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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2022-12-26 11:39:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 avatar_man 于 2022-12-26 11:40 编辑

您好,请问做opt freq 寻找过渡态之后,在gaussview中看到的vector的方向,箭头指向的方向是产物的方向,反方向是原料的方向,这种表达对吗? 做了一个过渡态分析,发现产物是箭头指向的反方向,这种情况下找的过渡态正不正确?谢谢另外,虚频的大小跟势垒之间有没有一定的线性关系?即虚频越负,其过渡台的势垒可能越高。谢谢

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发表于 Post on 2022-12-26 13:46:34 | 只看该作者 Only view this author
avatar_man 发表于 2022-12-26 11:39
您好,请问做opt freq 寻找过渡态之后,在gaussview中看到的vector的方向,箭头指向的方向是产物的方向,反 ...

不对;正确;可能有关系但关系不大。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-26 21:52:51 | 只看该作者 Only view this author
Yjc 发表于 2022-12-26 09:31
社长,我看过了输出文件,若没有限定,则置信半径为30(见图一);但如果在后面再写opt()之类的语句,gau ...

那就是不支持
不过也可以尝试通过IOp控制置信半径,可能就不会报错
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-12-26 21:59:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Yjc 于 2022-12-26 22:28 编辑
sobereva 发表于 2022-12-26 21:52
那就是不支持
不过也可以尝试通过IOp控制置信半径,可能就不会报错

谢谢社长的回复;我读了您的博文《Gaussian中支持的Iop一览》,针对我这种情况,是否可以在关键词中写“M062X/cc-pVTZ//B3LYP/6-31g* IOp(1/8=10)”?
坚信J曲线的力量,永远做正确的事

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发表于 Post on 2022-12-26 22:37:02 | 只看该作者 Only view this author
社长,我测试过了,通过IOp控制置信半径的方法是可行的,下面两张图分别是输入文件和输出文件置信半径部分的细节,谢谢社长的指点!


坚信J曲线的力量,永远做正确的事

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发表于 Post on 2022-12-27 17:25:02 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,对于A—TS1—B—TS2—C+D过程,即A经过中间体B形成双分子产物C+D的反应,如何计算A-C+D的反应速率呢?

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发表于 Post on 2022-12-27 18:43:31 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-12-27 17:25
请教各位老师,对于A—TS1—B—TS2—C+D过程,即A经过中间体B形成双分子产物C+D的反应,如何计算A-C+D的反 ...

按照串联反应计算表观反应速率
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ORCA大法好!CP2K大法好!
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发表于 Post on 2022-12-28 19:50:50 | 只看该作者 Only view this author
老师好,为了探索络合剂的单体结构与稀土的络合构型,可以效仿期刊里面的做法吗,通过摆不同位置去计算结合能来比较?

文献.jpg (88.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

文献.jpg

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发表于 Post on 2022-12-28 22:08:28 | 只看该作者 Only view this author

激发态优化出错

各位老师们好,最近在计算分子的激发态优化时遇到了问题特来请教大家,服务器优化跑了很长时间,但计算并未结束,log文件最后的结果也没有看到报错信息,不知该如何处理?计算输入及输出文件如下所示

输入及输出文件.rar

827.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-29 02:33:48 | 只看该作者 Only view this author
静静子 发表于 2022-12-28 22:08
各位老师们好,最近在计算分子的激发态优化时遇到了问题特来请教大家,服务器优化跑了很长时间,但计算并未 ...

典型的震荡导致的几何优化不收敛。早就该停了
仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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发表于 Post on 2022-12-29 11:59:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-29 02:33
典型的震荡导致的几何优化不收敛。早就该停了
仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法

感谢老师回复,我学习一下您的帖子

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发表于 Post on 2022-12-29 17:09:08 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-12-28 12:50
老师好,为了探索络合剂的单体结构与稀土的络合构型,可以效仿期刊里面的做法吗,通过摆不同位置去计算结合 ...

可以,但每种结合构型都要做构象搜索,同时注意显式溶剂化以及自旋多重度问题
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-12-30 19:27:48 | 只看该作者 Only view this author
老师 想跟您请教一下高斯计算结合自由能的计算,G(AB)-G(A)-G(B).这块有点不确定,在同一计算水平下计算AB,A, B,的吉布斯自由能相减就可以得到么。

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发表于 Post on 2022-12-30 20:14:45 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2022-12-30 19:27
老师 想跟您请教一下高斯计算结合自由能的计算,G(AB)-G(A)-G(B).这块有点不确定,在同一计算水平下计算AB ...

是,并且注意到A和B要分开单独计算,不能把A和B拉开放到同一个文件计算。
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发表于 Post on 2022-12-30 20:25:46 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-12-30 20:14
是,并且注意到A和B要分开单独计算,不能把A和B拉开放到同一个文件计算。

老师 那计算结合还能的话是只优化AB,再从AB中取结构A和B分别进行单点计算,最后E(AB)-E(A)-E(B)么。

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