简单量子化学问题答疑专帖

chands

吴双 发表于 2022-12-30 20:25
老师 那计算结合还能的话是只优化AB，再从AB中取结构A和B分别进行单点计算，最后E(AB)-E(A)-E(B)么。

A和B分别优化计算，因为通常是计算A+B=AB反应的能量变化，当然这样不可避免地将变形能算进去。如果变形能很大的话再另外考虑变形能。

糖糖糖豆9988

请教各位老师，如图所示的双自由基生成乙烯+甲醛的TS经过一侧方向的IRC验证，发现可以连接到双自由基；但是计算出来的TS的G(T)值低于双自由基反应物，那么说明这是无能垒反应嘛？

chands

糖糖糖豆9988 发表于 2023-1-1 10:32
请教各位老师，如图所示的双自由基生成乙烯+甲醛的TS经过一侧方向的IRC验证，发现可以连接到双自由基；但是 ...

是。自由基反应很多是无势垒的。

fastspeaker

G4MP2_XK脚本在win10下gjf运行成功，但perl脚本执行时得到的H298错误（同条件下G4MP2-6x完全成功）
各位老师们好，想计算下SbCL5的能量，想尝试下G4MP2_XK。于是下载了G4(MP2)-XK: A Variant of the G4(MP2)-6X Composite Method with
Expanded Applicability for Main-Group Elements up to Radon文献以及对应的脚本。然后在电脑上安装了Strawberry perl。由于脚本中针对linux的，我的windows中没有home文件夹，将自定义基组的路径由"@/home/el_buno/g4mp2xk_basis/maSVXP.gbs"改成了“@D:\G16W\g4mp2xk_basis/maSVXP.gbs”，将CHK文件目录也改了，提交gjf运行成功显示“Normal termination of Gaussian 16”，perl脚本执行得得到的结果为
File                                     NImag           eE               H0             H298
HI_G4MP2XK.LOG                             0        -0.57271021      -0.56743453      -0.56412973
觉得这个能量有点不正常。于是从社长的链接里下载了G4MP2_6x.gjf和G4MP2_6x.pl，将运行了。结果正常
C:\gaussian\G4MP2XK\script>G4MP2_6x.pl G4MP2_6X.LOG
G4MP2_6X.LOG
   Temperature (K)   298.15
   NImag     0
   E_ele    -114.40449865
   H(0K)    -114.37809561
H(298K)    -114.37427924
U(298K)    -114.37522343
G(298K)    -114.39909483
然后我就觉得gjf执行以及perl都没有问题。由于G4(MP2)-XK的脚本文件中带了gjf的运行结果log文件，我把这个log文件，用脚本执行了下，发现结果是正常的，如下
File                                     NImag           eE               H0             H298
HI_G4MP2XK.log                             0      -297.81711347    -297.81183778    -297.80853299
于是我仔细对比了两个log文件的每一步的计算结果，发现每一步结果的能量都是一样的如下：
第一步 BMK/GenECP Opt Freq  HF=-297.2900888 一致
第二步 Geom=AllCheck Guess=Read CCSD(T,FrzG4)/GenECP CCSD(T)=-297.4092556 一致
第三步 Geom=AllCheck Guess=Read MP2(FrzG4)/GenECP MP2=-297.7898008 一致
第四步 Geom=AllCheck Guess=Read HF/GenECP（基组maTZVP.gbs） HF=-297.2420448 一致
第五步 Geom=AllCheck Guess=Read HF/GenECP（基组maQZVP.gbs）HF=-297.2439412 一致。
我运行的是 Gaussian 16:  EM64W-G16RevA.03（win10）;例子中的是Gaussian 16:  ES64L-G16RevB.01。我的log文件只有138K，则例子中log文件有382K，且里面输出了自定义基组的参数。不清楚是否是这个原因。现附上例子文件以及我的计算文件，我觉得可能是我的gjf文件设置不对，或者是需要对pl脚本修改下，但限于经验不足，无法下手。请有经验的人士指点下。

fastspeaker

fastspeaker 发表于 2023-1-1 21:58
G4MP2_XK脚本在win10下gjf运行成功，但perl脚本执行时得到的H298错误（同条件下G4MP2-6x完全成功）
各位老 ...

