分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布

LIEL · 发表于 Post on 2023-8-2 13:46:59

slxc920113 发表于 2023-7-13 17:34
已经增加了2D的聚合物建模功能，可以随便绘制自己的单体，欢迎试用

非常棒的功能，十分好用，不过有两点问题想请教一下；
1. 通过2D建模创建的聚合物与内置的单体所建有很大差别，例如聚吡咯由内置的单体所建模特别笔直（与使用手册上案例类似），而通过建模所得到的卷曲在一起，所以由AuToFF创建的聚合物需要进行预优化吗；
2. 所得的电荷是否可以直接用来模拟，还是需要将寡聚物的电荷计算后填入聚合物；

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-8-3 23:26:35

LIEL 发表于 2023-8-2 13:46
非常棒的功能，十分好用，不过有两点问题想请教一下；
1. 通过2D建模创建的聚合物与内置的单体所建有很 ...

1. 二面角不要用随机，用默认的180度就是笔直的了。
2. 电荷可以直接用的，是基于单体片段和左右的两个单体结构进行计算的。

wenbinsu · 发表于 Post on 2023-8-4 13:53:41

收藏了，感谢大佬！

五好先森 · 发表于 Post on 2023-8-4 15:25:54

有个问题请教一下：
MMFF94电荷计算结果和社长的sobtop调用OpenBabel计算的结果不一致，有点疑惑不知道是什么情况。

我用的是sobtop的example5里的Neoprene_40.mol2文件测试的。

这是Autoff计算结果：

这是sobtop调用OpenBabel的结果：

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-8-4 19:49:02

五好先森发表于 2023-8-4 15:25
有个问题请教一下：
MMFF94电荷计算结果和社长的sobtop调用OpenBabel计算的结果不一致，有点疑惑不知道是 ...

第一步时候的体系的总电荷是不是设置错的？

五好先森 · 发表于 Post on 2023-8-4 19:58:36

slxc920113 发表于 2023-8-4 19:49
第一步时候的体系的总电荷是不是设置错的？

没错呀，Autoff里charge设置的是0，跟sobtop一样。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-8-4 20:35:00

那你检查看看sobtop的总电荷是不是零？

五好先森 · 发表于 Post on 2023-8-4 20:44:06

slxc920113 发表于 2023-8-4 20:35
那你检查看看sobtop的总电荷是不是零？

sobtop计算完之后，在cmd窗口里显示的总电荷是0，我打开它的itp文件把电荷手动加了一下，是9.33e-15（不知道这个数怎么来的，原子电荷的小数点明明没有这么多位），应该也算是0吧。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-8-4 21:12:03

五好先森发表于 2023-8-4 20:44
sobtop计算完之后，在cmd窗口里显示的总电荷是0，我打开它的itp文件把电荷手动加了一下，是9.33e-15（不 ...

可能我写出bug了，我回头检查一下

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-8-4 23:31:44

五好先森发表于 2023-8-4 20:44
sobtop计算完之后，在cmd窗口里显示的总电荷是0，我打开它的itp文件把电荷手动加了一下，是9.33e-15（不 ...

修复了

五好先森 · 发表于 Post on 2023-8-6 22:18:34

slxc920113 发表于 2023-8-4 23:31
修复了

辛苦辛苦，感谢提供的这个工具，还是挺好用的

五好先森 · 发表于 Post on 2023-8-19 16:56:00

我又发现一个问题，用AutoFF生成的spce水分子模型的nrexcl参数是3，但是我看力场原始文件（比如Charmm36和OPLSAA）中的spce水分子模型的nrexcl参数是2。
AutoFF生成的其他水分子模型我没有测试，但是上述力场原始文件中的spc、spce、tip3p、tip4p、tip5p模型的nrexcl值都是2。
希望能修复一下这个bug。谢谢

zzffzz33 · 发表于 Post on 2023-8-20 20:12:52

真是好物！认真研究下

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-8-21 11:02:26

本帖最后由 slxc920113 于 2023-8-21 11:04 编辑

五好先森发表于 2023-8-19 16:56
我又发现一个问题，用AutoFF生成的spce水分子模型的nrexcl参数是3，但是我看力场原始文件（比如Charmm36和O ...

水分子不存在二面角，2和3的非键相互作用计算效果应该是一样的，一定要强迫症的话，我就去改了。

关于时间DE · 发表于 Post on 2023-8-26 19:06:33

没有gromos啊

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[程序/脚本开发] 分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布