简单量子化学问题答疑专帖

NGC626 · 发表于 Post on 2023-4-12 22:03:15

wzkchem5 发表于 2023-4-12 16:20
金属的单点能计算需要用赝势基组或相对论全电子基组（如果算得动尽量用后者），且如果算得动的话最好做it ...

谢谢老师

lisasever · 发表于 Post on 2023-4-13 09:31:17

关于Gaussian view建立离子在金属表面吸附模型的问题
老师好，本人在构建硅酸根离子在Mg(0 0 0 1)表面吸附的流程如下：将硅酸根离子进行几何优化后，将chk文件中的硅酸根离子另存为gjf,再将其复制粘贴到Mg的表面，但是在保存退出后重新打开文件，原本一个双键氧和两个单键氧连接的硅酸根变成了三个双键氧连接的硅酸根。请问这是什么原因呢？或者说我这样的建模流程对吗？

吴双 · 发表于 Post on 2023-4-13 15:37:13

想跟大家请教一下，http://sobereva.com/82 谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态。帖子中提到“建议先尝试比如# UB3LYP/6-31G* guess=mix nosymm stable关键词，因为又快又省事，如果提示波函数是稳定的，而且自旋密度确实不是处处为0”这块提示的波函数稳定应该怎么看呢，是在输出文件中会有相应的关键词么。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-13 15:39:09

吴双发表于 2023-4-13 08:37
想跟大家请教一下，http://sobereva.com/82 谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态。帖子中提到“建议先尝试 ...

在输出文件里搜stable、stability，找到这两个词最后几次出现的地方，输出文件会告诉你

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-13 15:39:38

lisasever 发表于 2023-4-13 02:31
关于Gaussian view建立离子在金属表面吸附模型的问题
老师好，本人在构建硅酸根离子在Mg(0 0 0 1)表面吸附 ...

仔细阅读http://sobereva.com/414。这是常识

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-13 15:40:47

duruigeng 发表于 2023-4-12 13:54
我的输入文件：
%chk=C:%users\du rui qiu\Desktop\gaussian%understanding\emc\emczyj.chk
# opt freq ...

你确定你要研究的是自由基阳离子？

吴双 · 发表于 Post on 2023-4-13 16:47:12

wzkchem5 发表于 2023-4-13 15:39
仔细阅读http://sobereva.com/414。这是常识

好的谢谢老师

NGC626 · 发表于 Post on 2023-4-13 17:03:32

sobereva 发表于 2023-4-12 11:32
计算资源太糟糕了

用Gaussian的话，只能告诉你起码用PBE0-D3(BJ)/6-31G*（过渡金属用SDD）做opt freq ...

老师好，请问如果是在超算上用ORCA的情况下，有哪些推荐的计算级别呢？精度不需要特别高，能有比较强的说服力就可以。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-13 17:08:42

NGC626 发表于 2023-4-13 10:03
老师好，请问如果是在超算上用ORCA的情况下，有哪些推荐的计算级别呢？精度不需要特别高，能有比较强的说 ...

“比较强的说服力”基本上sob老师说的那个级别已经是最低要求了，最好单点能用更好的泛函和基组（例如wB97M-V/def2-QZVP，或双杂化泛函/triple zeta基组，或DLPNO-CCSD(T)/triple zeta基组）

NGC626 · 发表于 Post on 2023-4-14 08:44:02

wzkchem5 发表于 2023-4-13 17:08
“比较强的说服力”基本上sob老师说的那个级别已经是最低要求了，最好单点能用更好的泛函和基组（例如wB9 ...

谢谢老师

护卫天使 · 发表于 Post on 2023-4-14 10:47:17

老师们好，实验室测定了N-亚甲基磷酸化壳聚糖衍生物（如图）的kpa1=6.45,kpa2=11.75,但是我不确定在搜索单体在水溶液中的构象时O=P-(OH)2是否要去质子化，去质子化的程度如何？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-14 15:46:45

护卫天使发表于 2023-4-14 03:47
老师们好，实验室测定了N-亚甲基磷酸化壳聚糖衍生物（如图）的kpa1=6.45,kpa2=11.75,但是我不确 ...

实验的pKa没测全吧，这里磷酸有两步电离，N还能质子化，应该能测出3个pKa才对。另外注意pKa的拼法和大小写，这个绝对不能搞错

shanqin · 发表于 Post on 2023-4-14 16:58:07

sobereva 发表于 2023-3-29 04:53
如果是普通泛函，一般用到def2-TZVPP就足够了。锕系可以用def-TZVPP

好的谢谢老师

护卫天使 · 发表于 Post on 2023-4-14 20:24:26

wzkchem5 发表于 2023-4-14 15:46
实验的pKa没测全吧，这里磷酸有两步电离，N还能质子化，应该能测出3个pKa才对。另外注意pKa的拼法和大小 ...

老师您好，这两个pKa值是从文献中得到的，文献并没有给出氨基的pKa,只是有了一些的描述（如图），请问我该如何处理呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-14 20:45:23

护卫天使发表于 2023-4-14 13:24
老师您好，这两个pKa值是从文献中得到的，文献并没有给出氨基的pKa,只是有了一些的描述（如图），请问我 ...

所以你看到，文献没有给出这个氨基的pKa，但是给了一个范围。所以你知道了这个体系所有酸碱基团的pKa，如果又知道你研究的水溶液的pH的话，自然可以通过数一下有多少个pKa小于pH的方法，确定每个单体的带电数。不过正如文献所说，有的基团的pKa一样，所以每个pKa不一定代表电离一个质子，可能电离不止一个质子，所以数的时候要考虑到这一点。
如果不知道水溶液的pH，那么需要问做这个体系的实验的人，或者根据溶液配比来确定（比如溶液是用这个分子直接配的，还是用它的单钠盐配的，等等）

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