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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2022-12-21 10:02:20 | 只看该作者 Only view this author
比较绝对能量没有意义,一般我们更关心的是相对能量

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发表于 Post on 2022-12-21 11:14:54 | 只看该作者 Only view this author
请问老师在这个回复里面说的,HOMO和LUMO变化已经收敛,请问什么样才算是收敛呢?
http://bbs.keinsci.com/thread-15846-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-21 13:22:29 | 只看该作者 Only view this author
neon 发表于 2022-12-21 08:43
大家好,体系为一个Zn原子分别和两个-OH和一个H2O相连,体系先用r2SCAN-3c 优化,优化后的结构分别用DLPNO- ...

计算级别不同,电子能量没有可比性,这是最基本的常识
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-21 13:23:17 | 只看该作者 Only view this author
liang666 发表于 2022-12-21 11:14
请问老师在这个回复里面说的,HOMO和LUMO变化已经收敛,请问什么样才算是收敛呢?
http://bbs.keinsci.com ...

随着考虑的单元数的增加,HOMO、LUMO能量几乎不再发生变化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-12-21 23:58:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2022-12-22 00:55 编辑

想请教一下老师,关于使用Gaussian16做NTO计算的一些基础问题:

1. 做S0-Sn的NTO计算,是基于“已经完成包含所要研究的S0-Sn的,基态激发的TDDFT的.log文件”来做吗?
2. 在sob老师的博文(http://sobereva.com/91)中提到,对S0-Sn做NTO分析,则在输入文件中键入:“cis/6-31+G* pop(saveNTO,NTO) density=transition=n”,那么请问老师如果想要计算S0-Tn的NTO,是将输入文件改为:“cis(triplets)/6-31+G* pop(saveNTO,NTO) density=transition=n   

0 3”即可吗?

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发表于 Post on 2022-12-22 11:41:21 | 只看该作者 Only view this author

高斯优化小分子结构怎么编写命令

求问在用高斯优化小分子结构时,我用的是#p opt freq b3lyp/6-31g(d) scrf来优化的,这条命令有问题吗,计算的特别慢,还中途报错停止了

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发表于 Post on 2022-12-22 12:06:23 | 只看该作者 Only view this author
这个可以叫输入文件内容,关键词,计算级别等等,不叫“命令”、“编写命令”、“编写脚本”。这样提问意义不大,建议仔细阅读
《在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚》http://sobereva.com/620
《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》http://sobereva.com/272
《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336
《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”》http://sobereva.com/413
另外,有报错就直接展示报错内容,不要停留在报错两个字上。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2022-12-22 12:33:18 | 只看该作者 Only view this author
你用了多少核来算?小分子具体是多少个原子?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-22 13:00:57 | 只看该作者 Only view this author
wao歪比巴卜 发表于 2022-12-22 11:41
求问在用高斯优化小分子结构时,我用的是#p opt freq b3lyp/6-31g(d) scrf来优化的,这条命令有问题吗,计 ...

关键词本身没问题。
出现什么问题具体交代清楚,好好看此文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

另建议把此文看了
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-22 13:01:56 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2022-12-21 23:58
想请教一下老师,关于使用Gaussian16做NTO计算的一些基础问题:

1. 做S0-Sn的NTO计算,是基于“已经完成 ...

仔细看
使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析
http://sobereva.com/377http://bbs.keinsci.com/thread-5980-1-1.html
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发表于 Post on 2022-12-22 20:51:02 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,如何在gview中实现一个基团的旋转?比如下图中的例子,我想把这个分子的构像由重叠式旋转成交错式,应该如何操作?谢谢各位老师!
file:///D:/OneDrive/%E6%A1%8C%E9%9D%A2/%E9%97%AE%E9%A2%98.png
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发表于 Post on 2022-12-22 21:24:52 | 只看该作者 Only view this author
Yjc 发表于 2022-12-22 20:51
请问各位老师,如何在gview中实现一个基团的旋转?比如下图中的例子,我想把这个分子的构像由重叠式旋转成 ...

用二面角工具
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
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发表于 Post on 2022-12-22 21:41:49 | 只看该作者 Only view this author

我尝试过二面角,但操作过程中做不到将整个甲基进行旋转,旋转的只是单一原子;您能指导下这里应该选择哪几个原子调节二面角吗?
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发表于 Post on 2022-12-22 21:50:13 | 只看该作者 Only view this author
Yjc 发表于 2022-12-22 21:41
我尝试过二面角,但操作过程中做不到将整个甲基进行旋转,旋转的只是单一原子;您能指导下这里应该选择哪 ...

比如你选二面角工具,选8-1-4-7号原子。选“rotate group”不是“rotate atom”
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发表于 Post on 2022-12-22 22:00:44 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-12-22 21:50
比如你选二面角工具,选8-1-4-7号原子。选“rotate group”不是“rotate atom”

嗯嗯谢谢老师,我明白了,用“rotate groups”是可以调节整个基团的。
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