刚才漏传了例子脚本，现在上传上来

sobereva

fastspeaker 发表于 2023-1-1 22:02
刚才漏传了例子脚本，现在上传上来

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

一大堆文字+一堆文件，而且还是极其小众向的问题，属于复杂问题，应当单独发主帖，不适合在此帖作为回复来问，这样也更能引起别人的关注。

fastspeaker

sobereva 发表于 2023-1-2 06:26
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

确实错了。当天晚上找到解决方案了，一会单独发贴

糖糖糖豆9988

请教各位老师，对图片里这样一个小体系反应路径，如果采用多参考方法CASPT2计算的话，①活性空间选择多少合适呢？）（4,4）足够吗？②如果（4,4）足够，那么选择双自由基位点的C-C和双键C=C对应的成键、反键轨道是不是就可以呢？③另外对于双自由基是不是不能选择（奇数，奇数）的活性空间呢？谢谢老师

wjc404

糖糖糖豆9988 发表于 2023-1-3 11:39
请教各位老师，对图片里这样一个小体系反应路径，如果采用多参考方法CASPT2计算的话，①活性空间选择多少合 ...

对于从G1到P1的路径，感觉可以（用b3lyp）先算G1的自旋极化单重态，接着“从G1到P1新成碳氢键的两原子逐渐拉近”做柔性扫描（读取自旋极化波函数），然后从扫描曲线上找最接近过渡态的结构并优化到过渡态（自旋极化），最后用multiwfn看该过渡态的UNO（从占据数就能大概判断活性空间可以怎么选）。

chennanjie

我现在需要计算一个化合物在乙腈中的溶解自由能。但是没有计算的背景，所以看了sob老师的帖子
《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》现在遇到了几个最基础的问题，我使用的是gaussain09（09-D01）。高斯view是5.0.8。我现在无法使用guassain打开sob老师例子中的2.gif文件，显示了以下错误：CConnectionGCOM::ReadGaussTitleChgMult0Title card not found3Line Number 4.我自己尝试计算发现在我的gaussain中找不到“使用较好的B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP级别基于(1)的结构计算真空下较高精度电子能量”中的B2PLYP，在DFT方法中只能找到B3LYP这个。不知道是不是我的高斯安装包有问题还是什么，希望大家指点一二。如果是我的安装的版本不行，那么能够告诉我去哪里下载可以使用的版本吗？


关于溶剂化自由能的计算是审稿意见中提出的，所以有一些紧急，真是抱歉。

anson

是Gaussian，不是guassain/gaussain；是gjf文件，不是gif文件。sob老师看到马上就要来出警了
看你的描述应该是从GView里面应该是直接用quick launch调用Gaussian进行计算的？这种方法可以选的泛函太少，一般还是导出gjf文件后自己再修改关键词比较好。
建议还是上传你的gjf文件供大家参考。

sobereva

chennanjie 发表于 2023-1-3 20:24
我现在需要计算一个化合物在乙腈中的溶解自由能。但是没有计算的背景，所以看了sob老师的帖子
《谈谈隐式 ...

Q：为什么强烈不建议用GaussView的Calculate - Calculation setup界面产生输入文件？
A：这个界面纯粹是给外行人用的，非常弱，设计得也颇差。很多常用的理论方法如M06-2X、PBE0在里面都没法直接选，非常常用的def2系列基组在里面也没法用，用混合基组也很麻烦，Gaussian的大量功能靠这个界面根本用不了。纯粹靠利用此界面，至多只能使用Gaussian全部功能的1/4。而且Gaussian的关键词非常容易写，是所有量子化学程序里最简单的，用这个界面创建输入文件完全多此一举，远不如自己手写关键词快捷方便。内行人几乎没有用这个界面创建输入文件的，总是依赖于这个界面的初学者也永远不可能脱菜。内行Gaussian用户都只是靠GaussView用来创建和编辑结构，之后保存成gjf文件，自己用文本编辑器打开并手写关键词，然后提交给Gaussian计算。适合使用Calculation setup界面产生输入文件的情况也就是用QST2、QST3方法找过渡态的情况，由于这类任务的输入文件格式比较麻烦，所以才适合直接靠这个界面得到输入文件。PS：北京科音（www.keinsci.com）的量子化学培训里除了QST2、QST3外，都一律不用Calculation setup界面创建输入文件。我写的所有博文也一律不考虑读者用Calculation setup创建输入文件的情况。

chennanjie

sobereva 发表于 2023-1-4 08:11
Q：为什么强烈不建议用GaussView的Calculate - Calculation setup界面产生输入文件？
A：这个界面纯粹是 ...

