简单量子化学问题答疑专帖

糖糖糖豆9988

chands 发表于 2022-12-15 13:45
这个反应有点怪，cC4H8不容易与O2反应，是先变成（双）自由基吗？
把所有过程算出来，按http://sobereva ...

谢谢老师~图片补充了TS的结构，请教老师，您是如何判断该反应容不容易发生呢？

chands

糖糖糖豆9988 发表于 2022-12-15 15:05
谢谢老师~图片补充了TS的结构，请教老师，您是如何判断该反应容不容易发生呢？

c-C4H8相对稳定，O2也很稳定，生成的c-C4H7自由基和HO2自由基的能量都很高，不管反应历程如何，是否有过渡态，都需要大量能量，所以不容易发生。

HO2通常是某个烃基自由基和O2反应产生，生成闭壳层的烃和HO2自由基。

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2022-12-15 08:05
谢谢老师~图片补充了TS的结构，请教老师，您是如何判断该反应容不容易发生呢？

按http://sobereva.com/506的方法判断

护卫天使

老师们好，最近在算一个配合物算的头皮发麻。我是考虑图1的两个单体去络合重金属，使配合物整体电荷为0，并考虑了显式溶剂.结构优化计算级别为pbe0/def2svp。计算Ni、Cu配合物都是Maximum Displacement和 RMS     Displacement这两项收敛不了。计算Zn配合物能收敛，但是结构明显不合理。我的问题是：1、构建两个羧基去络合一个重金属离子是否合理（不考虑水分子都能收敛）？2、我都是考虑了4个水分子使重金属配位饱和，是不是只能配上3个水分子，假如计算加上什么关键好使一点？麻烦各位老师帮忙看看。

xiayu1985

wzkchem5 发表于 2022-12-7 23:29
把结构优化收敛限设严再试

谢谢大佬的回答。我提高了收敛标准，个别的中间体结构发生了微小的改变，但是，大部分提高收敛要求后还是和没有提高之前一样。并且我发现某一个过渡态结构也可以找到很多结构接近类似的过渡态结构。因此，接近的过渡态结构找的多了，计算irc后发现，前后的中间体是可以衔接起来的，但是这样太浪费时间啊。另外，我还发现，在irc的路径上在快接近中间体的位置上选择不同的初始结构计算中间体，最后优化后的中间体也不一样。如果是同样的初始结构，设置maxstep=3和不设置该参数，最后的中间体结构也不一样。我个人觉得还是把最大步长设小一点更靠谱一些。大佬，有没有其他的建议和方法啊。

wzkchem5

xiayu1985 发表于 2022-12-16 14:50
谢谢大佬的回答。我提高了收敛标准，个别的中间体结构发生了微小的改变，但是，大部分提高收敛要求后还是 ...

这个体系的构象这么多的话，建议还是做一个构象搜索。不然即使能前后衔接起来，你也不知道这个反应途径是不是自由能最低的反应途径。

xiayu1985

wzkchem5 发表于 2022-12-16 22:34
这个体系的构象这么多的话，建议还是做一个构象搜索。不然即使能前后衔接起来，你也不知道这个反应途径是 ...

加入溶剂化效应scrf(SMD,solvent=anisole) 后就比较多变了。

sobereva

护卫天使 发表于 2022-12-16 09:40
老师们好，最近在算一个配合物算的头皮发麻。我是考虑图1的两个单体去络合重金属，使配合物整体电荷为0，并 ...

去掉cartesian。单分子体系用笛卡尔坐标去优化比用默认的冗余内坐标通常收敛明显更难。还不行可以再结合较小步长上限

护卫天使

sobereva 发表于 2022-12-18 11:44
去掉cartesian。单分子体系用笛卡尔坐标去优化比用默认的冗余内坐标通常收敛明显更难。还不行可以再结合 ...

老师好，优化cu离子收敛了，但是有个水被羧基夺去，这该如何解决？初始构型是通过genmer搜索并在xtb上优化后的。

吴双

老师 想跟您请教一下在用高斯计算Eu时，MWB52，MWB53的区别是什么呀。

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-12-18 12:34
老师好，优化cu离子收敛了，但是有个水被羧基夺去，这该如何解决？初始构型是通过genmer搜索并在xtb上优 ...

首先，这不叫夺去，可以看出来那个氢原子离水的氧原子还是比离羧酸根的负离子更近的。只是形成了比较强的氢键而已。
其次，Cu还差一个配位点没有饱和，除非有实验证据表明这里Cu确实是四方锥配位而非八面体配位，否则那个配位点必须用水饱和

kun123321

请教各位老师，我进行激发态振动分析（gaussian 16）的时候遇到了这样一个问题：
1. 先opt，再读取chk进行振动分析出现NO；
   关键词是：# opt td=(root=1,triplet)/6-311g(d,p) m062x density
                  # freq td=(root=1,triplet)/6-311g(d,p) m062x density guess=read geom=check

2.利用关键词# opt freq td=(root=1,triplet)/6-311g(d,p) m062x density进行计算，最后的结果收敛了。

PS:看2的计算结果的时候发现其振动分析的关键词是 #N Geom=AllCheck Guess=TCheck SCRF=Check GenChk RM062X TD(FC,Read)/6-311G(d,p) Freq。在手册的TD下面只找到了read，不知道这个FC是什么意思。FC是Frozen Core么？

想请教一下各位老师，1.这两个方法的区别在什么地方？是哪一步出现了问题？
2.优化激发态时,如果想获取激发态的波函数是不是同样需要加density。

sobereva

吴双 发表于 2022-12-18 22:22
老师 想跟您请教一下在用高斯计算Eu时，MWB52，MWB53的区别是什么呀。

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

sobereva

kun123321 发表于 2022-12-19 02:17
请教各位老师，我进行激发态振动分析（gaussian 16）的时候遇到了这样一个问题：
1. 先opt， ...

除了要获得激发态波函数，否则一律甭写density。opt freq写density完全莫名其妙
优化T1态建议用UKS而非TDDFT，下文明确说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314（http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html）

出现NO纯属数值巧合，或者你没交代出来的细节原因

opt freq的任务不需要自己理会freq那步任务Gaussian自动产生的关键词，单纯为了令opt用的计算级别精确延续到freq、能续用的信息都尽量读取

kun123321

各位老师好，请问使用高斯16计算含过渡金属钌Ru的荧光光谱出现不收敛的问题怎么解决 我的体系是三联吡啶-双席夫碱salphen的配合物，B3LYP-D3/def2SVP 看老师的帖子http://sobereva.com/61，尝试用了 SCF=vshift=x；SCF=QC；改变泛函M06-2X和wb97XD 。 还是出现了不收敛 SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error                                     ERROR!!!!     SCF has not converged.  Gradients and post-SCF results would be GARBAGE!! SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error Error termination via Lnk1e in /home/123456/g16/l801.exe at Tue Mar 31 23:22:37 2020. Job cpu time:      54 days 16 hours 22 minutes 18.0 seconds. Elapsed time:       3 days 10 hours 11 minutes 28.2 seconds. 请教各位大神们这种情况该如何修正使其收敛，谢谢