简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

huanyizhen · 发表于 Post on 2015-6-19 08:24:28

本帖最后由 huanyizhen 于 2015-6-19 08:29 编辑

谢谢sob老师，在多问一句，用哪个软件来做分子力场分解能量呢？

sobereva · 发表于 Post on 2015-6-19 10:44:32

huanyizhen 发表于 2015-6-19 08:24
谢谢sob老师，在多问一句，用哪个软件来做分子力场分解能量呢？

几乎所有分子动力学程序都可以

alystone · 发表于 Post on 2015-6-22 21:23:33

想问一下，win版高斯是.out，linux版输出是.log，Amber程序支持.out，可是我只有.log，我该怎么办？直接改后缀可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2015-6-23 03:14:42

alystone 发表于 2015-6-22 21:23
想问一下，win版高斯是.out，linux版输出是.log，Amber程序支持.out，可是我只有.log，我该怎么办？直接改 ...

可以

youshoubian2015 · 发表于 Post on 2015-7-1 08:43:21

sobereva老师，运行gaussian时出现Problem with file /home/dai/g09/g09/l1.exe omode 33279 compare 7，咋回事，如何解决？

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-1 09:15:27

youshoubian2015 发表于 2015-7-1 08:43
sobereva老师，运行gaussian时出现Problem with file /home/dai/g09/g09/l1.exe omode 33279 compare 7，咋 ...

先随便换个简单的体系，比如水分子做单点，看能否正常运行。如果能，说明你当前的输入文件写得有问题。

yangjunfeng · 发表于 Post on 2015-7-5 12:49:11

我要用高斯做个量化计算，但不知基组怎么选择？请各位指教

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-5 13:57:31

yangjunfeng 发表于 2015-7-5 12:49
我要用高斯做个量化计算，但不知基组怎么选择？请各位指教

这是个大问题，简单几句话讲不完。想系统了解的话，看此贴的资源
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=275

对于普通问题的研究，一般选择如下（大于小于关系是指的基组尺寸，也对应于基组质量）：
对于DFT计算来说：
可接受级别: 6-31G*<=SV(P)<6-31G**<=SVP
不错级别: 6-311G**<6-311G(2d,p)<=def-TZVP
理想级别: def2-TZVP
高精度计算: def2-QZVP

对于后HF计算来说：
最低可接受级别: cc-pVDZ≈def2-SVP
较好级别: cc-pVTZ≈def2-TZVPP
高精度计算: cc-pVQZ,≈def-QZVPP
无敌: cc-pV5Z

该用弥散函数的时候要加上弥散函数，见
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

激发态计算用什么基组此贴有专论
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265

弱相互作用用什么基组这里有专论
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

对于特殊问题的计算：
NMR基组：pcS-1（6-31G**大小却不输于def2-TZVP。算不动就用pcS-0，想再改进就用pcS-2但改进余地甚微故不划算），IGLO-II/III也不错。
核自旋-自旋耦合常数：pc-J、IGLO-III
极化率：Sadlej pVTZ(Sadlej POL)、LFK赝势基组、def2系列加弥散（SVPD、TZVPD、TZVPPD、QZVPD、QZVPPD）
一阶超极化率：Sadlej HYPOL
二阶超极化率：d-aug-cc-pVTZ

yangjunfeng · 发表于 Post on 2015-7-5 14:09:41

sobereva 发表于 2015-7-5 13:57
这是个大问题，简单几句话讲不完。想系统了解的话，看此贴的资源
http://bbs.keinsci.com/forum.php?m ...

谢谢老师的指导

didi_dudu · 发表于 Post on 2015-7-6 17:26:34

最近学习第一性原理，在计算polarization时候出现这个输出结果
The calculation of phases done along the direction of vector 3
      of the reciprocal lattice gives the following contribution to
      the polarization vector (in different units, and being Omega
      the volume of the unit cell):

         P =  -2.7942218  (mod 9.3431997)  (e/Omega).bohr

         P =  -0.0101420  (mod 0.0339123)  e/bohr^2

         P =  -0.5798349  (mod 1.9388274)  C/m^2
想请问一下 P =  -0.5798349  (mod 1.9388274)  C/m^2  括号里那个 mod 1.9388 是什么意思呢？还是计算结果就是-0.57 C/m^2

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-6 21:37:02

didi_dudu 发表于 2015-7-6 17:26
最近学习第一性原理，在计算polarization时候出现这个输出结果
The calculation of phases done along t ...

mod估计是取模的意思

chasejabble · 发表于 Post on 2015-7-8 09:45:19

关于一个体系的自选多重度问题，看到一些文章试验不同的自选多重度来确定最稳定的状态，但是有些文章在计算时关于自选多重度的问题又不涉及，这个问题何解？SOB老师有这方面的帖子吗？

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-8 18:22:25

chasejabble 发表于 2015-7-8 09:45
关于一个体系的自选多重度问题，看到一些文章试验不同的自选多重度来确定最稳定的状态，但是有些文章在计算 ...

同一类体系做得多了、文献看得多了，或者化学直觉比较敏锐、理论功底扎实，一看结构就能准确确定出最稳的自旋多重度是多少，这时就不用测试了。

fankui1990129 · 发表于 Post on 2015-7-9 22:27:03

我是有机专业的，最近自学了一些简单的计算方法，并用到我的具体实验里。现在勉强算入门了，但是想系统的学习一下高斯。我用高斯自带的练习程序（和Exploring Chemistry with Electronic Structure Method配套的）居然一直出现2070错误。我之前尝试用较大的基组计算都没有出现这个问题，我比较好奇，是因为自带的程序太老了还是我的电脑不行。

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-9 22:44:03

fankui1990129 发表于 2015-7-9 22:27
我是有机专业的，最近自学了一些简单的计算方法，并用到我的具体实验里。现在勉强算入门了，但是想系统的学 ...

这个问题太含糊。无非就是输入文件写得不对。
搞明白每个关键词的意思就自然明白了。

并没有什么“练习程序”，只不过是那本书自带了练习文件，并且高斯程序自带了测试文件。练习文件里面绝大多数关键词对于现在的版本都没问题。当前版本的测试文件在当前版本上运行肯定能通过。

注意检查%chk之类是否设定合适了。

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