使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-24 21:29:47

tjuchan 发表于 2015-1-24 17:24
首先，我想请问一下，文献(关于两分子作用力的文献，在优化阶段)，作者经常说"全优化"、“对所有可能的构型 ...

“全优化”并没有确切意思，很含糊。可能是指优化时没有外加约束。“所有可能的”也很含糊，只能是说初猜结构非常多，已经几乎穷尽所有情况。

可以把能量差判断阈值设更小。实际上我也打算在isostat里加入另一种判断方式，即几何结构偏差的判断，但最近还没时间写，过一段时间会加进去。

gkobebryant · 发表于 Post on 2015-1-26 15:03:07

good

holgrove · 发表于 Post on 2015-1-31 10:09:11

学习了

北纬18° · 发表于 Post on 2015-2-3 15:50:01

可惜 molclus收费啊

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-3 16:10:23

北纬18° 发表于 2015-2-3 15:50
可惜 molclus收费啊

收费和CASTEP卖几十万比，真是九牛一毛
何况免费版能处理原子上限已经不少了

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-9 14:08:58

tjuchan 发表于 2015-1-24 17:24
首先，我想请问一下，文献(关于两分子作用力的文献，在优化阶段)，作者经常说"全优化"、“对所有可能的构型 ...

为了解决你提到的这个问题，刚刚对isostat进行了更新并相应地发布了molclus 1.1版，见http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=765

这个改进很重要

北纬18° · 发表于 Post on 2015-2-12 05:47:37

isostat 处理的应该是mopac 的输出的out文件，为什么给出的能量是 a.u. ？

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-12 11:25:26

北纬18° 发表于 2015-2-12 05:47
isostat 处理的应该是mopac 的输出的out文件，为什么给出的能量是 a.u. ？

程序会自动转换

北纬18° · 发表于 Post on 2015-2-13 01:07:36

sobereva 发表于 2015-2-12 11:25
程序会自动转换

EPH 的out文件中，TOTAL ENERGY 都是 -1899 ev 左右, 除以 27.2114 ev 也就 - 70 au 。
而例子给的能量 E 在 -0.057 au 左右，不太明白是怎么算的。

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-13 01:21:26

北纬18° 发表于 2015-2-13 01:07
EPH 的out文件中，TOTAL ENERGY 都是 -1899 ev 左右, 除以 27.2114 ev 也就 - 70 au 。
而例子给的能量 ...

应当取FINAL HEAT OF FORMATION，这才是半经验方法真正有意义的输出。不要管TOTAL ENERGY。

北纬18° · 发表于 Post on 2015-2-13 02:30:19

sobereva 发表于 2015-2-13 01:21
应当取FINAL HEAT OF FORMATION，这才是半经验方法真正有意义的输出。不要管TOTAL ENERGY。

原来是以FINAL HEAT OF FORMATION为准。

北纬18° · 发表于 Post on 2015-2-13 03:08:47

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-13 10:45:01

北纬18° 发表于 2015-2-13 03:08
http://www.keinsci.com/research/molclus.html 主页还是 1.0 的，1.1的在哪？

忘改链接了，现已更新

therotyonth · 发表于 Post on 2015-2-13 20:44:05

感谢sobereva老师分享！

hzfish · 发表于 Post on 2015-3-6 23:03:13

金属氧化物团簇吸附气体分子或者其它分子是否适用呢？

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