简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

Jameslzy · 发表于 Post on 2020-12-14 21:19:11

sobereva 发表于 2020-12-8 23:10
引博文里提到的mind the gaps那篇就可以

好的收到，谢谢Sob老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-14 23:46:47

CayJ 发表于 2020-12-14 18:53
老师您好，最近在跟着您的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html学习使用molclus程序做团簇构型 ...

（1）半经验计算里不需要设置epsilon，相当于epsilon=1。普通分子力学设置一个非1的介电常数，主要是因为一般的力场忽略了原子内部的极化作用，所以用介电常数来近似考虑这一部分极化，但是半经验计算本来就完全考虑了极化作用，所以不用、不能也不应该设置介电常数
（2）构型搜索不一定需要严格意义上的退火，恒定温度动力学然后取一些帧出来quench也可以

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-15 02:31:14

CayJ 发表于 2020-12-14 18:53
老师您好，最近在跟着您的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html学习使用molclus程序做团簇构型 ...

xtb没必要这样
直接设个球型限制势，就足矣避免分子跑飞
当前问题和crest没关系

这个体系最好用genmer+molclus搜索，方便得多

fffff · 发表于 Post on 2020-12-15 14:37:58

请问一下程序CPU占用问题，计算任务：维生素C（ C6H8O6 ）opt+freq；CPU（4核）：Intel(R) Core(TM) i5-7300HQ CPU @ 2.5GHz 内存8G
分别使用Gaussian16（Windows）和ORCA4.1.1（Windows）
Gaussian关键词%nproc=2,mem=1000MB，CPU占用率大约在60-70%左右
ORCA关键词%pal nprocs 2 end，%maxcore 1000 ，CPU占用率在85-100%之间，
为什么都设置用两个核心计算，CPU占用率会有差别呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-15 14:54:00

fffff 发表于 2020-12-15 14:37
请问一下程序CPU占用问题，计算任务：维生素C（ C6H8O6 ）opt+freq；CPU（4核）：Intel(R) Core(TM) i5-730 ...

高斯是OpenMP并行，ORCA是MPI并行，不同情况下两种并行方法的并行效率会有差别

fffff · 发表于 Post on 2020-12-15 21:23:21

wzkchem5 发表于 2020-12-15 14:54
高斯是OpenMP并行，ORCA是MPI并行，不同情况下两种并行方法的并行效率会有差别

老师，再请问一下如果还用4核CPU，同样的条件，输入文件都设置两个核运算的话，是不是Gaussian运算的效率会比ORCA高呢？我不太懂计算机，看网上好像说MPI并行效率不如openMP高。

秦宁 · 发表于 Post on 2020-12-15 21:24:34

gsion，在Linux系统下运行高斯时总是循环到21cycle时从1又开始循环，不报错不终止，出现图二即循环重复

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-12-15 22:00:45

（1）不要随便拼写，所有的Gaussian要拼正确；
（2）应尽量使用截图而非拍照，且应上传输出文件；
（3）你这是在做结构优化，优化的每一步都要做SCF计算，而SCF计算，顾名思义，自洽场迭代，就是会显示xx圈收敛。要了解常见计算的基本流程，学会查看高斯计算进度，例如结构优化应当首先查看每步受力的情况、能量下降的情况（就算不会用命令行查看，用GaussView打开也能查看）。而不是盯着看“循环不止”，除非你能证明你的“循环”每次都是出来一样的能量、一样的力，这才是原地不动的循环。

thanhtam · 发表于 Post on 2020-12-15 22:04:09

你又要结构优化，又不让循环，Gaussian也很为难的（

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-15 22:26:52

fffff 发表于 2020-12-15 21:23
老师，再请问一下如果还用4核CPU，同样的条件，输入文件都设置两个核运算的话，是不是Gaussian运算的效率 ...

这里有两个问题
第一，CPU占用率不一定代表并行化效率，因为有的时候CPU会做无用功。衡量并行化效率还是要看多核计算和单核计算的时间比。
第二，一般而言同一个节点上是OpenMP效率更高，如果要跨节点用MPI效率更高。OpenMP自己都没法跨节点，需要借助Linda等其他工具。但是这也是对于同一个软件、同样水平的代码优化的条件下成立，如果不同的软件互相比较的话，代码本身的写法也有影响，即使同是OpenMP、做同一种计算任务，并行化效率也可能很不一样。

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-16 01:46:44

fffff 发表于 2020-12-15 21:23
老师，再请问一下如果还用4核CPU，同样的条件，输入文件都设置两个核运算的话，是不是Gaussian运算的效率 ...

如果你是从CPU占用率的角度来比实际计算效率，根本没有可比性
不同程序的算法、代码实现、并行化的考虑都明显不同
MPI并行效率并非没有OpenMP高，得看具体情况。哪怕是对于单节点，当并行核数很多的情况，OpenMP的并行效率都可能低于MPI。有的程序是MPI与OpenMP混合并行来达到尽可能好的并行效率。

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-16 02:06:27

秦宁发表于 2020-12-15 21:24
gsion，在Linux系统下运行高斯时总是循环到21cycle时从1又开始循环，不报错不终止，出现图二即循环重复

学术求助帖不得发到“公社大厅”板块，看清楚板块再发贴。这次给你移动了，下次直接删帖+扣分处理

此类过于初级的问题不要单独发主帖
回复看12173L

记清楚Gaussian这个词怎么正确拼写

huyongxin · 发表于 Post on 2020-12-16 11:22:21

本帖最后由 huyongxin 于 2020-12-16 12:03 编辑

sob老师你好，我最近在用molpro的CCSD（T）/TZVPP计算K+离子单点能，可是我set,charge=1的时候，计算就会报错，正常计算K，不设置charge就没有问题。这是什么原因呢？下面为输入文件和报错，附件为输出文件。
*** sp-K+
geom={K}
basis=QZVPP
set,charge=1

rhf
uccsd(t)
---

The number of valence orbitals is .le. 0.
One possible cause of this is that there are no orbitals available, ie you might have forgotten
to do a Hartree-Fock calculation. Another possiblity is that the number of electrons is .le. half
the number of uncorrelated core orbitals.

yiwei · 发表于 Post on 2020-12-16 11:39:02

老师好，我用高斯 TD 优化了一个结构的singlet的第一激发态（输入文件为 Opt(gdiis,maxstep=5,notrustupdate) SCF=(xqc,tight) TD(root=1, singlet) ），用优化完最后一帧的结构重新算了一个单点能。读SCF Done的能量：优化后的ouput与SP的output能量差别-2.7E-08；读E(TD-HF/TD-DFT)的能量：优化后的ouput与SP的output能量差-0.05674。请问这种差别正常吗？是因为我用gdiis的算法才造成了这个误差吗？

yiwei · 发表于 Post on 2020-12-16 12:52:49

yiwei 发表于 2020-12-16 11:39
老师好，我用高斯 TD 优化了一个结构的singlet的第一激发态（输入文件为 Opt(gdiis,maxstep=5,notrustupdat ...

相同的方法与基组，计算单点能的坐标也与优化后的最后一帧坐标完全一致。

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

求助gaussion在Linux系统下循环不止