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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-4-7 16:06:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-6 19:14
参见http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=redirect&goto=findpost&ptid=34800&pid=234814&fromuid=2181 ...

好的 谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-7 20:53:20 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-4-6 13:56
老师好,我上传的3.gjf如何在高斯做结构优化无报错就终止任务(3.log)了,是什么原因呢?该如何做优化?

甭用xqc、B3LYP
末端的羧基构型明显不合理
检查体系结构和净电荷设置合理性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2023-4-7 22:45:23 | 只看该作者 Only view this author

优化第一激发态

算第一激发态寿命,优化第一激发态时的输入文件这样对吗

IDIC.gjf

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发表于 Post on 2023-4-8 00:26:53 | 只看该作者 Only view this author
发帖格式不符合论坛要求,按http://sobereva.com/620的要求仔细修改后我们再回答
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-8 07:40:27 | 只看该作者 Only view this author
zhaomiao 发表于 2023-4-7 22:45
算第一激发态寿命,优化第一激发态时的输入文件这样对吗

不要用莫名其妙的CEP-121G*这种极度非主流基组
该说的都说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html

内存别给得那么抠
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发表于 Post on 2023-4-8 21:33:52 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,18轮烯可以在环的中间也就是6个氢的中间位置放5个鬼原子,进行NICS的计算,来算它的芳香性吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-8 21:38:37 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2023-4-8 21:33
sob老师您好,18轮烯可以在环的中间也就是6个氢的中间位置放5个鬼原子,进行NICS的计算,来算它的芳香性吗 ...

我不知道你为什么放5个

若想全面展现靠磁屏蔽展现芳香性,最好用ICSS
通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性
http://sobereva.com/216
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-4-8 21:45:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-8 21:38
我不知道你为什么放5个

若想全面展现靠磁屏蔽展现芳香性,最好用ICSS

上课的时候老师说的放五个,间隔0.5A.谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2023-4-8 21:48:18 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,想问一下我计算环庚三烯,因为中间有CH2隔开,本身没有芳香性,但是我计算NICS(0)=-4.4,也是有些芳香性的,这是为什么呀?

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发表于 Post on 2023-4-8 22:16:04 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2023-4-8 14:48
sob老师您好,想问一下我计算环庚三烯,因为中间有CH2隔开,本身没有芳香性,但是我计算NICS(0)=-4.4,也 ...

NICS(0)有sigma轨道的贡献,不完全是体现pi电子的芳香性。建议算一下NICS(1)看看
参见http://sobereva.com/145
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-4-8 22:30:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-8 22:16
NICS(0)有sigma轨道的贡献,不完全是体现pi电子的芳香性。建议算一下NICS(1)看看
参见http://sobereva.c ...

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-9 07:27:08 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2023-4-8 21:48
sob老师您好,想问一下我计算环庚三烯,因为中间有CH2隔开,本身没有芳香性,但是我计算NICS(0)=-4.4,也 ...

强烈不建议使用NICS(0)。对于只考察pi芳香性的情况,而且只算一个点,用NICS(1)ZZ
环庚三烯存在一定芳香性







之后如果还有芳香性问题,单独在波函数分析板块发帖,或发到本帖1L提及的简单波函数分析问题答疑专贴
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发表于 Post on 2023-4-10 14:46:31 | 只看该作者 Only view this author
请问下 我在文献的计算细节中看到这段话(With GAUSSIAN16, density fitting (DF, also termed resolution-of-identity or RI) was used to improve the performance of GGA and meta-GGA functionals; the Weigend06 (W06) density fitting basis set),请问这个是什么意思?在高斯输入文件中加什么关键词吗?

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发表于 Post on 2023-4-10 15:29:40 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2023-4-10 07:46
请问下 我在文献的计算细节中看到这段话(With GAUSSIAN16, density fitting (DF, also termed resolution- ...

参见http://gaussian.com/densityfit/
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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争取学好计算化学!

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发表于 Post on 2023-4-10 19:57:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wy标点人生 于 2023-4-10 20:01 编辑

老师,我要算这样一个化合物,应该用什么方法和基组呢?
1. 总共176个原子,含有C、H、O、S元素。
2. 准备算它对水中的重金属Hg2+的吸附,判断其吸附机理。(准备算算吸附位点分布、原子电荷分布、吸附能等)
3. 精度一般就行,主要是在实验部分加入计算。我们超算总体配置还不错,有36核,耗时时间越短越好。
4.通过Gaussian 16 A.03计算

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