谢谢老师，我现在就用直接编辑的方式试一下。
有错误立刻改正，有新事物立刻学习。
但是我还是不明白为什么我打不开你的2.gif和3.gif以及4.gif呢？
现在这样可以吗，先计算在真空中的电子能量
%nprocshared=2
%mem=1000MB
%chk=C:\Users\Win10\Desktop\GS caculate\TTF-BMEEC\solvation free energy\2.chk
# M052X/6-31g* geom=allcheck

free energy in air

0 1
C                 -3.19185300    1.43834100   -0.00047800
C                 -3.20729400    0.09244200   -0.00066200
S                 -1.64374700   -0.74997500   -0.00083100
C                 -0.67477300    0.75171000   -0.00057100
S                 -1.65279000    2.25264300   -0.00040900
C                  0.67477300    0.75171000   -0.00048200
S                  1.65279000    2.25264300   -0.00017900
C                  3.19185300    1.43834000   -0.00017000
C                  3.20729400    0.09244200   -0.00036900
S                  1.64374700   -0.74997600   -0.00062700
C                  4.40235600   -0.77016400   -0.00037700
O                  4.34275400   -1.98839600   -0.00052100
O                  5.54576100   -0.06449600   -0.00009900
C                  6.76785300   -0.83426100    0.00000000
C                  7.90847800    0.17099700    0.00027400
O                  9.10837000   -0.57887600    0.00042300
C                 10.27003600    0.23622200    0.00069900
C                 11.47976100   -0.68723300    0.00086500
O                 12.63697900    0.12762400    0.00115200
C                 13.83430600   -0.62975600    0.00133900
C                 -4.40235600   -0.77016300   -0.00072400
O                 -4.34275400   -1.98839600   -0.00097300
O                 -5.54576100   -0.06449600   -0.00053300
C                 -6.76785300   -0.83426100   -0.00054900
C                 -7.90847800    0.17099700   -0.00003100
O                 -9.10837000   -0.57887600    0.00005400
C                -10.27003600    0.23622200    0.00066700
C                -11.47976100   -0.68723300    0.00076300
O                -12.63697900    0.12762400    0.00144900
C                -13.83430600   -0.62975600    0.00163700
H                 -4.08344100    2.05372700   -0.00037100
H                  4.08344100    2.05372600    0.00000000
H                  6.80070100   -1.47049200    0.88859800
H                  6.80096100   -1.47031700   -0.88871200
H                  7.84508800    0.81639800   -0.88933800
H                  7.84478100    0.81625400    0.88996800
H                 10.29256300    0.88451500   -0.88875700
H                 10.29222700    0.88438700    0.89025800
H                 11.45395400   -1.33759500    0.88994200
H                 11.45430200   -1.33746200   -0.88832100
H                 14.66550500    0.07998600    0.00155000
H                 13.90760900   -1.26942100    0.89409400
H                 13.90796200   -1.26930300   -0.89147200
H                 -6.80098900   -1.47014100   -0.88938700
H                 -6.80067300   -1.47066800    0.88792200
H                 -7.84472600    0.81608600    0.88978100
H                 -7.84514400    0.81656600   -0.88952500
H                -10.29211800    0.88417100    0.89038600
H                -10.29267200    0.88473100   -0.88862900
H                -11.45443900   -1.33722400   -0.88860000
H                -11.45381800   -1.33783300    0.88966300
H                -14.66550500    0.07998600    0.00219000
H                -13.90812000   -1.26905800   -0.89133700
H                -13.90745100   -1.26966700    0.89422900

chennanjie

anson 发表于 2023-1-3 23:16
是Gaussian，不是guassain/gaussain；是gjf文件，不是gif文件。sob老师看到马上就要来出警了{; ...

感谢！我争取不再犯基础错误，真是心急了。我现在就使用编辑的方式试一下。

anson

chennanjie 发表于 2023-1-4 09:59
谢谢老师，我现在就用直接编辑的方式试一下。
有错误立刻改正，有新事物立刻学习。
但是我还是不明白为 ...

只用2个核心进行计算是不是有点少了？内存的设置也感觉少了点。
看上去gjf输入文件倒是没有什么问题。