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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-12-9 19:20:14 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-12-9 13:35
看卢老师博文《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》
http://sobereva.com/list.html
你贴的第一 ...

我明白了 感谢老师!

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发表于 Post on 2020-12-9 19:20:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-9 13:46
看此文3.3节关于设置GAUSS_MEMDEF环境变量的说明
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转 ...

谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2020-12-11 14:21:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 阿di达思 于 2020-12-15 13:49 编辑

Sob老师好,比较不同重金属离子(Zn2+和Fe3+)和某有机酸的螯合效果,
1,gview建模时是根据有机酸静电势极小点位置摆放金属阳离子吗?或正确的建模/优化方式是什么?
2, Multiwfn可以做哪些新颖的分析?螯合效果差异应从哪些参数体现?

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发表于 Post on 2020-12-11 16:27:07 | 只看该作者 Only view this author
阿di达思 发表于 2020-12-11 14:21
Sob老师好,比较不同重金属离子(Zn2+和Fe3+)和某有机酸的螯合效果,
1,gview建模时是根据有机酸静电势 ...

建议多选几个配位点,分别计算,取能量最低的。静电势极小点只能说明结合较为稳定,不能严格推出结合一定最稳定。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2020-12-12 19:38:35 | 只看该作者 Only view this author
sob老师 请问一下 怎样看溶质分子与溶剂分子间有没有形成氢键?有什么衡量方法?比如氢氧根(OH-)在乙腈溶剂中。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-13 04:46:11 | 只看该作者 Only view this author
阿di达思 发表于 2020-12-11 14:21
Sob老师好,比较不同重金属离子(Zn2+和Fe3+)和某有机酸的螯合效果,
1,gview建模时是根据有机酸静电势 ...

1 静电势最小点位置是理应优先考虑的。但是静电势没有考虑实际螯合过程中的极化、成键效应,所以不能说这样摆出来的结构就一定最终能优化到最稳定结构。所以还是应当凭感觉多摆几个,考虑各种有可能配位的原子与金属的接触。

2 可以做做CDA分析讨论轨道相互作用,将配位键Wiberg键级分解为NAO轨道相互作用考察原子轨道对成键的影响,算算电荷转移量等等
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-13 04:47:20 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2020-12-12 19:38
sob老师 请问一下 怎样看溶质分子与溶剂分子间有没有形成氢键?有什么衡量方法?比如氢氧根(OH-)在乙腈溶 ...

比如用molclus搜索OH-被乙腈包围的团簇结构,然后做个RDG或NCI分析,或者AIM分析,很容易就能证明
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-12-13 09:39:37 | 只看该作者 Only view this author
老师  请问在用shermo计算构象分布比例的时候  在气相下做的几何优化  ,然后后面的能量是不是不能用气相下的单点能   需要用溶剂条件下的单点能

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发表于 Post on 2020-12-13 10:36:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-13 04:47
比如用molclus搜索OH-被乙腈包围的团簇结构,然后做个RDG或NCI分析,或者AIM分析,很容易就能证明

好的, 多谢sob老师

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发表于 Post on 2020-12-13 13:55:21 | 只看该作者 Only view this author
wangchunchun 发表于 2020-12-13 09:39
老师  请问在用shermo计算构象分布比例的时候  在气相下做的几何优化  ,然后后面的能量是不是不能用气相下 ...

如果你要计算的是溶剂里的构象分布,那么是的
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-12-13 23:46:52 | 只看该作者 Only view this author

语法报错求助

输出文件报错如下:

******************************************
Gaussian 09:  ES64L-G09RevE.01 30-Nov-2015
                 9-Dec-2020
******************************************
%chk=MgP-TBO.chk
%nproc=4
Will use up to    4 processors via shared memory.
%mem=32GB
-------------------------------------------------
# scrf=(solvent=dibutylether) b3lyp/6-31g* bndidx
-------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
dibutylether) b3lyp/6-31g* bndidx
                            '
Last state= "GCL"
TCursr=      3523 LCursr=        43
Error termination via Lnk1e in /share/apps/gaussian/g09E01/g09/l1.exe at Wed Dec  9 22:57:27 2020.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      2 Scr=      1

显示输入文件有问题,溶剂那里没有显示出来

但是,我的输入文件如下:
%chk=MgP-TBO.chk
%nproc=4
%mem=32GB
# scrf=(solvent=dibutylether) b3lyp/6-31g* bndidx

Mg

0 1
N                  1.05237400    1.63497200    0.09053300
C                  0.85418300    2.99645100    0.01503100
C                  2.40199500    1.42535600    0.01022800


想请问各位老师,这是什么原因造成的,该怎么解决?



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发表于 Post on 2020-12-13 23:49:33 | 只看该作者 Only view this author
bndidx不是写在那里的,,,你这写法是哪里学来的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-14 01:04:27 | 只看该作者 Only view this author
ywy 发表于 2020-12-13 23:46
输出文件报错如下:

******************************************

以后发帖标题要具体,别人看这个标题都不知道你说的是什么程序。仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

bndidx根本就不是这么用的

要想分析键级,看此文的键级部分
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-14 01:06:17 | 只看该作者 Only view this author
wangchunchun 发表于 2020-12-13 09:39
老师  请问在用shermo计算构象分布比例的时候  在气相下做的几何优化  ,然后后面的能量是不是不能用气相下 ...

本来构象分布就不是靠电子能量得到的,而是靠自由能得到的。获得溶剂环境的分布比例显然应当用溶剂下的自由能。注意理解此文里计算构象分布的例子的计算操作的用意
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
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发表于 Post on 2020-12-14 18:53:30 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,最近在跟着您的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html学习使用molclus程序做团簇构型搜索,在重复“3分子团簇构型搜索实例:(H2O)4”时,想将其中的gromacs动力学模拟部分转换成xtb,但有两个问题不会,想请您指点一下:
(1)gromacs中的epsilon-r=4关键词在xtb中应该怎么体先,看了在线学习手册,但是还不知道该怎么转换
(2)gromacs的退火设定,看帖子下面的讨论里说xtb不能进行退火模拟,但是在线学习手册上说可以使用crest,但是没看明白该怎么做

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