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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-1-4 20:32:24 | 只看该作者 Only view this author
小翟w 发表于 2023-1-4 18:11
老师们,请教一下,怎么用BSSE修正能量

除了282楼的卢老师博文,还可以看看卢老师这两篇博文。《大体系弱相互作用计算的解决之道》和《在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子》。

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发表于 Post on 2023-1-4 20:42:21 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian09计算有机配体分子时加溶剂效应

各位大咖,我用Gaussian09计算一配合物稳定化能时,因需要考虑溶剂化效应,所以加了smd方法,但是对应配体分子加溶剂化时L301出错:
otational constants (GHZ):      0.7587900      0.1385821      0.1210271
Standard basis: 6-31G(d,p) (6D, 7F)
There are   364 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are   364 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
   364 basis functions,   661 primitive gaussians,   364 cartesian basis functions
    74 alpha electrons       73 beta electrons
       nuclear repulsion energy      1430.0090132564 Hartrees.
NAtoms=   34 NActive=   34 NUniq=   34 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=F Big=F
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
Force inversion solution in PCM.
Using the following non-standard input for PCM:
End of line while reading PCM input.
Error termination via Lnk1e in /opt/software/g09/g09/l301.exe at Wed Jan  4 20:09:01 2023.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes 10.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=     55 Scr=  


该如何解决呢?谢谢!

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发表于 Post on 2023-1-4 21:37:02 | 只看该作者 Only view this author
End of line while reading PCM input.
输入文件格式问题,以上提示gjf文件最后多一个空行再试试看。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-4 22:17:44 | 只看该作者 Only view this author
renj864878110 发表于 2023-1-4 20:42
各位大咖,我用Gaussian09计算一配合物稳定化能时,因需要考虑溶剂化效应,所以加了smd方法,但是对应配体 ...

上传输入文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-5 00:25:35 | 只看该作者 Only view this author
chennanjie 发表于 2023-1-4 11:38
好的,收到。谢谢sob老师。以后输入文件我都将按照附件上传,那么其他文件比如错误的文件可以贴出来吗还 ...

小段内容可以直接贴,太长的内容作为附件上传,免得帖子过长
Gaussian的输入文件对空行敏感,直接贴内容很容易空行显示不出来,造成严重误会

怕把路径写错,显然最好的做法就是把路径弄得尽可能简单,诸如D:\abc.chk,怎么都不可能写错
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-5 00:28:45 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2023-1-4 20:31
明白了!需要进入Multiwfn 200→16→CI,重新存储一个真正载有S1态波函数信息的文件对吧?谢谢您的回复!

不要用“S1态波函数信息”这种有歧义的描述
要说具体是S1态的自然轨道还是S1态的密度矩阵,密度矩阵也是波函数信息的一种表现形式。Multiwfn只读波函数文件里的轨道而不读密度矩阵,仅有特殊的功能才会额外利用里面的密度矩阵信息
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发表于 Post on 2023-1-5 12:06:24 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我用双杂化泛函B2PLYP计算激发态,显示这个:No CIS or TD with Post-SCF methods. 请问是什么问题?

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发表于 Post on 2023-1-5 19:28:37 | 只看该作者 Only view this author
MoF4O-C2H2.inp.url (134 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1) MoF4O-C2H2.out.url (134 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0) ,老师们,想请教一下,算的是能量分解,这是输入文件和输出文件,想问问是哪里有问题,谢谢老师

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发表于 Post on 2023-1-5 21:59:59 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我正在计算一个镍盐催化的有机反应体系。气相中进行结构优化时,我对比了单个镍离子催化(体系带2个电荷),一个阴离子和镍催化(体系带1个电荷)这两种情况。气相环境前后衔接很好,但是当我加上溶剂模型(SMD或者IEFPCM)后发现,对于每一个过渡态好像都能优化出更多的结构相似的过渡态(气相当中可能只有一个),这些相似的过渡态结构计算irc后,前后的中间体结构也很相似,但是前后不能完美衔接(能量和结构有很小的差异)(该问题我之前有过咨询)。我想利用显示溶剂模型再计算一下,有下列几个问题,望老师不吝赐教!
1.这种带电荷的有机催化反应体系直接添加隐式溶剂模型是不是不合理?或者计算结果误差大?需要把催化剂中的所有离子加入,让整个分子体系都成为中性吗?
2.在动力学模型中对反应底物添加溶剂时添加的溶剂分子很多,找到稳定初始结构后再gaussian中进行计算时,Gromacs中添加的溶剂分子都要在Gaussian中进行计算吗?由于添加的溶剂分子过多,这样是不是计算量太大,还是在Gaussian中计算时可以使用ONION什么的计算方式?或者可以删掉不重要的溶剂分子。
3.如果添加了溶剂分子后(显式溶剂模型计算后),还需要再使用隐式溶剂模型吗?我看博文(http://sobereva.com/406)中说通常也要添加隐式溶剂模型,模拟显式溶剂层外部的体相溶剂效应。

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发表于 Post on 2023-1-5 23:25:28 | 只看该作者 Only view this author

求助 unrestricted M06函数调用


怎么调用unrestricted M06计算呢,不会写gjf文件里面的命令行,求助老鸟。
才想重复这个文献的计算,发现描述的这个函数有点懵。

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发表于 Post on 2023-1-5 23:46:39 | 只看该作者 Only view this author
(1)gjf文件是Gaussian输入文件,里面的内容不能叫“命令行”,就是纯粹的文本,或者说关键词、分子信息等等。
(2)方法那里写UM06,就这么简单。
(3)functional是泛函,不是函数,不能混用。

自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-6 02:01:12 | 只看该作者 Only view this author
Hulk 发表于 2023-1-5 23:25
怎么调用unrestricted M06计算呢,不会写gjf文件里面的命令行,求助老鸟。
才想重复这个文献的计算,发 ...

看296L的回复

另外,强烈不建议在Gaussian里用CPCM,下文说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2023-1-6 08:55:24 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2023-1-5 21:59
各位老师,我正在计算一个镍盐催化的有机反应体系。气相中进行结构优化时,我对比了单个镍离子催化(体系带 ...

1. 直接添加隐式溶剂模型不合理,因为小离子与第一溶剂化壳层的相互作用太大,隐式溶剂模型不能准确描述,需要将镍离子的第一溶剂化壳层配满,如果用Gaussian计算过渡态、反应中间体等,无需添加抗衡离子,除非抗衡离子参与反应。跑MD建议加抗衡离子。
2.3 跑MD和计算过渡态是两回事。用Gaussian计算,添加第一溶剂化壳层的溶剂分子后,建议再加隐式溶剂模型。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2023-1-6 10:22:44 | 只看该作者 Only view this author

sobereva老师,我后来在文件坐标下加了个 radii=uff, 就能算了! 多谢啦!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-7 02:20:17 | 只看该作者 Only view this author
qcn1211 发表于 2023-1-5 12:06
sob老师,我用双杂化泛函B2PLYP计算激发态,显示这个:No CIS or TD with Post-SCF methods. 请问是什么问 ...

Gaussian不支持双杂化泛函做TDDFT。可以用ORCA。此文介绍的功能可以非常方便地创建相应输入文件,文中还有对计算级别的解释
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html
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