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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-7 17:08:10 | 只看该作者 Only view this author
最后的d只是略带弥散,重点描述d轨道的靠外沿部分。
Multiwfn的壳层顺序和输入文件里是一致的,这并没有什么特殊的安排。
只能很间接地说明4p成份可能高,毕竟def2-SVP与原子轨道的对应关系并不明确,最好还是结合图形再看看。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2015-5-7 22:43:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-5-7 17:08
最后的d只是略带弥散,重点描述d轨道的靠外沿部分。
Multiwfn的壳层顺序和输入文件里是一致的,这并没有什 ...

thank you in advance,sob sennsei
本周目已沉沦,下个世界再会

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发表于 Post on 2015-5-12 16:02:22 | 只看该作者 Only view this author
请问大家orca想做tddft的nbo和波函数分析应该怎么设置?我找了半天好像没有像g09的density=current这类的选项,单纯设置iroot不做激发态的nbo。
谢谢
本周目已沉沦,下个世界再会

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发表于 Post on 2015-5-24 16:08:15 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,用MS的adsorption Locater 功能找吸附位的时候,要给一个力场。这个立场应该怎么选呢,有COMPASS,cvff, universal等,还有个Charges选项,里面有forcefield assigned,charge using QEq,charge using Gasteiger等。这些参数的选择依据是什么呢?在例子中,Ni(111)吸附SO2,用的是COMPASS,那非周期性的吸附气体呢?

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发表于 Post on 2015-5-24 16:58:24 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好。请问对于双分子反应,用gaussian计算过渡态并以IRC验证后,是不是应该取IRC两端的点再做构型优化,作为反应物和生成物的来绘制能级图和计算势垒?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-24 19:11:28 | 只看该作者 Only view this author
jlx_ 发表于 2015-5-24 16:08
请问一下,用MS的adsorption Locater 功能找吸附位的时候,要给一个力场。这个立场应该怎么选呢,有COMPASS ...

看你的体系相关的文献一般常用哪个。不同力场对吸附作用描述有好有坏。
电荷必须合理分配才能合理描述静电相互作用。先用forcefield assigned,看看能否正确赋予原子电荷。
用什么力场和周期性、非周期性无关。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-24 19:11:44 | 只看该作者 Only view this author
KiritsuguPapa 发表于 2015-5-24 16:58
sob老师好。请问对于双分子反应,用gaussian计算过渡态并以IRC验证后,是不是应该取IRC两端的点再做构型优 ...

是的
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发表于 Post on 2015-5-25 19:43:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-5-24 19:11
看你的体系相关的文献一般常用哪个。不同力场对吸附作用描述有好有坏。
电荷必须合理分配才能合理描述静 ...

谢谢, 因为初接触理论计算,很多都不懂,看了您昨天写的帖子,感觉就是在说我这样的。但是我也不想做拿来主义,只是不太入门,百度出来一堆,说的都比较简单,也不甚懂,会继续努力,谢谢指点

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发表于 Post on 2015-5-30 12:06:41 | 只看该作者 Only view this author
Stefan Grimme的HF-3c似乎比PM6/PM7慢非常多(甚至于纯泛函+SVP基组差不多),从文章的benchmark来看又似乎没有太大优势?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-30 13:41:51 | 只看该作者 Only view this author
xyz 发表于 2015-5-30 12:06
Stefan Grimme的HF-3c似乎比PM6/PM7慢非常多(甚至于纯泛函+SVP基组差不多),从文章的benchmark来看又似乎没 ...

这个方法是HF结合小基组进行计算,毕竟是从头算,耗时比起半经验还是多约两个数量级的。

但可靠性还是比半经验要高,DOI: 10.1039/c4cc06722c讨论怎么精确计算分子相互结合过程的热力学量,中Grimme用HF-3c优化和计算频率。

不过我自己认为HF-3c意义不大,用纯泛函+def2-SV(P)结合gCP校正,开RI的话对大体系应该比HF-3c更快,结果也应该不比HF-3c差。
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发表于 Post on 2015-5-31 01:39:44 | 只看该作者 Only view this author
最近一直在捣腾Grimme的qmdff, 团簇尚可,可是一到周期性盒子的模拟就有问题,他的静电Ewald实现好像有问题…有类似经验么?
Monte Carlo做到200个原子效率就太低了,还是得上MD,金属配位太多又没好力场用…有建议没?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-31 04:15:44 | 只看该作者 Only view this author
xyz 发表于 2015-5-31 01:39
最近一直在捣腾Grimme的qmdff, 团簇尚可,可是一到周期性盒子的模拟就有问题,他的静电Ewald实现好像有问题 ...

没用过qmdff,如果觉得有明显问题可以直接发邮件联系他
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发表于 Post on 2015-5-31 19:55:04 | 只看该作者 Only view this author
输入文件为:
%chk=03-ac-b
#p td=(nstates=10,root=1) b3lyp/6-31+g(d,p)
scrf=(solvent=AceticAcid,statespecific,read) geom=check guess=read

03-ac-b

0 1

NonEq=read


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真诚相待,淡淡相处,方天久地长^^

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发表于 Post on 2015-5-31 19:55:45 | 只看该作者 Only view this author
hcxytpp@163.com 发表于 2015-5-31 19:55
输入文件为:
%chk=03-ac-b
#p td=(nstates=10,root=1) b3lyp/6-31+g(d,p)

不知道怎么改,该能够不出错呃。。。。好想路过的各位老师能帮忙解决一下!不甚感激
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-1 02:26:50 | 只看该作者 Only view this author
hcxytpp@163.com 发表于 2015-5-31 19:55
不知道怎么改,该能够不出错呃。。。。好想路过的各位老师能帮忙解决一下!不甚感激

最好直接把输入输出文件作为附件传上来,否则一些地方说不清楚。也不清楚你的两张图对应的各是什么输入文件
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