简单量子化学问题答疑专帖

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-19 13:04:25

kun123321 发表于 2022-12-19 11:23

仔细看http://sobereva.com/61顶端的红字

算过渡金属配合物不推荐B3LYP，仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

kun123321 · 发表于 Post on 2022-12-19 14:30:41

本帖最后由 kun123321 于 2022-12-19 15:05 编辑

我用gaussian直接算的数据可以和http://cccbdb.nist.gov/匹配到小数点后六位，但是使用molpro的计算结果和gaussian在第四位就有不同，大概相差0.23kcal/mol，请问这个是正常的么？我用的是最简单的hf/6-31g(d)算单点能（用其他方法的时候貌似差异就更大了）。

sai77 · 发表于 Post on 2022-12-19 14:38:44

护卫天使发表于 2022-12-16 09:40
老师们好，最近在算一个配合物算的头皮发麻。我是考虑图1的两个单体去络合重金属，使配合物整体电荷为0，并 ...

你算的几个结构，二价Ni、Cu、Zn，最外层电子分别是3d8, 3d9, 3d10，明显不会形成一样的配位模式和同样个数的水配位。
二价Ni 3d8，五个d轨道占据四个，剩下一个d轨道和4s,4p轨道杂化，dsp2杂化形成四条杂化轨道，四个配体占据，形成平面四边形构型。
二价Cu 3d9，五个d轨道占据四个，另外1个单电子占据最后1个d轨道，这个d轨道可能参与杂化，dsp2杂化跟二价Ni类似；或者该d轨道不参与杂化，4s,4p和4d轨道杂化形成sp3d2杂化，八面体构型。
二价Zn 3d10，五个d轨道占满，无法参与杂化，外轨的4s和4p轨道杂化，形成sp3杂化，正四面体构型。

护卫天使 · 发表于 Post on 2022-12-19 15:09:10

sai77 发表于 2022-12-19 14:38
你算的几个结构，二价Ni、Cu、Zn，最外层电子分别是3d8, 3d9, 3d10，明显不会形成一样的配位模式和同样个 ...

老师好，我是看了有文献报道了Ni、cu的水合物是6配体。我初始构型是在genmer搜索，然后在XTB初优化的，都是得到6配位。目前Ni和Zn的6配位配合物都能成功收敛了，麻烦老师看一下这个收敛的构型正常吗？

kun123321 · 发表于 Post on 2022-12-19 15:09:53

本帖最后由 kun123321 于 2022-12-19 15:19 编辑

最近在学习有关利用高斯计算化学反应速率常数的内容，然后也利用了sob老师的excel表计算出了动力学常数K，但是表中双分子的K的单位是s-1M-1,不同于K的一般单位s-1或mol·L-1，因此想请教一下如何转换？

kun123321 · 发表于 Post on 2022-12-19 15:33:35

本帖最后由 kun123321 于 2022-12-19 15:42 编辑

最近在学习使用Turbomole来做轨道分析。看到下面一个回答：
How to plot spin densities or orbitals from Turbomole
Insert into the control file:
$pointval dens
for the spin density and
$pointval mo 207-266
for some molecular orbitals. For open-shell systems, the orbitals are listed in the order alpha1, beta1, alpha2, ...

其中$pointval mo 207-266是原答主的命令。其实他的轨道是：
$alpha shells
a 1-266
$beta shells
a 1-267

我不太明白一个选择的计算体系里面的266个轨道，他是如何知道自己207-266是自己需要的呢？该怎么去查自己需要的轨道呢，我的轨道有217个

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-19 15:42:33

kun123321 发表于 2022-12-19 14:30
我用gaussian直接算的数据可以和http://cccbdb.nist.gov/匹配到小数点后六位，但 ...

谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题
http://sobereva.com/573（http://bbs.keinsci.com/thread-20122-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-19 15:46:27

kun123321 发表于 2022-12-19 15:09
最近在学习有关利用高斯计算化学反应速率常数的内容，然后也利用了sob老师的excel表计算出了动力学常数K， ...

