分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-8-26 21:47:30

关于时间DE 发表于 2023-8-26 19:06
没有gromos啊

我删掉了，因为Gromos的成键参数的不是基于定义好的原子类型的，要兼容现在AuToFF的逻辑必须要增加新的原子类型（比如六元环上的SP3碳），虽然实际的LJ参数没变。感觉可能带来误会，所以就干脆删除了这个力场。

奥利给 · 发表于 Post on 2023-8-28 21:42:34

老师好，请问在用AuToFF软件生成聚酰胺的拓扑文件时，在这里出现了improper项，这种情况怎么办？

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-8-29 01:12:19

本帖最后由 slxc920113 于 2023-8-29 01:27 编辑

奥利给发表于 2023-8-28 21:42
老师好，请问在用AuToFF软件生成聚酰胺的拓扑文件时，在这里出现了improper项，这种情况怎么办？

酰胺键本来就是平面结构，有improper二面角是正常的

奥利给 · 发表于 Post on 2023-8-29 09:01:27

slxc920113 发表于 2023-8-29 01:12
酰胺键本来就是平面结构，有improper二面角是正常的

好的老师，我还想问一下，如果我想要卷曲的那种聚酰胺微塑料的话，是要先从该软件中导出top文件，然后进行预处理（MD模拟），还是先处理好然后再导出top文件，我之前是先用MS预处理，然后再导出，会发现导出的top文件没有键角、二面角等

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-8-29 09:52:10

奥利给发表于 2023-8-29 09:01
好的老师，我还想问一下，如果我想要卷曲的那种聚酰胺微塑料的话，是要先从该软件中导出top文件，然后进 ...

先导出拓扑文件，你要卷曲的结构，就把程序生成的直链结构pdb文件在XTB-GFNFF级别下做MD就行。

关于时间DE · 发表于 Post on 2023-9-7 21:11:28

本帖最后由关于时间DE 于 2023-9-7 21:16 编辑

slxc920113 发表于 2023-8-26 21:47
我删掉了，因为Gromos的成键参数的不是基于定义好的原子类型的，要兼容现在AuToFF的逻辑必须要增加新的原 ...

收到！我现在在用L-OPLS了。针对烷烃系统，您觉得还有必要再算一遍1.2CM5电荷吗，还是使用文献给出的参数就好啊。还有就是二面角参数和原文不一样。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-9-8 00:37:02

关于时间DE 发表于 2023-9-7 21:11
收到！我现在在用L-OPLS了。针对烷烃系统，您觉得还有必要再算一遍1.2CM5电荷吗，还是使用文献给出的参数 ...

CT-CT-CT-CT是4个亚甲基的二面角，你得找到对应的二面角呀。

关于时间DE · 发表于 Post on 2023-9-8 09:02:28

slxc920113 发表于 2023-9-8 00:37
CT-CT-CT-CT是4个亚甲基的二面角，你得找到对应的二面角呀。

抱歉抱歉，粗心大意了，谢谢老师

xiaona · 发表于 Post on 2023-9-22 16:59:55

我想知道autoff有文献支撑吗

LiuSX · 发表于 Post on 2023-9-26 11:54:47

本帖最后由 LiuSX 于 2023-9-26 11:56 编辑

GNN-RESP和XTB-RESP这两个RESP电荷里，前者是基于机器学习的，后者是GFN2-XTB精度的，对吗？哪个更好？GFN2-XTB精度的RESP电荷相比高斯def-TZVP级别下计算的RESP电荷如何？

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-9-26 16:59:04

LiuSX 发表于 2023-9-26 11:54
GNN-RESP和XTB-RESP这两个RESP电荷里，前者是基于机器学习的，后者是GFN2-XTB精度的，对吗？哪个更好？GFN2 ...

GNN的原始训练集的精度很高，而且是RESP2电荷，所以如果元素支持的时候，它的精度更高。GFN2的精度和def2-TZVP相比差远了，如果你自己有RESP电荷的话，建议手动替换了。

LiuSX · 发表于 Post on 2023-9-27 14:41:39

slxc920113 发表于 2023-9-26 16:59
GNN的原始训练集的精度很高，而且是RESP2电荷，所以如果元素支持的时候，它的精度更高。GFN2的精度和def2 ...

好的我理解了。我的分子原子数太多，数百个，传统方式不太好处理，才想着借助AuToFF生成RESP电荷。

五好先森 · 发表于 Post on 2023-11-2 16:15:12

您好，这边有个关于原子类型配置的问题。

五好先森 · 发表于 Post on 2023-11-2 16:15:12

本帖最后由五好先森于 2023-11-2 16:22 编辑

您好，这边有个关于OPLS力场原子类型配置的问题。

SDS.pdb (3.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

SAS.pdb (2.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

对于SAS阴离子，与S相连的3个O可以自己选择配置为opls272（O in COO- carboxylate）或者opls494（O in sulfone）

但是对于SDS阴离子，与S相连的3个O只能被配置为opls272

我个人感觉opls494是不是更符合实际情况啊，用LigParGen生成的参数好像是opls494的，这个原子类型识别的问题能修复一下吗？谢谢。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-11-6 13:18:55

五好先森发表于 2023-11-2 16:15
您好，这边有个关于OPLS力场原子类型配置的问题。

已处理。
对于SDS这种离子体系，更建议使用离子液体的力场参数。OPLS-2009IL和CL&P两个力场都支持硫酸根和磺酸根离子。

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