分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布

superrice · 发表于 Post on 2023-5-23 16:24:32

nianbin 发表于 2023-5-23 13:31
我在全原子力场中选择CL&P也不行

CL&P力场本身没有对EC分子的力场描述，只针对离子液体体系，自然也就没有相应的力场参数，建议可以更换成GAFF等全原子力场

chenzhe · 发表于 Post on 2023-5-24 09:03:13

nianbin 发表于 2023-5-23 13:31
我在全原子力场中选择CL&P也不行

CL&P也是离子液体的力场啊，你的不是离子液体啊

honest · 发表于 Post on 2023-6-7 15:33:00

请问楼主，我看B站说AutoFF会匹配RASPA软件的输入文件，不知道什么时候会上线呢？

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-6-7 21:39:13

honest 发表于 2023-6-7 15:33
请问楼主，我看B站说AutoFF会匹配RASPA软件的输入文件，不知道什么时候会上线呢？

下个月更新一个大版本，会和2d聚合物建模、碳材料官能团修饰功能、多体势一起上线，到时候会顺便增加NAMD、RASPA和GOMC三种新的软件格式。

yuzc · 发表于 Post on 2023-6-26 21:25:58

感谢作者提供如此优质的解放生产力的工具！
您好，我有两个问题想咨询：
1. 后期是否支持python的API接口？以便解决高通量筛选的需求，结构较多。
2. 使用默认数据库中的COF结构时，点击下一步后，一直在加载中转圈，等了很久都无法跳到下一步。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-6-26 23:20:36

本帖最后由 slxc920113 于 2023-6-26 23:25 编辑

yuzc 发表于 2023-6-26 21:25
感谢作者提供如此优质的解放生产力的工具！
您好，我有两个问题想咨询：
1. 后期是否支持python的API接口 ...

1. 现在有其他更紧急的开发任务，是面向力场参数拟合的，需要用C++实现一个我们自己的MD引擎，所以这些边边角角的功能暂时不会添加，后期会考虑类似MP网站那样，提供一个api接口的python包，用户申请了api_key之后，通过请求访问。
2. 这个是web前端的锅，太大的结构3d渲染不动，等下下个版本会做性能优化的。

ShangChien · 发表于 Post on 2023-7-6 09:18:17

网页的分子画板似乎使用了chemdoodle，还请注意GPLv3的开源协议权利和义务。
如果HZW买了商业版本license的话，请在相关网页的about位置告知用户，否则真不敢用。

LIEL · 发表于 Post on 2023-7-6 22:54:27

以后是否可以支持上传聚合物单体，做个临时的单体库，目前在聚合物建模板块好像只能用内置的单体

superrice · 发表于 Post on 2023-7-7 11:16:15

LIEL 发表于 2023-7-6 22:54
以后是否可以支持上传聚合物单体，做个临时的单体库，目前在聚合物建模板块好像只能用内置的单体

嗯，已经在做啦

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-7-7 11:48:27

ShangChien 发表于 2023-7-6 09:18
网页的分子画板似乎使用了chemdoodle，还请注意GPLv3的开源协议权利和义务。
如果HZW买了商业版本license ...

web前端的代码已经在github上做了开源：https://github.com/LZ0211/AuToFF-Front

ShangChien · 发表于 Post on 2023-7-7 19:17:31

slxc920113 发表于 2023-7-7 11:48
web前端的代码已经在github上做了开源：https://github.com/LZ0211/AuToFF-Front

恭喜hzw完成首个开源库的壮举！

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-7-13 17:33:43

honest 发表于 2023-6-7 15:33
请问楼主，我看B站说AutoFF会匹配RASPA软件的输入文件，不知道什么时候会上线呢？

已经上线RASPA格式的支持，我对这个软件不是很熟，是对着手册开发完的，也烦请测试一下有没有错误。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-7-13 17:34:39

LIEL 发表于 2023-7-6 22:54
以后是否可以支持上传聚合物单体，做个临时的单体库，目前在聚合物建模板块好像只能用内置的单体

已经增加了2D的聚合物建模功能，可以随便绘制自己的单体，欢迎试用

honest · 发表于 Post on 2023-7-19 18:06:40

slxc920113 发表于 2023-7-13 17:33
已经上线RASPA格式的支持，我对这个软件不是很熟，是对着手册开发完的，也烦请测试一下有没有错误。

好的，非常感谢您的开发匹配的RASPA的力场

xiaowu759 · 发表于 Post on 2023-7-20 06:44:51

It seems very good.

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[程序/脚本开发] 分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布

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