反应速率常数是小写的k，大写的K是平衡常数

随便找本介绍反应动力学的书看，包括物理化学教材里的反应动力学部分，不同级数反应的k的单位都是最基本常识

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-19 15:49:59

kun123321 发表于 2022-12-19 15:33
最近在学习使用Turbomole来做轨道分析。看到下面一个回答：
How to plot spin densities or o ...

分析什么轨道完全看具体体系和具体目的，别人的回答顶多能让你参考操作，具体序号没有可参考性，别人也不可能在你不提供任何具体前提的情况下确切回答你考察哪个。

498746012 · 发表于 Post on 2022-12-19 17:25:44

chands 发表于 2022-12-12 13:35
零点不同。注意到Gaussian的 sum of electronic & thermal enthalpies包括单点能。而标准生成焓是指定该 ...

谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-12-19 17:34:50

kun123321 发表于 2022-12-19 08:33
最近在学习使用Turbomole来做轨道分析。看到下面一个回答：
How to plot spin densities or o ...

先在HOMO、LUMO周围少选几个，如果找不到你要的轨道，再多选一些重新分析。
又或者第一次多选几个，如果发现很多都不是你要的，下次可以少选几个。
不同体系、不同研究目的，需要选的轨道数是不同的，但是该选少的时候选多了，并不影响计算结果的正确性，唯一问题是你从一大堆数据里挑出你要的，稍微慢一点。类似地，该选多的时候选少了，那就重新选一次就行了，也什么都不影响，唯一问题是你选了两次稍微浪费了一点时间。所以尽管随便选就行了，对你的体系有经验以后可以一次选到位，节约时间，但是即便没经验，选出来结果也可以用。

吕安琪 · 发表于 Post on 2022-12-20 00:50:00

各位老师好我在做简单的QMMM计算时一直出现 L103的报错，输入文件和输出文件分别上传，请问应该如何解决：
Integrated Cartesian Forces:  Max    0.145420676 RMS    0.001980640

GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
FormGI is forming the generalized inverse of G from B-inverse, IUseBI=4.
Internal  Forces:  Max    0.158270275 RMS    0.045465511
Search for a local minimum.
Step number 1 out of a maximum of 90
All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians)
NRF ne Abs NRFX
Error termination via Lnk1e in /data/home/hlma_ustc/soft/gaussian//g16/l103.exe at Tue Dec 20 00:39:15 2022.
Job cpu time:    0 days  0 hours 47 minutes 33.9 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  1 minutes 42.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 148 Int=    0 D2E=    0 Chk=    76 Scr=    1

吕安琪 · 发表于 Post on 2022-12-20 00:51:08

QM分子不存在三个原子在180度的情况单独计算QM分子的QMMM计算没有报错

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-20 16:05:33

吕安琪发表于 2022-12-20 00:50
各位老师好我在做简单的QMMM计算时一直出现 L103的报错，输入文件和输出文件分别上传，请问应该如何解决 ...

提问前先用首页全文搜索框搜报错提示
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html里面搜NRF ne Abs NRFX

分清楚QMMM和ONIOM(QM:MM)，完全是两码事，下文说了
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

neon · 发表于 Post on 2022-12-21 08:43:30

大家好，体系为一个Zn原子分别和两个-OH和一个H2O相连，体系先用r2SCAN-3c 优化，优化后的结构分别用DLPNO-CCSD(T1) 和r2SCAN-3c计算单点能，结果如下：
DLPNO-CCSD(T1)：
keywords: ! DLPNO-CCSD(T1) Extrapolate(3/4,def2) def2-QZVPP/C TightPNO tightSCF miniprint nopop
FINAL SINGLE POINT ENERGY: -2006.684450176106 au
r2SCAN-3c:
keywords: ! r2SCAN-3c tightSCF miniprint nopop
FINAL SINGLE POINT ENERGY:-2007.492014220535 au

想问一下是不是关键词输入有误导致单点能差异过大？谢谢大家

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

gaussian和molpro计算结果是否有轻微的不同？

利用EXCEL表格计算双分子反应速率常数时单位转换问题求助

Turbomole如何选择指定的自旋轨道？

求助，高斯死在L103

含金属的小体系单点能计算，DLPNO-CCSD(T1) 和 r2SCAN-3c差异过大