chk
# opt freq ...

量子化学问题别发到第一性原理板块去，这次给你合并到本帖了

问题在帖子内容里写清楚，别就光写到标题里。而且发帖后必须好好检查帖子，你这次连标题都没显示全，别人都不知道你问了什么。

NGC626

wzkchem5 发表于 2023-4-12 16:20
金属的单点能计算需要用赝势基组或相对论全电子基组（如果算得动尽量用后者），且如果算得动的话最好做it ...

谢谢老师