简单量子化学问题答疑专帖

guoweitao

想问问该反应前两部和最后一步无过渡态，有没有办法求反应速率常数。该反应文献报道做实验2个小时。做微观动力学建模1.08小时。目前卡在前两部和最后一步速率常数求解。

sobereva

guoweitao 发表于 2022-12-22 22:23
想问问该反应前两部和最后一步无过渡态，有没有办法求反应速率常数。该反应文献报道做实验2 ...

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yiwei

请问使用高斯用 HSE12 的话，输入文件的关键词应是什么？

Yjc

请问各位老师，在做几何优化的过程中，发现最后收敛结构的能量反而还比收敛过程中的某一结构能量高（如下图），应该选取最后一帧的结构还是能量最低的结构作为几何优化的结果？谢谢各位老师！

chands

Yjc 发表于 2022-12-23 20:50
请问各位老师，在做几何优化的过程中，发现最后收敛结构的能量反而还比收敛过程中的某一结构能量高（如下图 ...

从能量图上看，最后能量趋于收敛，一般就选最后一帧，不过还要瞄一下结构。

Yjc

chands 发表于 2022-12-23 20:59
从能量图上看，最后能量趋于收敛，一般就选最后一帧，不过还要瞄一下结构。

嗯嗯，如果最后一帧的结构也是在预期之中的，并且方均根位移和受力情况也都是最后一帧达到最小，那么可以确定取最后一帧吗？

wzkchem5

Yjc 发表于 2022-12-23 13:50
请问各位老师，在做几何优化的过程中，发现最后收敛结构的能量反而还比收敛过程中的某一结构能量高（如下图 ...

原则上讲，要么取最后一帧，要么取能量最低的结构然后继续用小步长优化到收敛。其中后者更严格，因为得到的构象能量更低。当能量最低的结构不是最后一帧时，不能只取能量最低的结构而不优化，否则得到的不是局部极小值点结构。
不过最严格的方法是做一个构象搜索，因为你现在的优化结果说明这个体系会在明明存在一个较低构象的情况下优化到较高构象，那既然如此，肯定不能排除有第三个更低的构象。所以最好做构象搜索排除其他能量更低的构象的存在

Yjc

wzkchem5 发表于 2022-12-23 21:58
原则上讲，要么取最后一帧，要么取能量最低的结构然后继续用小步长优化到收敛。其中后者更严格，因为得到 ...

嗯嗯，感谢您的解答！

sobereva

yiwei 发表于 2022-12-23 15:54
请问使用高斯用 HSE12 的话，输入文件的关键词应是什么？

看HSE12原文THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 136, 204117 (2012)了解它和HSE06的差异，再看下文了解HSE06怎么在Gaussian中通过自定义方式使用，自然就能搞清楚怎么以自定义方式使用HSE12
在Gaussian中自定义范围分离泛函的方法
http://sobereva.com/550（http://bbs.keinsci.com/thread-17256-1-1.html）

Yjc

请问各位老师，当IRC跑出的结果最后没有很平滑时（如下图），这种情况下能否取第一帧和最后一帧的结构并进行几何优化后作为反应的反应物和产物结构？还是说需要增大步长等两端出现平台时在取对应结构进行几何优化？谢谢各位老师！

18226587357

同样是def2TZVP 写在上面b3lyp后面就可以收敛 ，放在后面写成混合基组就SCF无法收敛
%chk=Cu_I-2-B3LYP-def2TZVP_def2TZVP-221223-01.chk
%mem=50GB
%cpu=0-31
# opt=calcfc freq b3lyp

Title Card Required

1 1
Cu                -1.30718573   -0.30001994   -0.00259057
N                 -2.45321655    2.22060716    0.39430961
N                  1.43946527   -0.51374275   -0.55493532
C                 -2.92361620    3.25533300    0.55727898
C                 -3.55696296    4.64918592    0.77697289
H                 -4.56394070    4.65724094    0.42111466
H                 -3.54354432    4.87899203    1.82641523
H                 -2.98293470    5.37662079    0.24140365
C                  2.56078932   -0.60254284   -0.78360762
C                  4.05359017   -0.72348908   -1.09526225
H                  4.28941878   -0.10853501   -1.93208139
H                  4.61408404   -0.41120026   -0.23858753
H                  4.29495684   -1.74661261   -1.32096388
N                 -2.89533747   -2.61423959    0.15468276
C                 -3.54742370   -3.55140744    0.22047025
C                 -4.46058021   -4.80075004    0.31535574
H                 -3.88104644   -5.68769072    0.18617035
H                 -4.93540576   -4.82586742    1.28166294
H                 -5.21330923   -4.74599758   -0.44170922

C H N 0
def2TZVP
****
Cu 0
def2TZVP
****

报错
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -2014.50480467     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.77D-05     -V/T= 2.0069
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/organic/C02/g16/l502.exe at Fri Dec 23 14:48:08 2022.
Job cpu time:       0 days  0 hours  8 minutes 25.9 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes 20.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     10 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
而写在上面就可以正常算完，请问有知道怎么回事的吗

wzkchem5

http://sobereva.com/60
混合基组要在关键词那行写gen，不是说不写基组、在最后写基组就行的

sobereva

18226587357 发表于 2022-12-23 22:51
同样是def2TZVP 写在上面b3lyp后面就可以收敛 ，放在后面写成混合基组就SCF无法收敛
%chk=Cu_I-2-B3LYP-de ...

#后头不写gen又不写基组，默认用的垃圾的STO-3G，毫无实际意义

sobereva

Yjc 发表于 2022-12-23 22:13
请问各位老师，当IRC跑出的结果最后没有很平滑时（如下图），这种情况下能否取第一帧和最后一帧的结构并进 ...

明明很平滑
平滑和平坦是两码事
直接用两端的结构优化就完了，怕跑飞了就把优化的步长上限设小

18226587357

sobereva 发表于 2022-12-23 23:10
#后头不写gen又不写基组，默认用的垃圾的STO-3G，毫无实际意义

谢谢老师