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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-9 11:34:53 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2017-7-9 10:57
谢谢社长回复!

对于溶剂中化学反应,吉布斯自由能变可以通过设计热力学循环计算。焓变和熵变没有好办 ...

说得过去
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-9 11:38:10 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-7-9 10:48
谢谢sob老师,例子选的有点不合适。这几个文件都正常结束。但是好像最后的结构还是有差异。对于这种情况 ...


由于初始结构不完全相同,优化到了势能面不同的极小点去,很正常的现象。这种柔性体系构象是很多的,这里都提到了
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
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发表于 Post on 2017-7-9 12:17:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-9 11:38
由于初始结构不完全相同,优化到了势能面不同的极小点去,很正常的现象。这种柔性体系构象是很多的,这 ...

也就是他们都是不同的极小点,只不过结构比较接近。在绘制能量相关的反应路径图时怎么处理这一问题?需要找出所有可能稳定构象吗?

11.jpg (110.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

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发表于 Post on 2017-7-9 13:45:36 | 只看该作者 Only view this author

谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-9 18:46:50 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-7-9 12:17
也就是他们都是不同的极小点,只不过结构比较接近。在绘制能量相关的反应路径图时怎么处理这一问题?需要 ...

如果没有任何前提条件,就取能量最低的。
如果发生反应,就摆成最可能发生反应的结构
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发表于 Post on 2017-7-9 19:51:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-9 18:46
如果没有任何前提条件,就取能量最低的。
如果发生反应,就摆成最可能发生反应的结构

谢谢老师!

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发表于 Post on 2017-7-10 09:35:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-4 02:40
算算复合物的溶解自由能,以及单体的溶解自由能加和,比较一下就知道了。哪个溶解自由能高要看体系,看单 ...

确实无论是复合物还是过渡态,SMD溶解自由能都比孤立分子之和小了近20 kcal/mol,感觉难以置信. 我的体系都带有正电荷,结构优化的时候没有放抗衡离子,因此也可以预期底物孤立离子对隐式溶剂化会比(离子和中性分子形成的)过渡态敏感一些,因此是否有必要在所有结构中都考虑抗衡离子?

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发表于 Post on 2017-7-10 10:43:09 | 只看该作者 Only view this author

过渡态寻找

老师好,我计算过渡态,显示虚频为52.7,然后扫IRC,显示正常结束,扫描图如下,想问各位老师一下,我这算是找到过渡态了吗,还是还得再找?

QQ图片20170710103022.png (17.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 48)

IRC扫描图

IRC扫描图

IRC-qst2-3-25-2.zip

504.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

IRC输出文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-10 10:58:58 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2017-7-10 09:35
确实无论是复合物还是过渡态,SMD溶解自由能都比孤立分子之和小了近20 kcal/mol,感觉难以置信. 我的体系 ...

孤立状态和溶剂接触更充分,而且正电荷密度更大,溶解自由能更负是正常。
一般没必要用抗衡离子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-10 11:36:15 | 只看该作者 Only view this author
zhanghuize 发表于 2017-7-10 10:43
老师好,我计算过渡态,显示虚频为52.7,然后扫IRC,显示正常结束,扫描图如下,想问各位老师一下,我这算 ...

算是过渡态
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发表于 Post on 2017-7-10 14:33:30 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,请教一个问题
像TDDFT,ZINDO等这种算激发态的方法,如果给定一个体系并且指定了基组,它们能计算出来的激发态数目是不是有限的?因为它们都是基于自洽场算出来的分子轨道来算的,而给定基组的话计算出来的分子轨道是有限的,那么能表现出来的各种主导激发态的单激发行列式们也是有限的,所以能计算出来的激发态也是有限的。
是这样吗?

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发表于 Post on 2017-7-10 14:47:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zhanghuize 于 2017-7-10 14:48 编辑

老师  ,那我再换个关键词进行IRC扫描,是不是会得到更好的曲线?感觉是没扫完的样子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-10 20:17:27 | 只看该作者 Only view this author
zhanghuize 发表于 2017-7-10 14:47
老师  ,那我再换个关键词进行IRC扫描,是不是会得到更好的曲线?感觉是没扫完的样子


calcall会使IRC曲线更平滑更理想,但对你的体系耗时会很高。或者减小IRC步长也能更光滑。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-10 20:19:29 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-7-10 14:33
sob老师您好,请教一个问题
像TDDFT,ZINDO等这种算激发态的方法,如果给定一个体系并且指定了基组,它们能 ...

ZINDO直接定义了基函数没法指定基组。
对于TDDFT,最多能算出来的态数等于基于当前占据轨道和非占据轨道能构造出来的组态函数数目。
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发表于 Post on 2017-7-10 22:03:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-10 20:19
ZINDO直接定义了基函数没法指定基组。
对于TDDFT,最多能算出来的态数等于基于当前占据轨道和非占据轨道 ...

谢谢老师,我就想问这个问题,没说明白

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