简单量子化学问题答疑专帖

lurensan · 发表于 Post on 2023-1-8 17:34:33

zjxitcc 发表于 2023-1-8 16:24
若仅从截图内容看，是的。
是的。
Ni没有说非得要赝势基组。C、N、O原子用6-31G*倒没啥；这里面涉及氢 ...

好的，感谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-1-9 18:23:25

奶啵啵发表于 2023-1-7 13:10
老师，想问一个问题，一个体系在高斯用的PBE0进行的计算，没有版权。准备转用ORCA ,数据不想重新算，可以说 ...

orca默认开RIJCOSX加速，且基本没有任何理由不用RIJCOSX加速。
万一有审稿人用默认的orca设置重复你的计算结果，就会发现重复不出来，必须关掉RIJCOSX才能重复出来。然后就会问你为什么不用RIJCOSX加速，你是答不出来的。
假如你用了Pople基组（6-31G(d)之类），那问题更大了，高斯默认用笛卡尔d函数，orca用球谐d函数且不支持用笛卡尔d函数，所以你无论怎么谎称你的orca输入文件是怎么写的，审稿人都重复不出来你的结果。
所以不要取巧，用高斯优化的结构作为orca的初猜结构，用orca优化，很快就能算完。当然很少有审稿人会有那个闲心重复你的结果，但是万一碰到了，你老板就在你们圈子里社死了，这不是耸人听闻。即使过了审稿人这关，有的人看到你的文章，用orca去重复重复不出来、告诉编辑，这种事也有很多人干的。

Yjc · 发表于 Post on 2023-1-9 20:56:05

请问各位老师，目前学Fortran是推荐Fortran95还是现代Fortran（08/15）？我在买参考书的时候看到有两本书可选择，彭国伦老师的《Fortran95程序设计》和J.Chapman的《Fortran程序设计（第四版）》，请各位老师指点下，谢谢！

函数与激情 · 发表于 Post on 2023-1-9 21:00:43

卢老师，请问RDG分析可应用于OpenMolcas的CASSCF计算的激发态波函数分析吗？

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-1-9 21:05:21

Yjc 发表于 2023-1-9 20:56
请问各位老师，目前学Fortran是推荐Fortran95还是现代Fortran（08/15）？我在买参考书的时候看到有两本书可 ...

10年前我会推荐彭国伦的书，但现在是2023年了，推荐买越新越好。

Yjc · 发表于 Post on 2023-1-9 21:16:45

zjxitcc 发表于 2023-1-9 21:05
10年前我会推荐彭国伦的书，但现在是2023年了，推荐买越新越好。

嗯嗯好的，谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-9 23:27:02

函数与激情发表于 2023-1-9 21:00
卢老师，请问RDG分析可应用于OpenMolcas的CASSCF计算的激发态波函数分析吗？

可以。波函数分析相关问题以后请到1L提到的专门的答疑专贴里问

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-9 23:28:30

Yjc 发表于 2023-1-9 20:56
请问各位老师，目前学Fortran是推荐Fortran95还是现代Fortran（08/15）？我在买参考书的时候看到有两本书可 ...

如果你不怎么需要面向对象编程的话，学Fortran95/2003的特性就足够了，需要掌握的东西相对较少，一般来说也完全够用了。否则学更modern的Fortran，但需要理解更多概念。

Yjc · 发表于 Post on 2023-1-9 23:45:01

sobereva 发表于 2023-1-9 23:28
如果你不怎么需要面向对象编程的话，学Fortran95/2003的特性就足够了，需要掌握的东西相对较少，一般来说 ...

嗯嗯，我还想请问下如果想编写计算密集型的程序（诸如您开发的Multiwfn）,哪个版本的Fortran比较合适呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-1-10 02:24:59

Yjc 发表于 2023-1-9 16:45
嗯嗯，我还想请问下如果想编写计算密集型的程序（诸如您开发的Multiwfn）,哪个版本的Fortran比较合适呢？

除非是在已有的Fortran程序基础上改写，否则建议用C++而非Fortran，Fortran总的来说还是属于比较过时了。其中计算密集部分尽量用纯C代码，减少C++面向对象的overhead

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-10 04:44:15

Yjc 发表于 2023-1-9 23:45
嗯嗯，我还想请问下如果想编写计算密集型的程序（诸如您开发的Multiwfn）,哪个版本的Fortran比较合适呢？

跟Fortran版本没太直接的关系，关键取决于你的代码风格。

Multiwfn没有怎么依赖modern的Fortran特征，基本都是Fortran90/95，我觉得其提供的特性完全足够我的程序用了。以后发觉什么部分的代码需要利用更modern的特性的时候再用就行了，都是和原来的代码完全兼容的。

也有不少知名的效率极高的计算密集型程序充分利用了modern Fortran的特性，最典型的就是CP2K。速度极快的xtb也是Fortran写的，风格也挺modern的。引入大量modern特性之后我个人觉得代码读起来会有点复杂、繁杂，写起来也麻烦，不过对一些开发者来说有利于维护其程序架构和可扩展性。

如果之前没有代码编写经验，我觉得先从Fortran90/95学起为好，很快就能掌握并派上用场，也能读Multiwfn的代码了。彭国伦那本书完全可以，我是15年前看的，讲得很适合初学者从0开始学，例子给得也都不错，还有些比较实用的数值算法方面的介绍。我不知道现在的那书的版本还有没有IMSL库的介绍，有的话那部分不用看，已经过时了，现在普遍都用MKL。如果当前版本的书里还有图形库相关的东西也都没必要看。

scf · 发表于 Post on 2023-1-10 07:26:46

wzkchem5 发表于 2023-1-10 02:24
除非是在已有的Fortran程序基础上改写，否则建议用C++而非Fortran，Fortran总的来说还是属于比较过时了。 ...

像pyscf那种主要用python, 貌似积分模块以及一些张量缩并用的C, 和fermi jl那种julia的实现, 相对C/C++/Fortran的效率有多大差别?

Yjc · 发表于 Post on 2023-1-10 09:51:54

sobereva 发表于 2023-1-10 04:44
跟Fortran版本没太直接的关系，关键取决于你的代码风格。

Multiwfn没有怎么依赖modern的Fortran特征， ...

嗯嗯，感谢社长详细的解答!

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-1-10 20:36:42

scf 发表于 2023-1-10 00:26
像pyscf那种主要用python, 貌似积分模块以及一些张量缩并用的C, 和fermi jl那种julia的实现, 相对C/C++/F ...

据说差别不大，不过我也没测过。。。
确实这种模式的开发效率会更高一些，不过缺点是配置python运行环境对新手用户不太友好

xiayu1985 · 发表于 Post on 2023-1-11 00:03:58

Gaussview里面将pdb格式的文件保存为gjf后，发现里面原子坐标的格式变成了这样：C(PDBName=C,ResName=,ResNum=1,Fragment=1) -1 0.47100000 -2.88200000 -0.26900000。如何将圆括号部分(PDBName=C,ResName=,ResNum=1,Fragment=1) 删除？要不提交后无法计算。如果要一行一行删除，实在是太麻烦因为有好多行啊。各位大佬有什么好办法解决。谢谢！

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